Как использовать GEDmatch — Полное руководство по поиску родственников

Введение в GEDmatch

GEDmatch — это в первую очередь бесплатный генеалогический сайт, который позволяет пользователям загружать результаты собственных тестов аутосомной ДНК и находить связанных людей. Он был основан Кертисом Роджером в 2010 году. Мощный инструмент GEDmatch Genesis находит совпадающие сегменты ДНК у 1,3 миллиона пользователей, независимо от того, от какой компании исходные данные. Пользователи могут загружать данные с самых разных сайтов, что позволяет людям находить членов семьи, даже если один использует 23andMe, а другой — AncestryDNA. Есть также другие инструменты ДНК, которые позволяют исследовать вашу родословную.

Одним из основных недостатков GEDmatch является то, что он не предназначен для начинающих пользователей. Вот для чего предназначен этот учебник: мы расскажем, как зарегистрироваться бесплатно, загрузить необработанные данные ДНК с других сайтов тестирования ДНК, как посмотреть на свою родословную и изучить отношения в вашей семье.

GEDmatch безопасен?

GEDmatch не будет предоставлять вам неточную медицинскую информацию, которая может привести к ошибочному обращению за медицинской помощью, поскольку она вообще не собирается предлагать вам какую-либо медицинскую или медицинскую информацию. Он также не позиционирует себя как наиболее точный и точный показатель этнической принадлежности. Инструменты добавления / наследия извлекают данные из множества разных источников, и ваши результаты будут варьироваться в зависимости от того, какой проект вы выберете.

Прежде чем вы начнете загружать свои генетические данные на случайные веб-сайты, вы должны узнать больше о том, кто получает эти данные. GEDmatch в настоящее время принадлежит Verogen, компании, занимающейся криминалистической геномикой. Verogen зарабатывает деньги отчасти тем, что позволяет правоохранительным органам использовать свою генеалогическую базу данных для раскрытия преступлений. Это может означать, что ваша ДНК может помочь идентифицировать жертву преступления — или преступника.

Как зарегистрироваться

Регистрация проста. Перейти к страница регистрации и введите свое имя, псевдоним, если вы не хотите, чтобы ваше имя отображалось публично, адрес электронной почты и пароль. Ваш адрес электронной почты и пароль будут вашим логином в GEDmatch.

Электронная почта должна быть действительной, поскольку GEDmatch отправит код проверки. Имейте в виду, что это электронное письмо будет видно другим пользователям, если вы решите использовать центральный инструмент сопоставления ДНК «один ко многим». Хотя запрашивается ваше настоящее имя, это, похоже, не подтверждается.

Как загрузить данные в GEDmatch

GEDmatch не предлагает тестирование ДНК, а только интерпретацию существующих результатов ДНК. Следовательно, вам нужно будет загрузить свои данные из любой компании по тестированию на основе SNP, в которую вы отправили образец. Вы можете либо выполнить поиск «как загрузить необработанные генетические данные из» и название вашей тестирующей компании, либо перейти непосредственно к руководствам из ДНК предков , 23 и я , или же Семейное древо ДНК .

В зависимости от того, где проводилось тестирование, вы можете загрузить отдельный файл или папку. Скорее всего, он будет сжат с помощью gzip, что займет меньше места, но сделает его таким, чтобы только компьютер мог его прочитать. Чтобы «разархивировать» его и сделать доступным для чтения человеком, на Mac дважды щелкните по нему или, на ПК, щелкните правой кнопкой мыши и выберите «разархивировать». Теперь вы можете открыть его в WordPad или Excel.

GEDmatch принимает только то, что он называет «форматом 23andMe». Это отличается от «Вариант формата вызова» или «VCF». GEDmatch не принимает файлы .vcf. Вероятно, вы сможете напрямую скачать файл в формате 23andMe. Если вы можете загрузить только VCF, проверьте этот учебник (прокрутите вниз до раздела «Преобразование файлов VCF в файлы 23andMe»).

GEDmatch не принимает полные экзомы или геномы. Они также рекомендуют не загружать вмененные данные, когда компьютер пытался угадать, что ваша ДНК могла быть между действительно проверенными SNP. Вы должны загружать только сырые данные SNP.

GEDmatch проверит правильность формата файла и отклонит его, если это не так. Если вы хотите самостоятельно убедиться, что файл имеет формат 23andMe, вы можете открыть его в Wordpad или Excel. Скорее всего, наверху будут строки, начинающиеся с хэштега, они игнорируются компьютером. Остальное будет выглядеть так:

# генотип положения хромосомы rsid

rs3094315 1 752566 AA

rs3131972 1 752721 GA

rs75333668 1 762320 CC

rsID — это имя SNP, хромосома и позиция, где находится SNP, а генотип — это то, что SNP находится в этой позиции. Есть две буквы, по одной от каждого родителя.

Теперь вы можете загрузить свою генетическую информацию в GEDmatch. Эта кнопка находится в правой части главной страницы, отмечена в красном поле ниже и гласит: «Общие загрузки (23andMe, FTDNA, AncestryDNA, Living DNA и большинство других)».

На следующей странице рекомендуется указать как можно больше информации. Однако единственные необходимые поля — это имя и то, что вы нажимаете переключатель, указывающий, что вы имеете право загружать данные (потому что это ваше, у вас есть его разрешение, человек мертв или вы правоохранительные органы). Все остальное необязательно. Если вы не знаете ответа, оставьте поле пустым.

Самый последний набор вопросов не обязателен, но на него важно ответить. Это запрашивает настройки конфиденциальности для этого профиля ДНК, также называемого «набором ДНК».

По умолчанию выбран вариант «Согласие», который позволит правоохранительным органам получать доступ к вашим данным для поиска преступников. Важно отметить, что GEDmatch использовался для выявления преступников путем поиска даже дальних родственников. GEDmatch был использован для раскрытия холодного дела об убийце Голден Стэйт путем сопоставления ДНК с места преступления третьему или четвертому кузену.

Я выбрал вариант «Отказаться», который позволяет мне сравнивать свой комплект с другими и позволяет людям, не связанным с правоохранительными органами, находить меня. Другие варианты включают исследование, которое позволяет вам видеть совпадения, но не позволяет совпадениям видеть вас, или частное, что не позволит вам найти членов семьи с помощью инструмента Genesis, но позволит вам использовать другие инструменты предков.

Даже если вы откажетесь от рассылки или решите сохранить конфиденциальность данных, GEDmatch все равно передаст данные правоохранительным органам, если суд запросит эту информацию.

Нажмите «Выбрать файл», найдите файл на своем компьютере, а затем нажмите «Загрузить». После того, как вы добавили файл, загрузка может занять несколько минут. Не покидайте страницу и не нажимайте «Обновить». Время будет зависеть от размера вашего файла геномных данных и скорости загрузки. Если на это уходит больше десяти минут, попробуйте еще раз.

Если ваш файл слишком большой и медленно загружается, вы можете повторно заархивировать его. На Mac нажмите ctrl + щелкните имя файла и выберите «Сжать». На ПК щелкните левой кнопкой мыши, выберите «Отправить» и выберите «Сжатая (заархивированная) папка».

Затем вы увидите несколько больших зеленых чисел, которые подсчитывают, проверяя, что каждая из ваших хромосом была найдена в вашем файле, а затем он выдаст вам «номер набора». Это понадобится вам для всего анализа GEDmatch. Не беспокойтесь о том, чтобы записать его в безопасное место, оно появится на домашней странице, и вы сможете скопировать и вставить его оттуда.

Чтобы вернуться на главную страницу, вам нужно будет ответить на вопрос GEDmatch: «Когда мой комплект будет доступен для инструмента« один ко многим »?» с «Обычно от 24 до 48 часов». Это стратегия GEDmatch, которая не позволяет вам писать им по электронной почте и спрашивать, почему вы еще не можете найти свои результаты.

Инструмент GEDmatch «один ко многим» требует времени для запуска, потому что он должен сравнить вашу ДНК с ДНК всех 1,3 миллиона пользователей. Не волнуйтесь, есть и другие инструменты, которыми можно поиграть, пока вы ждете.

Как смотреть на вашу добавку / наследие

Чтобы посмотреть на свою добавку (наследие), вам нужно найти номер вашего набора. Моя выделена зеленым прямоугольником слева вверху. Вы можете записать это или просто скопировать, чтобы вставить позже. Затем нажмите «Примесь (наследие)» в правой части экрана.

Анализ примеси работает путем сопоставления фрагментов ваших SNP с набором ссылок. Важно, чтобы вы сравнивали правильный набор ссылок. В противном случае программа может попытаться добиться совпадения, которое на самом деле не является точным, но наиболее близким, и упустить совпадение, которое она могла бы сделать.

Эта таблица содержит исчерпывающий список каждой из групп населения в каждом проекте.

MDLP хорош как глобальный калькулятор. Он собирает данные со всего мира. MDLP world и MDLP world-22 полезны для всех, кто хочет получить широкое представление о своей родословной. MDLp world-22 включает пигмеев, западноазиатский, североевропейский мезолит (древний образец ДНК), индо-тибетский, мезоамериканский, арктический-американский, южноамериканский-американский, индийский, северо-сибирский, атлантический-средний-неолитический, самодийский, индо-иранский, восточно-сибирский. , Северо-Восточно-Европейский, Южно-Африканский, Северо-Американский, Субсахарский, Восточно-Южно-Азиатский, Ближневосточный, Меланезийский, Палео-Сибирский и Австронезийский.

Eurogenes предоставляет более точную карту Европы с помощью Eurogenes EUtest V2 K15, включая Северное море, Атлантику, Балтику, Восточную Европу, Западную Среду, Западную Азию, Восточную Среду, Красное море, Южную Азию, Юго-Восточную Азию, Сибирь, Индийцы, Океанию, Северо-Восточную Африку и Южную Сахару.

Dodecad имеет несколько различных группировок, которые обеспечивают хорошее разнообразие для тех, кто имеет африканское наследие (Dodecad Africa9 с Европой, NW_Africa, SW_Asia, E_Africa, Mbuti, W_Africa, Baika и San) или азиатское наследие (Dodecad V3 с восточноевропейским, западноевропейским, средиземноморским, неоафриканским , Западная Азия, Южная Азия, Северо-Восточная Азия, Юго-Восточная Азия, Восточная Африка, Юго-Западная Азия, Северо-Западная Африка и Палео-Африка).

HarappaWorld предназначен для южноазиатского происхождения и включает южно-индийских, белуджских, кавказских, северо-восточноевропейских, юго-азиатских, сибирских, северо-азиатских, папуасских, американских, берингийских, средиземноморских, юго-азиатских, сан (южноафриканских охотников-собирателей) , Восточноафриканский, Пигмейский и Западноафриканский.

Эфиохеликс предназначен для тех, кто имеет африканское происхождение с Ethiohelix K10 Africa Only, включая Нило-Сахару, Восточную Африку2, Мбути-Пигмеев, Восточную Африку1, Хой-Сан, Западную Африку, Хадза, Биака-Пигмеи, Северная Африка и Омотик.

puntDNAL извлекает данные из древней ДНК, с помощью puntDNAL K10 Ancient, включая ASI (древний южноиндийский), южно-южно-индийский, океанический, берингийский, END (ранние неолитические фермеры), CHG (кавказские охотники-собиратели), сибирский, E_Asian WHG (западноевропейский сбор охотников) ) и индейцы.

Гедрозия также использует древнюю ДНК с Gedrosia Ancient Eurasia K6, включая Ancestral North Eurasian, Ancestral South Eurasian, East_Asian, West European Hunter-Gatherer, Natufian и Sub_Saharan.

Результаты теста можно визуализировать различными способами, включая «пропорции», которые представляют собой круговую диаграмму, или «смесь по хромосомам», которая включает информацию о том, какие части ваших хромосом идентифицированы как происходящие из каждого региона.

Круговая диаграмма полезна, чтобы увидеть, каковы ваши оценки общего происхождения. Хромосомная раскраска позволяет вам увидеть, какие области вашего генома принадлежат к какой популяции, и помогает показать немного больше неопределенности в оценках — области, которые разноцветные, могут происходить из любой из этих популяций, поскольку популяции имеют похожую ДНК в этом геноме. область.

Как узнать, связаны ли ваши родители

Подобно тому, как GEDmatch позволяет вам находить родственников в их базе данных ДНК, сопоставляя сегменты вашей ДНК с их, вы можете проверить, были ли ваши родители родственниками, ища сегменты вашей собственной ДНК, которые совпадают сами с собой. У вас есть две копии каждой хромосомы, по одной от каждого родителя. и можете сравнить их друг с другом. Если совпадают большие куски, скорее всего, у ваших родителей недавний общий предок.

К счастью, мои результаты были довольно скучными.

Красный цвет означает отсутствие совпадения, зеленый — совпадение, а синий — длительное совпадение. Ожидается, что некоторые короткие матчи будут случайными. Несколько длинных совпадений указывают на то, что ваши родители связаны.

Как проверить, связаны ли вы с какими-либо древними людьми

Все произошли от некоторых древних людей, но не все древние люди были секвенированы. Иногда ученые находят древние останки, в которых все еще есть человеческая ДНК, которая находится в достаточно хорошей форме для извлечения генетической информации.

Это приложение работает аналогично инструменту сравнения ДНК «один ко многим», который вы, вероятно, все еще ждете, чтобы запустить. Он сравнивает вашу ДНК с древними образцами и проверяет, совпадают ли какие-либо длинные участки.

Инструмент позволяет вам изменить длину подходящего растяжения. 0,5 см — это довольно мало и есть много совпадений. Многие совпадения не обязательно указывают на наличие близких отношений. Они обозначены оранжевым цветом. Каждая оранжевая полоса показывает, какая часть хромосом древнего человека соответствует моей.

Однако, если вы увеличите растяжку, которая должна соответствовать большему числу, здесь 5 см, будет соответствовать значительно меньшее количество растяжек. Это означает, что я не очень близок к этим древним людям. Не было совпадений выше 6 см.

Как посмотреть на совпадающие сегменты у нескольких человек

Вместо того, чтобы просто сравнивать ваши хромосомы с другими (один ко многим), браузер 3-D хромосом позволяет проводить до 9 сравнений одновременно (многие ко многим).

Здесь я смотрю на двух человек, которые являются родителями и детьми, а также на одного дальнего родственника. Цветные полосы — это части Х-хромосомы, которые совпадают у этих двух людей. Оранжевый цвет показывает, что большая часть Х-хромосомы совпадает между матерью и ребенком.

Центральная часть, не выделенная как совпадение, является центромерой. В середине каждой хромосомы есть центромера. Центромерная ДНК очень повторяющаяся и не содержит генов. Поэтому он обычно не включается в анализ SNP.

У мамы и ребенка, вероятно, также есть совпадающие центромеры, но поскольку в этой области не анализировались SNP, нельзя подтвердить, что они одинаковы.

Желтые полосы показывают часть Х-хромосомы, которая соответствует более дальнему родственнику. Этот кусок меньше, так как человек более отдаленно связан. Этот фрагмент также соответствует и матери, и ребенку, что указывает на то, что родственник связан с ребенком через мать. Если бы дальний родственник был связан с ребенком через отца, совпадения не было бы.

Вы можете использовать 3D-браузер хромосом для любых людей, от которых у вас есть наборы. Однако у неродственных людей не будет совпадающей ДНК, и они не дадут очень интересных участков.

Как найти номера комплектов для связанных лиц? Вы используете инструмент «один ко многим»!

Как использовать инструмент «один ко многим»

Через 1-2 дня после загрузки информации о ДНК вы можете ввести номер своего (или любого другого) комплекта вверху и нажать кнопку поиска. Это привлечет людей, у которых есть общие сегменты ДНК с вами, также известные как ваша семья.

Первый столбец — это номер набора, который однозначно определяет загрузку ДНК и позволяет любому пользователю повторить любой анализ, используя этот номер набора вместо своего собственного. Это означает, что вы можете взять номер набора, который вы найдете здесь, и подключить его к инструментам, описанным выше: вы можете узнать их происхождение / происхождение, были ли их родители родственниками, или сравнить их хромосомы с кем-либо еще, номер набора которого вы копируете и вставляете.

Во втором столбце указывается псевдоним, который пользователь выбирает для этого набора, а в третьем — адрес электронной почты пользователя. Пользователь может быть не человеком, от которого принадлежит ДНК. Вы не должны предполагать, что этот адрес электронной почты принадлежит вашему родственнику, а только то, что он принадлежит кому-то, имеющему право загружать информацию о ДНК вашего родственника.

После информации о пользователе идет «GED». GED в GEDmatch означает GE неалогический D Ата. Это исходит от GEDCOM ( GE неалогический D Ата COM munication) формат файла.

Если у вас есть подробное генеалогическое древо в программном обеспечении для генеалогических исследований, его можно экспортировать в формат GEDCOM и загрузить в GEDmatch. Это позволит вам связать родословные с помощью функции взаимосвязи в инструменте «один ко многим» GEDmatch. Если с комплектом связана запись GEDCOM, она будет отображаться в виде ссылки в этом столбце.

Возраст в днях указывает на то, как давно комплект был загружен. Тип описывает. Пол — это двоичный мужской или женский пол, который пользователь указал при загрузке набора. Другие записи, которые мог указать пользователь, — это гаплогруппы: Mt и Y.

Mt — сокращение от митохондрии. Митохондрии передаются от матери к ребенку и не рекомбинируются и не фрагментируются с каждым поколением, как это делает большая часть генома. Это позволяет людям прослеживать свою родословную напрямую через своих матерей.

Y похож на Mt, но только для мужчин. Только самые концы Y-хромосомы могут рекомбинировать с X-хромосомой, что означает, что большая часть Y-хромосомы передается от отца к сыну в неизменном виде. Это позволяет мужчинам проследить свою родословную от отцов.

GEDmatch не сообщит вам вашу гаплогруппу, но вы сможете выяснить это, если у ваших родственников есть информация о своей гаплогруппе. Если у вас общий предок по материнской линии, у вас одна и та же гаплогруппа Mt. Если вы мужчина и имеете общего предка по отцовской линии с другим мужчиной, то у вас такая же гаплогруппа Y.

Далее идет «Общий cM» матча. CentiMorgans — это показатель длины ДНК, который влияет на частоту рекомбинации определенных пятен. Двумя столбцами позже будет «Самый большой», в котором указан самый длинный сегмент, совпадающий между двумя людьми.

Столбец «Поколения» дает оценку количества поколений между двумя людьми. 1 представляет собой родительско-дочерние отношения, 1,2 — брат или сестра, 1,4 — сводный брат, дядя или бабушка или дедушка. 2 будет двоюродным братом, поскольку последний общий предок был 2 поколения назад, 2,6 будет двоюродным братом после удаления, 3 будет троюродным братом с последним общим предком 3 поколения назад. Прогноз нарушается более чем на 4.

У рассматриваемого человека есть два родственника первой степени родства, родители или дети, один родственник с полутора четвертью степени, например тетя, и родственник второй степени, вероятно, двоюродный брат. Мои собственные результаты были выше, чем у родственников четвертой степени родства.

Источник сообщает, что компания создала геномные данные или что данные были перенесены (перенесены) со старого сайта GEDmatch. Возможность извлекать из различных наборов для тестирования ДНК одно из оригинальных преимуществ GEDmatch. Если пользователь хочет найти членов семьи, ему не нужно покупать наборы Ancestry и 23andMe. Пользователь может выполнять поиск по всем загруженным данным ДНК независимо от службы тестирования ДНК.

В столбце «Перекрытие» указано, сколько SNP фактически сравнивалось. Это не выполняется для перенесенных комплектов. Новая система генезиса не требует, чтобы наборы тестировали одни и те же точные SNP, чтобы сказать, что два человека связаны между собой. Однако большее количество SNP, которые совпадают напрямую, означает большую уверенность в совпадении.

Как выполнить итерацию с GEDmatch

GEDmatch дает возможность наблюдать за связями между людьми. Если достаточное количество ваших родственников загрузили свои данные, вы можете найти их, посмотреть, какие из них связаны друг с другом, и построить свое семейное древо. После того, как вы найдете в комплекте количество людей, связанных с вами, вы можете выполнить любой анализ этого человека, который вы бы сделали для себя. Это может позволить вам точно определить, откуда взялись различные части вашего наследия.

Даже если у вас нет близких родственников, вы можете найти набор незнакомцев, найти их семейные связи и узнать об их семейной истории и наследии. Это может быть любопытно приятно, но помните, что любой другой может сделать то же самое с вашими данными.

Как удалить ваши данные из GEDmatch

Чтобы удалить данные из GEDmatch, нажмите на карандаш рядом с информацией о комплекте на главной странице.

Вы попадете на страницу «Управление профилем комплекта». Эта страница позволяет вам обновлять любую информацию, предоставленную для вашего комплекта.

На второй вкладке написано «Удаление комплекта». Если вы нажмете на нее, вы попадете на страницу, показанную ниже. Введите свой пароль и нажмите Удалить.

GEDmatch FAQ

Вам понравился этот урок? Вы также можете найти это руководство полезным:

• Наши обзор GEDmatch
• Как скачать ваш 23andMe и ПредкиДНК данные?
• Как использовать Библиотека туманностей ?
• Как пользоваться ClinVar ?
• Как исследуйте свои геномные данные ?
• ДНК-тестирование при беременности?