Imaginez votre génome comme un orchestre. Parfois, le son provient d’un seul instrument, un soliste doué qui remplit à lui seul la salle de concert. Mais le plus souvent, la musique est un amalgame de nombreux instruments différents, chacun apportant une petite contribution à la mélodie générale. Aujourd’hui, la recherche génétique cherche à découvrir comment un orchestre de gènes détermine divers traits et comment les maladies surviennent si cet orchestre est désaccordé.
Les quelque 20 000 gènes du génome fonctionnent de la même manière. Un trait ou une maladie particulier peut être l’œuvre d’un seul gène – par exemple, le groupe sanguin et la fibrose kystique. Mais les maladies et les traits les plus courants, tels que les maladies cardiaques, le diabète, la taille et l’intelligence, sont le résultat de plusieurs gènes fonctionnant en combinaison. En fait, des centaines, voire des milliers de gènes peuvent travailler ensemble, chacun exerçant une légère influence sur la biologie humaine. Aujourd’hui, les scientifiques mènent des recherches génétiques pour mieux disséquer ces traits polygéniques – c’est-à-dire quels gènes et variations génétiques (principalement des polymorphismes de nucléotides uniques) contribuent et dans quelle mesure?
Bibliothèque de la nébuleuse – Recherche génétique débloquée
Chez Nebula Genomics, nous nous engageons à apporter des découvertes scientifiques de pointe à nos utilisateurs, ainsi qu’à rendre leur signification plus intuitive à saisir. Nous sommes ravis d’annoncer le lancement de la Nebula Research Library – une collection hebdomadaire mise à jour de rapports personnalisés basés sur les dernières découvertes génétiques. La bibliothèque de recherche Nebula est au cœur de nos rapports. Avec lui, vous serez en mesure de vous tenir au courant des dernières découvertes en génomique humaine et de leurs relations avec vous. Aujourd’hui, la bibliothèque Nebula comprend plus de 150 études d’association à l’échelle du génome (GWAS). Nous avons rendu public le contenu de la bibliothèque Nebula sur notre blog pour faciliter l’exploration et la découverte du contenu qui vous intéresse.
Dans cet article de blog, nous expliquerons comment utiliser la bibliothèque de recherche Nebula et comprendre les résultats des études d’association à l’échelle du génome qu’elle contient.
La recherche génétique expliquée
La figure 1 montre une entrée de bibliothèque exemplaire – une étude d’association à l’échelle du génome qui a examiné la génétique du trouble d’hyperactivité avec déficit de l’attention (TDAH). Tout d’abord, le titre d’un article de recherche vous est présenté, ainsi que la date de publication, l’auteur principal, le nom et le journal de publication. À droite du titre de l’article, vous pouvez trouver un bouton de partage que vous pouvez utiliser pour partager vos résultats par e-mail ou sur les réseaux sociaux. Sous le titre, il y a des balises de sujet qui vous aideront à explorer la bibliothèque de recherche Nebula pour le contenu connexe.
Ensuite, nous fournissons un résumé de l’étude ainsi que des informations supplémentaires pertinentes pour la condition étudiée. Dans l’exemple d’étude ci-dessous, nous expliquons ce qu’est le TDAH, fournissons des informations sur la façon dont l’étude a été menée. Par exemple, le nombre de participants à l’étude et leur appartenance ethnique.
Scores polygéniques
Nous calculons deux nombres pour la plupart des études. Le premier nombre est une partition polygénique. Il résume l’effet de toutes les variantes génétiques découvertes dans l’étude et présentes dans votre génome. Le deuxième nombre est un centile calculé pour le score polygénique. Il vous indique comment votre score polygénique se compare aux scores des autres utilisateurs de Nebula Genomics.
La figure 1 montre un score polygénique pour le trouble d’hyperactivité avec déficit de l’attention (TDAH) qui a été calculé à partir des variantes associées au TDAH identifiées dans cette étude (UNE). Ce score place l’utilisateur dans le 97e centile (B), ce qui signifie qu’il a un score polygénique plus élevé pour le TDAH que 97% de nos utilisateurs.
Figure 1. Une entrée dans la nouvelle bibliothèque de recherche Nebula.
Informations génétiques détaillées
Sous le score polygénique, vous pouvez trouver un tableau avec des variantes génétiques. Les deux premières colonnes du tableau contiennent les ID de variant et les allèles – versions d’un variant – qui se sont avérés être associés à un trait ou à une maladie, qui est le TDAH dans l’exemple de la figure 1 (C).
Ensuite, viennent trois colonnes qui listent les tailles des effets alléliques, les fréquences et la signification statistique des associations (D). Les tailles d’effet sont les contributions de différents allèles au score polygénique. Certains allèles ont des tailles d’effet positives et augmentent le score (surligné en vert) tandis que d’autres allèles ont des tailles d’effet négatives et diminuent le score (surligné en bleu). Les allèles absents de votre génome n’affectent pas votre score polygénique (non mis en évidence). La colonne suivante contient les fréquences d’allèles qui vous indiquent le pourcentage de personnes dans la population qui portent chacun des allèles répertoriés. Nous montrons également une signification statistique pour chacune des associations découvertes dans une étude. Ces numéros sont appelés p -valeurs. Le plus petit p -valeur, plus il est certain que l’association découverte entre un trait et une variante génétique est réelle.
La dernière colonne montre votre génotype – les deux allèles que vous avez hérités de vos parents – et une précision estimée de notre prédiction (E). Notez que nous tenons compte de cette incertitude lors du calcul de vos scores polygéniques. Si la précision est faible, la contribution au score polygénique est réduite.
Procéder avec prudence
Nous tenons à souligner que les scores que nous calculons ne doivent pas être considérés comme des scores de risque génétique et non utilisés pour prédire le risque de développer des maladies. Il existe plusieurs limitations.
Premièrement, les scores polygéniques ne décrivent que des prédispositions génétiques. Les influences de facteurs environnementaux tels que le mode de vie ne sont pas prises en compte. Deuxièmement, l’héritabilité génétique de la plupart des caractères et des maladies reste mal comprise. Les études de la bibliothèque Nebula ne répertorient que les associations les plus significatives, qui ne représentent qu’une petite fraction de tous les liens existants entre la génétique et les caractères. Les variantes identifiées ne sont pas non plus nécessairement les variantes causales. Troisièmement, la plupart des études ont examiné les données génétiques d’individus d’ascendance européenne. La question de savoir si les mêmes associations existent dans d’autres populations et peuvent être utilisées pour la prévision des risques reste souvent une question ouverte. De grands projets de génomique des populations comme la UK Biobank sont en cours pour répondre à cette question.
Pour ces raisons, la bibliothèque de recherche Nebula n’est pas destinée à un usage médical ou diagnostique. Les gènes ne sont pas nécessairement le destin. Si vous avez une variante particulière associée à une maladie dans votre génome, cela ne signifie pas que vous développerez cette maladie. Il en va de même pour les partitions polygéniques. Un score / percentile polygénique élevé pour une maladie particulière ne signifie pas nécessairement un risque de maladie significativement accru. Comme toujours, si vous avez des questions sur votre santé, veuillez demander l’avis et l’avis d’un professionnel de la santé.
Rejoignez-nous aujourd’hui
Le séquençage personnel du génome est devenu abordable pour presque tout le monde. Vous pouvez maintenant entrer dans l’ère de la génomique personnelle et découvrir comment les dernières découvertes sont liées à votre ADN. Commandez notre séquençage du génome entier ou Commencez gratuitement en téléchargeant vos données 23andMe / AncestryDNA !
Rapports dans la bibliothèque Nebula (août 2020)
- Sclérose en plaques (IMSGC, 2019)
- Durée de vie parentale (Timmers, 2020)
- Longévité (Timmers, 2020)
- Healthspan (Timmers, 2020)
- Troubles du jeu (Lind, 2012)
- Niveau de protéine inflammatoire (Hillary, 2020)
- Syndrome de Tourette (Yu, 2019)
- Anxiété (Meier, 2019)
- Maladie thyroïdienne auto-immune (Saevarsdottir, 2020)
- Diversité du microbiome des plaies chroniques (Tipton, 2020)
- Lésions cérébrales (Armstrong, 2020)
- Épaisseur cornéenne (Choquet, 2020)
- Diabète de type 2 (Vujikovic, 2020)
- Minceur (Orthofer, 2020)
- Syndrome du QT long (Lahrouchi, 2020)
- Cancer du sein triple négatif (Zhang, 2020)
- Cancer du sein de type HER2 enrichi (Zhang, 2020)
- Cancer du sein de type Luminal B (Zhang, 2020)
- Cancer du sein de type Luminal B / HER2 négatif (Zhang, 2020)
- Cancer du sein de type Luminal A (Zhang, 2020)
- Intervalle PR (Ntalla, 2020)
- Consommation de glucides (Meddens, 2020)
- Consommation de matières grasses (Meddens, 2020)
- Consommation de protéines (Meddens, 2020)
- Consommation de sucre (Meddens, 2020)
- Fraction d’éjection ventriculaire gauche (Pirruccello, 2020)
- Volume de course (Pirruccello, 2020)
- Volume end-systolique ventriculaire gauche (Pirruccello, 2020)
- Volume fin-diastolique ventriculaire gauche (Pirruccello, 2020)
- Diabète de type 2 (Spracklen, 2020)
- Mélanome (Landi, 2020)
- Cancer du poumon (McKay, 2017)
- Carcinome pulmonaire épidermoïde (McKay, 2017)
- Adénocarcinome pulmonaire (McKay, 2017)
- Syndrome de Sjögren (Lessard, 2013)
- Utilisation de l’ordinateur pour les loisirs (van de Vegte, 2020)
- Conduire pour les loisirs (van de Vegte, 2020)
- Regarder la télévision pour les loisirs (van de Vegte, 2020)
- Calculs biliaires (Ferkingstad, 2018)
- Dermatite atopique (Paternoster, 2015)
- Intervalle QT (Arking, 2014)
- Taupes (Falchi, 2009)
- Dégénérescence maculaire liée à l’âge (Han, 2020)
- Niveau d’hydroxyvitamine D (Revez, 2020)
- Néphropathie membraneuse (Xie, 2020)
- Crises fébriles (Feenstra, 2014)
- Volume total du cerveau (Zhao, 2019)
- Maladie de Parkinson (Nalls, 2019)
- Volume cérébral sous-cortical (Satizabal, 2019)
- Bien-être (Baselmans, 2019)
- Rhinite allergique (Waage, 2018)
- Poids à la naissance et sensibilité aux maladies (Horikoshi, 2017)
- Solitude (Abdellaoui, 2019)
- Albuminurie (Teumer, 2019)
- Calcification aortique (Malhotra, 2019)
- Thromboembolie veineuse (Klarin, 2019)
- Sclérose systémique (López-Isac, 2019)
- Tremblements (Müller, 2016)
- Indice de masse corporelle (Couto Alves, 2019)
- Comportement reproductif (Barban, 2016)
- Lymphome pulmonaire diffus à cellules B (Kleinstern, 2019)
- Dépendance (nourriture) (Cornelis, 2016)
- Granulomatose éosinophile avec polyangéite (Lyons, 2019)
- Densité osseuse (Kemp, 2017)
- Reflux gastro-œsophagien (An, 2019)
- Maladie d’Alzheimer (Kunkle, 2019)
- Perte auditive (Wells, 2019)
- Fonction pulmonaire saine (Shrine, 2019)
- Vieillissement accéléré (Gibson, 2019)
- Névrosisme (Luciano, 2017)
- Perte de chromosome Y (Thompson, 2019)
- Évanouissement (Hadji-Turdeghal, 2019)
- L’âge du cerveau (Jonsson, 2019)
- Leucémie lymphoblastique aiguë (Vijayakrishnan, 2019)
- Varices (Fukaya, 2018)
- Schizophrénie (Lam, 2019)
- Dégénérescence maculaire liée à l’âge (Fritsche, 2015)
- Syndrome de Brugada (Bezzina, 2013)
- Goutte (étain, 2019)
- Marqueurs d’inflammation dans le sang (Ligthart, 2018)
- Leucémie lymphoïde chronique (Berndt, 2016)
- Psychose (Legge, 2019)
- Glaucome (MacGregor, 2018)
- Perte de mosaïque du chromosome Y (Terao, 2019)
- Erreurs de réfraction (Hysi, 2020)
- Douleur au cou ou à l’épaule (Meng, 2020)
- Moment de la puberté masculine (Hollis, 2020)
- Fréquence cardiaque au repos (Eppinga, 2016)
- Taille du disque optique (Hun, 2019)
- Diabète de type 2 (Cook, 2016)
- Attrait pour les moustiques (Jones, 2017)
- Détachement de la rétine (Boutin, 2019)
- Amincissement de la cornée: kératocône (McComish, 2019)
- Anhédonie, une incapacité à ressentir du plaisir (Ward, 2019)
- Résistance au paludisme (Malaria Genomic Epidemiology Network, 2019)
- Polypes nasaux (Kristjansson, 2019)
- Sclérose latérale amyotrophique (Nicolas, 2019)
- Infection à Helicobacter pylori (Mayerle, 2013)
- Maladie de Kawasaki (Onouchi, 2012)
- Fibrillation auriculaire (Okubo, 2020)
- Consommation élevée d’alcool (Thompson, 2020)
- Hauteur (Bois, 2014)
- Attractivité faciale (Hu, 2019)
- Cancer du sein (Fachal, 2020)
- Insuffisance cardiaque (Shah, 2020)
- Régime alimentaire et schizophrénie (Niarchou, 2020)
- Maladie diverticulaire (Maguire, 2018)
- Lupus (Chen, 2020)
- Jumeaux fraternels (dizygotes) (Mbarek, 2016)
- Habitudes alimentaires (Matoba, 2020)
- Syndrome de détresse respiratoire (Guillen-Guio, 2020)
- Glaucome (Craig, 2020)
- Hémochromatose (Benyamin, 2014)
- Carcinome épidermoïde cutané (Sarin, 2020)
- Ronflement (Campos, 2020)
- Maladie à prions (Mead, 2009)
- Consommation de café (Zhong, 2019)
- Longueur des télomères (Li, 2020)
- Utilisation d’opioïdes (Polimanti, 2020)
- Maladie de Crohn (Franke, 2010)
- Fibrose pulmonaire idiopathique (Allen, 2019)
- Alopécie areata (Petukhova, 2010)
- Podoconiose (Ayele, 2012)
- Indice de masse corporelle (IMC) (Anderson, 2020)
- Maladie coeliaque (Dubois, 2010)
- Testostérone (Ruth, 2020)
- Résistance au VIH (Samson, 1996)
- Vitamine D (Manousaki, 2020)
- Anémie aplasique (Savage, 2020)
- Longueur des télomères (Codd, 2013)
- Calvitie masculine (Pirastu, 2017)
- Douleur au genou (Meng, 2019)
- Cancer du sang (Lin, 2019)
- Génétique et revenu (Hill, 2019)
- Vitiligo (Jin, 2017)
- Niveau de triglycérides (Richardson, 2020)
- Taux de cholestérol LDL (Richardson, 2020)
- Taux de cholestérol HDL (Richardson, 2020)
- Niveau d’apolipoprotéine B (Richardson, 2020)
- Niveau d’apolipoprotéine A-1 (Richardson, 2020)
- Migraine (Anttila, 2013)
- Handedness (Wiberg, 2009)
- Adiposité viscérale (Karlsson, 2019)
- Durée gestationnelle (Liu, 2019)
- Maladie rénale chronique (Hellwege, 2019)
- Maladie cérébrale des petits vaisseaux (Chung, 2019)
- Trouble du spectre autistique (Grove, 2016)
- Tension artérielle (Warren, 2019)
- Arthrite rhumatoïde (Stahl, 2010)
- Cardiomyopathie (Meder, 2014)
- Comportement sexuel homosexuel (Ganna, 2019)
- Épaisseur du cortex cérébral (Grasby, 2020)
- Petite taille familiale (Lin, 2020)
- Prolapsus des organes pelviens (Olafsdottir, 2020)
- Surface du cortex cérébral (Grasby, 2020)
- Cancer du sein (Shu, 2020)
- Longévité (Deelen, 2019)
- Cancer de la thyroïde (Liyanarachchi, 2020)
- Infection à coronavirus du SRAS (Ching, 2010)
- Infection à coronavirus du SRAS (Hamano, 2005)
- Infection à coronavirus du SRAS (Tu, 2015)
- Structures cérébrales sous-corticales (Hilbar, 2015)
- Anorexie nerveuse (Watson, 2019)
- Asthme (Johansson, 2019)
- Cancer colorectal (Huyghe, 2018)
- Dépression (Wray, 2018)
- Maladie d’Alzheimer (Wang, 2019)
- Intelligence (Sniekers, 2017)
- Maladie d’Alzheimer (Deming, 2019)
- Niveaux de cholestérol (Kathiresan, 2008)
- Colite ulcéreuse (Anderson, 2011)
- Thromboembolie veineuse (Lindstrom, 2019)
- Maladie artérielle périphérique (Klarin, 2019)
- Personnalité (Lo, 2017)
- Consommation d’alcool (Evangelou, 2019)
- Comportement risqué (Linnér, 2019)
- ESPT (Gelernter, 2019)
- Acné (Navarini, 2019)
- Calculs rénaux (Thorleifsson, 2009)
- Ménopause (Stolk, 2012)
- Migraine (Freilinger, 2012)
- Mélanome (Barrett, 2011)
- Dépression (Power, 2017)
- Tension artérielle (Surendran, 2016)
- Colite ulcéreuse (UK IBD Genetics Consortium, 2009)
- Maladie d’Alzheimer (Seshadri, 2010)
- Syndrome des jambes sans repos (Winkelmann, 2011)
- Maladie rénale chronique (Chambers, 2010)
- ESPT (Logue, 2012)
- Maladie coronarienne (Lee, 2013)
- AVC (Malik, 2018)
- Obésité (Jiao, 2011)
- Trouble lié à l’usage du cannabis (Demontis, 2019)
- Fente labiale (Yun, 2019)
- Psoriasis (Tsoi, 2015)
- Asthme (Ferreira, 2019)
- Somnolence diurne (Wang, 2019)
- Cirrhose biliaire primitive (Mells, 2011)
- Consommation d’alcool (Jorgenson, 2017)
- Cancer de la vessie (Figueroa, 2013)
- Cancer du sein (Michailidou, 2013)
- Schizophrénie (Consortium psychiatrique GWAS, 2011)
- Trouble bipolaire (Mühleisen, 2014)
- Insomnie (Hammerschlag, 2017)
- Cancer de la thyroïde (Gudmundsson, 2017)
- Tuberculose (Thye, 2012)
- Cancer du pancréas (Childs, 2015)
- Cancer de la prostate (Schumacher, 2011)
- Épilepsie (ILAEC, 2014)
- Insomnie (Lane, 2016)
- Arthrose (arcOGEN Consortium, 2012)
- Scoliose idiopathique de l’adolescent (Kou, 2019)
- Trouble de déficit de l’attention / hyperactivité (Demontis, 2018)
- Gliome (Shete, 2009)
- Emphysème (Parker, 2019)