{"id":9570,"date":"2021-01-05T23:23:06","date_gmt":"2021-01-06T04:23:06","guid":{"rendered":"https:\/\/nebula.org\/blog\/genome\/"},"modified":"2021-02-20T20:22:56","modified_gmt":"2021-02-21T01:22:56","slug":"genome","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/nebula.org\/blog\/fr\/genome\/","title":{"rendered":"G\u00e9nome &#8211; Le code de la vie \u00e0 l&rsquo;int\u00e9rieur de tous les organismes vivants"},"content":{"rendered":"\n<h2 class=\"wp-block-heading\" id=\"h-what-s-a-genome\"><strong>Qu&rsquo;est-ce qu&rsquo;un g\u00e9nome?<\/strong><\/h2>\n\n<p>Le g\u00e9nome est l&rsquo;ensemble du mat\u00e9riel qui porte les informations h\u00e9r\u00e9ditaires d&rsquo;une cellule ou d&rsquo;une particule virale. Il existe sous forme de chromosomes,<a href=\"https:\/\/nebula.org\/blog\/fr\/acide-desoxyribonucleique-adn\/\"> ADN<\/a> , ou ARN dans le cas des virus \u00e0 ARN. Dans un sens abstrait, cela inclut \u00e9galement l&rsquo;int\u00e9gralit\u00e9 des informations h\u00e9r\u00e9ditaires d&rsquo;un individu.<\/p>\n\n<p>Le terme \u00abg\u00e9nome\u00bb a \u00e9t\u00e9 invent\u00e9 par Hans Winkler en 1920. La recherche sur le g\u00e9nome \u00e9tudie g\u00e9n\u00e9ralement la variation structurelle et les interactions entre<a href=\"https:\/\/nebula.org\/blog\/fr\/les-genes\/\"> les g\u00e8nes<\/a> .<\/p>\n\n<figure class=\"wp-block-image size-large\"><img decoding=\"async\" width=\"1024\" height=\"610\" src=\"https:\/\/nebula.org\/blog\/wp-content\/uploads\/2020\/12\/genome1-1024x610.png\" alt=\"\" class=\"wp-image-3069\" title=\"Du g&#xE9;nome humain aux g&#xE8;nes\" srcset=\"https:\/\/nebula.org\/blog\/wp-content\/uploads\/2020\/12\/genome1-1024x610.png 1024w, https:\/\/nebula.org\/blog\/wp-content\/uploads\/2020\/12\/genome1-300x179.png 300w, https:\/\/nebula.org\/blog\/wp-content\/uploads\/2020\/12\/genome1-768x457.png 768w, https:\/\/nebula.org\/blog\/wp-content\/uploads\/2020\/12\/genome1-16x10.png 16w, https:\/\/nebula.org\/blog\/wp-content\/uploads\/2020\/12\/genome1.png 924w\" sizes=\"(max-width: 1024px) 100vw, 1024px\" \/><figcaption>Le g\u00e9nome humain est organis\u00e9 en chromosomes, qui contiennent des s\u00e9quences d&rsquo;ADN contenant des g\u00e8nes. La source:<a href=\"https:\/\/commons.wikimedia.org\/wiki\/File:Human_genome_to_genes-it.png\"> LoStrangolatore \/ CC BY 3.0<\/a><\/figcaption><\/figure>\n\n<figure class=\"wp-block-table\"><table class=\"has-subtle-pale-pink-background-color has-background\"><tbody><tr><td><a href=\"https:\/\/nebula.org\/whole-genome-sequencing\/\"><strong>\u00cates-vous int\u00e9ress\u00e9 \u00e0 d\u00e9coder 100% de votre ADN? Nebula Genomics propose le s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome entier le plus abordable! Commencez une vie de d\u00e9couverte avec un acc\u00e8s complet \u00e0 vos donn\u00e9es g\u00e9nomiques, des mises \u00e0 jour hebdomadaires bas\u00e9es sur les derni\u00e8res d\u00e9couvertes scientifiques, une analyse ascendante avanc\u00e9e et de puissants outils d&rsquo;exploration du g\u00e9nome. 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Cependant, les r\u00e9gions non codantes peuvent \u00e9galement avoir des fonctions importantes, par exemple dans la r\u00e9gulation g\u00e9nique. Il existe \u00e9galement des pseudog\u00e8nes: des g\u00e8nes devenus sans fonction \u00e0 cause de mutations et qui ne peuvent plus \u00eatre lus par l&rsquo;organisme.<\/p>\n\n<p>En plus de l&rsquo;ADN dans le noyau, du mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique suppl\u00e9mentaire peut \u00eatre trouv\u00e9 dans d&rsquo;autres parties de la cellule. Chez les eucaryotes, de petites s\u00e9quences g\u00e9nomiques propres se trouvent dans les mitochondries (mitog\u00e9nome, \u00e9galement chondriome). Dans les algues et les plantes terrestres, on les trouve presque toujours dans les chloroplastes et autres plastides (plastome). Les procaryotes (bact\u00e9ries et arch\u00e9es) contiennent souvent des mol\u00e9cules d&rsquo;ADN suppl\u00e9mentaires, relativement courtes et autonomes, appel\u00e9es plasmides.<\/p>\n\n<h2 class=\"wp-block-heading\" id=\"h-organization-of-genomes\"><strong>Organisation des g\u00e9nomes<\/strong><\/h2>\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\" id=\"h-eukaryotes\"><strong>Eucaryotes<\/strong><\/h3>\n\n<p>Chez les eucaryotes, le g\u00e9nome nucl\u00e9aire (caryome) se compose de plusieurs \u00e0 nombreux chromosomes en forme de brin. L&rsquo;ADN nucl\u00e9aire est \u00e9galement appel\u00e9 ADN nucl\u00e9aire (ADNn). Le nombre de chromosomes est sp\u00e9cifique \u00e0 l&rsquo;esp\u00e8ce et peut varier de deux (chez le ver de cheval) \u00e0 plusieurs centaines (chez certaines foug\u00e8res). <\/p>\n\n<p>Le nombre de chromosomes change \u00e9galement lorsque la phase nucl\u00e9aire change (m\u00e9iose et caryogamie). Les g\u00e9nomes eucaryotes ont \u00e9galement une forte proportion d&rsquo;ADN non codant et la structure intron-exon dans ses g\u00e8nes.<\/p>\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\" id=\"h-prokaryotes\"><strong>Procaryotes<\/strong><\/h3>\n\n<p>Chez les procaryotes, l&rsquo;ADN est pr\u00e9sent sous la forme d&rsquo;une longue mol\u00e9cule autonome. De plus, des mol\u00e9cules d&rsquo;ADN plus courtes, \u00e9galement autonomes, appel\u00e9es plasmides, peuvent \u00eatre pr\u00e9sentes en nombre variable. Ceux-ci peuvent \u00eatre amplifi\u00e9s ind\u00e9pendamment de l&rsquo;ADN principal et transmis \u00e0 d&rsquo;autres cellules procaryotes (conjugaison), m\u00eame au-del\u00e0 des limites des esp\u00e8ces. En r\u00e8gle g\u00e9n\u00e9rale, ils ne contiennent que quelques g\u00e8nes, qui par exemple m\u00e9dient la r\u00e9sistance aux antibiotiques.<\/p>\n\n<p>Les g\u00e9nomes procaryotes sont g\u00e9n\u00e9ralement beaucoup plus petits que les g\u00e9nomes eucaryotes. Ils contiennent des parties non codantes relativement petites (5-20%) et \u00e9galement peu ou pas d&rsquo;introns.<\/p>\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\" id=\"h-organelles\"><strong>Organelles<\/strong><\/h3>\n\n<p>Les g\u00e9nomes des mitochondries, des plastes et d&rsquo;autres types d&rsquo;hydrog\u00e9nosomes sont organis\u00e9s comme des procaryotes \u00bb. Selon la th\u00e9orie endosymbiotique, on pense que ces organites existaient auparavant en tant que procaryotes libres. Ces \u00abmitog\u00e9nomes\u00bb et \u00abplastomes\u00bb contiennent \u00e9galement une petite partie des g\u00e8nes n\u00e9cessaires \u00e0 leur propre fonction. C&rsquo;est pourquoi ces organites sont dits \u00ab\u00a0semi-autonomes\u00a0\u00bb.<\/p>\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\" id=\"h-viruses\"><strong>Virus<\/strong><\/h3>\n\n<p>Les g\u00e9nomes viraux sont tr\u00e8s petits, car ils ne contiennent que quelques prot\u00e9ines. Les informations g\u00e9n\u00e9tiques sont tr\u00e8s condens\u00e9es car diff\u00e9rents g\u00e8nes se chevauchent. Certaines sections peuvent \u00e9galement fonctionner comme des g\u00e8nes dans diff\u00e9rentes directions de lecture de s\u00e9quence en m\u00eame temps. Le g\u00e9nome viral (\u00e9galement appel\u00e9 virom) peut<\/p>\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li>se composent d&rsquo;ADN ou d&rsquo;ARN,<\/li><li>cela peut \u00eatre simple ou double brin,<\/li><li>\u00eatre lin\u00e9aire ou circulaire ferm\u00e9, et<\/li><li>sont segment\u00e9s en plusieurs parties (multipartite) ou non segment\u00e9es (monopartite)<\/li><\/ul>\n\n<p>Les r\u00e9trovirus sont une particularit\u00e9. Leur g\u00e9nome ARN peut \u00eatre \u00ab\u00a0traduit\u00a0\u00bb en ADN par transcription inverse et int\u00e9gr\u00e9 dans le g\u00e9nome h\u00f4te. Les propri\u00e9t\u00e9s des g\u00e9nomes des virus sont des crit\u00e8res importants pour leur classification.<\/p>\n\n<p>Certains virus et en particulier les virophages (virus qui attaquent d&rsquo;autres virus) poss\u00e8dent des \u00e9l\u00e9ments g\u00e9n\u00e9tiques mobiles (transposons, transpovirons, polintons). En g\u00e9n\u00e9ral, leur totalit\u00e9 est \u00e9galement appel\u00e9e un mobilome.<\/p>\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\" id=\"h-viroids\"><strong>Viro\u00efdes<\/strong><\/h3>\n\n<p>L&rsquo;ARN g\u00e9nomique des viro\u00efdes est court. Il couvre entre 241 et 401 nucl\u00e9otides et contient de nombreuses r\u00e9gions compl\u00e9mentaires qui forment des structures secondaires double brin. Les viro\u00efdes n&rsquo;ont pas d&rsquo;enveloppe suppl\u00e9mentaire et sont 80 \u00e0 100 fois plus petits que les plus petits virus. Ils se reproduisent dans les cellules vivantes des plantes sup\u00e9rieures.<\/p>\n\n<h2 class=\"wp-block-heading\" id=\"h-genome-sizes\"><strong>Tailles du g\u00e9nome<\/strong><\/h2>\n\n<p>La taille du g\u00e9nome est la quantit\u00e9 d&rsquo;ADN pr\u00e9sente dans un g\u00e9nome. Chez les eucaryotes, cette information fait g\u00e9n\u00e9ralement r\u00e9f\u00e9rence \u00e0 l&rsquo;ensemble haplo\u00efde de chromosomes, \u00e9galement appel\u00e9 valeur C. Soit le nombre de paires de bases pr\u00e9sentes (pb), soit la masse d&rsquo;ADN dans l&rsquo;unit\u00e9 pg (picogramme) est donn\u00e9e. <\/p>\n\n<p>Un pg d&rsquo;ADN double brin est constitu\u00e9 d&rsquo;environ 0,978-109 pb, soit pr\u00e8s d&rsquo;un milliard de paires de bases. Diff\u00e9rents organismes<a href=\"https:\/\/www.nature.com\/articles\/6800981\"> avoir un rapport picogrammes \/ paires de bases diff\u00e9rent<\/a> n\u00e9anmoins et les deux unit\u00e9s ne sont pas toujours faciles \u00e0 comparer.<\/p>\n\n<p>Avec la facilit\u00e9 de<a href=\"https:\/\/nebula.org\/blog\/fr\/sequencage-adn\/\"> s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome<\/a> au cours de la derni\u00e8re d\u00e9cennie, la mesure de la taille du g\u00e9nome en paires de bases est plus courante. Pour additionner 1 000 paires de bases, le terme \u00abpaires de kilobases\u00bb (kpb ou kb) est g\u00e9n\u00e9ralement utilis\u00e9. Pour un million de paires de bases, nous utilisons des \u00abpaires de m\u00e9gabase\u00bb (Mbp ou Mb).<\/p>\n\n<p>En 1972, le poumon \u00e9thiopien (<em> Protopterus aethiopicus<\/em> ) est souvent cit\u00e9 comme un vert\u00e9br\u00e9 avec le plus grand g\u00e9nome<a href=\"https:\/\/www.nature.com\/articles\/6800981\"> \u00e0 environ 133 pg<\/a> . En 2014, le record a \u00e9t\u00e9 battu par le criquet commun (<em> Locusta migratoria<\/em> ) avec<a href=\"https:\/\/www.sciencedaily.com\/releases\/2014\/01\/140116113556.htm\"> 6,3 Gbp<\/a> . En 2018,<a href=\"https:\/\/www.mpg.de\/11886639\/decoding-the-axolotl-genome\"> 32 milliards de paires de bases<\/a> ont \u00e9t\u00e9 d\u00e9tect\u00e9s \u00e0 partir de l&rsquo;axolotl mexicain (<em> Ambystoma mexicanum<\/em> ).<\/p>\n\n<figure class=\"wp-block-image size-large\"><img decoding=\"async\" width=\"1024\" height=\"589\" src=\"https:\/\/nebula.org\/blog\/wp-content\/uploads\/2020\/12\/genome2-1024x589.jpg\" alt=\"\" class=\"wp-image-3070\" title=\"Axolotl mexicain\" srcset=\"https:\/\/nebula.org\/blog\/wp-content\/uploads\/2020\/12\/genome2-1024x589.jpg 1024w, https:\/\/nebula.org\/blog\/wp-content\/uploads\/2020\/12\/genome2-300x173.jpg 300w, https:\/\/nebula.org\/blog\/wp-content\/uploads\/2020\/12\/genome2-768x442.jpg 768w, https:\/\/nebula.org\/blog\/wp-content\/uploads\/2020\/12\/genome2-1536x884.jpg 1536w, https:\/\/nebula.org\/blog\/wp-content\/uploads\/2020\/12\/genome2-16x9.jpg 16w, https:\/\/nebula.org\/blog\/wp-content\/uploads\/2020\/12\/genome2.jpg 924w\" sizes=\"(max-width: 1024px) 100vw, 1024px\" \/><figcaption>L&rsquo;axolotl mexicain (<em> Ambystoma mexicanum<\/em> ) a le record le plus r\u00e9cent du plus grand g\u00e9nome chez les vert\u00e9br\u00e9s \u00e0 environ 32 Gbp. La source:<a href=\"https:\/\/commons.wikimedia.org\/wiki\/File:Ke_-_Ambystoma_mexicanum_-_1.jpg\"> Em\u0151ke D\u00e9nes \/ CC BY-SA 4.0<\/a> .<\/figcaption><\/figure>\n\n<p>L&rsquo;endosymbionte aux puces des feuilles<em> Carsonella ruddii<\/em> a le plus petit g\u00e9nome bact\u00e9rien quantifi\u00e9<a href=\"https:\/\/www.nature.com\/news\/2006\/061009\/full\/news061009-10.html\"> en 2006<\/a> . Sa mol\u00e9cule d&rsquo;ADN circulaire ne contient qu&rsquo;environ 160000 paires de bases, qui contiennent toutes les informations dont elle a besoin pour vivre.<\/p>\n\n<p>L&rsquo;ADN d&rsquo;une seule cellule humaine mesure environ 1,80 m de long lorsqu&rsquo;il est attach\u00e9 ensemble. Th\u00e9oriquement, une paire de bases a un contenu informationnel de 2 bits car elle peut prendre 4 \u00e9tats (A \/ T \/ G \/ C). Avec environ 3,27 milliards de paires de bases, son contenu d&rsquo;information maximal serait de 6,54 milliards de bits ou 780 Mio. <\/p>\n\n<p>Le contenu r\u00e9el de l&rsquo;information est vraisemblablement inf\u00e9rieur car de grandes parties de l&rsquo;ADN contiennent des s\u00e9quences non codantes avec des fonctions de r\u00e9gulation partielles. Selon le<a href=\"https:\/\/www.genome.gov\/human-genome-project\/results\"> r\u00e9sultats du projet sur le g\u00e9nome humain<\/a> en 2003, 99,99% du g\u00e9nome humain contient des g\u00e8nes.<\/p>\n\n<p>Il y a un manque de corr\u00e9lation entre la taille du g\u00e9nome et la complexit\u00e9 de l&rsquo;organisme, ou le \u00abparadoxe de la valeur C\u00bb. Par exemple, les caud\u00e9s ont des g\u00e9nomes plus grands que les reptiles, les oiseaux et les mammif\u00e8res. Les poissons-poumons et les poissons cartilagineux ont des g\u00e9nomes plus grands que les vrais poissons osseux. Dans les plantes \u00e0 fleurs ou les protozoaires, cependant, la taille du g\u00e9nome varie consid\u00e9rablement. <\/p>\n\n<p>La plus grande quantit\u00e9 d&rsquo;ADN se trouve dans les eucaryotes simples tels que les amibes et les foug\u00e8res primitives. Ces organismes ont environ un billion de paires de bases. Leur g\u00e9nome contient \u00e9galement des g\u00e8nes individuels sous forme de milliers de copies et de longues sections non codantes pour les prot\u00e9ines.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Qu&rsquo;est-ce qu&rsquo;un g\u00e9nome? Le g\u00e9nome est l&rsquo;ensemble du mat\u00e9riel qui porte les informations h\u00e9r\u00e9ditaires d&rsquo;une cellule ou d&rsquo;une particule virale. Il existe sous forme de chromosomes, ADN , ou ARN dans le cas des virus \u00e0 ARN. 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