GEDmatchの使用方法-親戚を見つけるための完全なチュートリアル

GEDmatchの紹介

GEDmatchは、ユーザーが自分の常染色体DNA検査結果をアップロードし、関連する個人を見つけることができる、主に無料の系図サイトです。 2010年にCurtisRogerによって設立されました。 強力なGEDmatchGenesisツールは、元のデータがどの会社からのものであるかに関係なく、130万人のユーザーから一致するDNAセグメントを検出します。 ユーザーはさまざまなサイトからデータをアップロードできるため、一方が23andMeを使用し、もう一方がAncestryDNAを使用している場合でも、家族を見つけることができます。 あなたがあなたの祖先を探求することを可能にする他のDNAツールもあります。

GEDmatchの主な欠点の1つは、初心者ユーザー向けに設計されていないことです。 このチュートリアルの目的は次のとおりです。無料でサインアップする方法、他のDNAテストサイトから生のDNAデータをアップロードする方法、祖先を確認する方法、家族の関係を調べる方法について説明します。

GEDmatchは安全ですか？

GEDmatchは、医療情報や健康情報をまったく提供しないため、誤って医療を求める原因となる可能性のある不正確な医療情報を提供することはありません。 それはまた、民族性の最も正確で正確な尺度としてそれ自体を宣伝していません。 混合/遺産ツールは多くの異なるソースからデータを取得し、結果は選択したプロジェクトによって異なります。

遺伝子データをランダムなWebサイトにアップロードする前に、そのデータを誰が受信しているかについて詳しく知っておく必要があります。 GEDmatchは現在、法医学ゲノミクス会社であるVerogenが所有しています。 Verogenは、法執行機関が家系データベースを使用して犯罪を解決できるようにすることで、部分的に収益を上げています。 これは、あなたのDNAが犯罪の犠牲者または犯罪者を特定するのに役立つ可能性があることを意味するかもしれません。

サインアップする方法

登録は簡単です。 に移動します登録ページ名前、名前を公開したくない場合はエイリアス、メールアドレス、パスワードを入力します。 メールアドレスとパスワードがGEDmatchログインになります。

GEDmatchは検証コードを送信するため、メールは有効である必要があります。 中央の1対多のDNAマッチングツールを使用することを選択した場合、この電子メールは他のユーザーに表示されることに注意してください。 あなたの本名が要求されていますが、これは検証されていないようです。

GEDmatchにデータをアップロードする方法

GEDmatchはDNA検査を提供せず、既存のDNA結果の解釈のみを提供します。 したがって、サンプルを提出したSNPベースのテスト会社からデータをダウンロードする必要があります。 「生の遺伝子データをダウンロードする方法」とテスト会社の名前を検索するか、からチュートリアルに直接アクセスすることができます。祖先のDNA 、 23と私、またはファミリーツリーDNA 。

テストが行われた場所に応じて、単一のファイルまたはフォルダーをダウンロードできます。 これは「gzip圧縮」される可能性が高く、占有するスペースは少なくなりますが、コンピューターだけが読み取ることができるようになります。 それを「解凍」して、人間が読めるようにするには、Macの場合はダブルクリックするか、PCの場合は右クリックして「解凍」をクリックします。 これで、ワードパッドまたはExcelで開くことができます。

GEDmatchは、「23andMeフォーマット」と呼ばれるもののみを受け入れます。これは、「バリアントコールフォーマット」または「VCF」とは異なります。 GEDmatchは.vcfファイルを受け入れません。 23andMe形式のファイルを直接ダウンロードできる可能性があります。 VCFしかダウンロードできない場合は、チェックアウトしてください このチュートリアル（「VCFファイルから23andMeファイルへの変換」というタイトルの部分までスクロールダウンします）。

GEDmatchは完全なエクソームまたはゲノムを受け入れません。 また、実際にテストされたSNPの間にDNAが何であるかをコンピューターが推測しようとした場合に、代入されたデータをアップロードしないことをお勧めします。 生のSNPデータのみをアップロードする必要があります。

GEDmatchは、ファイルが正しい形式であるかどうかを確認し、そうでない場合は拒否します。 ファイルが23andMe形式であることを自分で確認したい場合は、ワードパッドまたはExcelで開くことができます。 ハッシュタグで始まる行が上部にある可能性がありますが、これらはコンピューターによって無視されます。 残りは次のようになります。

＃rsid染色体位置遺伝子型

rs3094315 1 752566 AA

rs3131972 1 752721 GA

rs75333668 1 762320 CC

rsIDはSNPの名前であり、染色体と位置はSNPが見つかった場所であり、遺伝子型はSNPがその位置にあるものです。 それぞれの親からの2通の手紙があります。

これで、遺伝子情報をGEDmatchにアップロードできます。 このボタンはホームページの右側にあり、下の赤いボックスにマークされており、「Generic Uploads（23andMe、FTDNA、AncestryDNA、Living DNAなど）」と表示されています。

次のページでは、できるだけ多くの情報を入力することをお勧めします。 ただし、必要なボックスは名前と、データのアップロードが許可されていることを示すラジオボタンをクリックすることだけです（データのアップロードはあなたのものである、許可を得ている、人が死亡している、または法執行機関であるため）。 それ以外はすべてオプションです。 答えがわからない場合は、空白のままにしてください。

最後の一連の質問はオプションですが、答えることが重要です。 これは、「DNAキット」とも呼ばれるこのDNAプロファイルのプライバシー設定を求めています。

デフォルトのオプションは「オプトイン」で、法執行機関が犯罪捜査のためにデータにアクセスできるようにします。 GEDmatchは、遠縁の家族を見つけることによって犯罪者を特定するために使用されてきたことに注意することが重要です。 GEDmatchは、犯罪現場のDNAを3番目または4番目のいとこと照合することにより、ゴールデンステートキラーのコールドケースを解決するために使用されました。

私は「オプトアウト」を選択しました。これにより、自分のキットを他の人と比較し、法執行機関ではない個人が私を見つけることができます。 他のオプションには、一致を表示するが一致を表示しないリサーチ、またはGenesisツールを使用して家族を見つけることはできないが他の祖先ツールを使用できるプライベートが含まれます。

オプトアウトしたり、データを非公開にすることを選択した場合でも、裁判所が情報を召喚した場合、GEDmatchはデータを法執行機関に引き渡します。

「ファイルの選択」をクリックし、コンピューター上でファイルを見つけて、「アップロード」をクリックします。 ファイルを追加すると、アップロードが完了するまでに数分かかる場合があります。 ページを離れたり、更新を押したりしないでください。 時間は、ゲノムデータファイルの大きさとアップロード速度の速さによって異なります。 10分以上かかる場合は、再試行する必要があります。

ファイルが大きすぎてアップロードに時間がかかる場合は、再圧縮できます。 Macの場合、Ctrlキーを押しながらファイル名をクリックし、[圧縮]を選択します。 PCの場合、左クリックして「送信先」を選択し、「圧縮（圧縮）フォルダ」を選択します。

次に、いくつかの大きな緑色の数字がカウントアップされ、各染色体がファイル内で見つかったことを確認すると、「キット番号」が表示されます。 これは、GEDmatchのすべての分析に必要です。 安全な場所に書き留めても心配はいりません。ホームページに表示され、そこからコピーして貼り付けることができます。

ホームページに戻るには、GEDmatchの質問「私のキットが1対多のツールで利用できるようになるのはいつですか？」に答える必要があります。 「通常24〜48時間以内」と。 これは、メールを送信したり、結果がまだ見つからない理由を尋ねたりしないようにするためのGEDmatch戦略です。

GEDmatchの1対多ツールは、自分のDNAを130万人のユーザーすべてのDNAと比較する必要があるため、実行に時間がかかります。 でも心配しないでください、待っている間に遊ぶための他のツールがあります。

あなたの混合物/遺産を見る方法

混和剤（遺産）を見るには、キット番号を見つける必要があります。 左上の緑色の長方形で鉱山が強調表示されています。 これを書き留めるか、コピーして後で貼り付けることができます。 次に、画面右側の「混和剤（遺産）」をクリックします。

混合分析は、SNPのチャンクを一連の参照と照合することによって機能します。 適切な参照セットと比較していることが重要です。 そうしないと、プログラムは実際には正確ではない一致を強制しようとする可能性がありますが、それは最も近いものであり、実行できた可能性のある一致を見逃します。

このスプレッドシート各プロジェクトの各母集団の包括的なリストが含まれています。

MDLP幅広いグローバル計算機として適しています。 それは世界中からデータを引き出します。 MDLPワールドとMDLPワールド22は、自分の祖先を広く見たい人に役立ちます。 MDLp world-22には、ピグミー、西アジア、北ヨーロッパの中石器時代（古代のDNAサンプル）、インドチベット語、メソアメリカ、北極アメリカ、南アメリカ、アメリカ、インド、北シベリア、大西洋、地中海、新石器、サモエディック、インドイラン、東シベリアが含まれます。 、北東ヨーロッパ、南アフリカ、北アメリカ、サブサハラ語、東南アジア、Near_East、中石器時代、古シベリア語、およびオーストロネシア語。

Eurogenes North_Sea、Atlantic、Baltic、Eastern_Euro、West_Med、West_Asian、East_Med、Red_Sea、Aouth_Asian、Southeast_Asian、Siberian、Amerindian、Oceania、Northeast African、Sub-Saharanを含むEurogenes EUtest V2K15でヨーロッパのより細かい地図を提供します。

Dodecadアフリカの遺産（Dodecad Africa9 with Europe、NW_Africa、SW_Asia、E_Africa、Mbuti、W_Africa、Baika、San）、またはアジアの遺産（Dodecad V3 with East_European、West_European、Mediterranean、Neo_African）を持つ人々に優れた多様性を提供するいくつかの異なるグループがあります、West_asian、South_Asian、Northeast_Asian、Southeast_Asian、East_African、Southwest_Asian、Northwest African、およびPalaeo_African）。

ハラッパワールド南アジアの祖先を対象としており、S-インド、バロック、コーカサス、NE-ユーロ、SE-アジア、シベリア、NE-アジア、パプアン、アメリカ、ベリンギアン、地中海、南西-アジア、サン（南アフリカの狩猟採集民）が含まれます。 、E-アフリカ、ピグミー、およびW-アフリカ。

エチオヘリックスエチオヘリックスK10アフリカのアフリカ系アメリカ人を対象としています。これには、Nilo-Saharan、East-Africa2、Mbuti-Pygmy、East_Africa1、Khoi-San、West_Africa、Hadza、Biaka-Pygmy、North-Africa、およびOmoticのみが含まれます。

puntDNAL ASI（古代南インド）、サブサハラ、オセアニア、ベーリング地峡、END（初期新石器時代の農民）、CHG（コーカサス狩猟採集民）、シベリア、E_Asian WHG（西ヨーロッパの狩猟採集民）を含むpuntDNAL K10 Ancientを使用して、古代DNAからデータを取得します）、およびアメリカインディアン。

ゲドロシアまた、先祖の北ユーラシア、先祖の南ユーラシア、東アジア、西ヨーロッパのハンターギャザラー、ナトゥーフ、サブサハラを含むゲドロシア古代ユーラシアK6で古代DNAを利用しています。

テスト結果は、円グラフを表示する「比率」や、染色体のどの部分が各領域からのものであるかに関する情報を含む「染色体による混合」など、さまざまな方法で視覚化できます。

円グラフは、祖先の推定値の合計を確認するのに役立ちます。 染色体ペインティングを使用すると、ゲノムのどの領域がどの母集団に由来するかを確認でき、推定値の不確実性をもう少し示すことができます。複数の色の領域は、母集団のDNAが類似しているため、これらの母集団のいずれかに由来する可能性があります。領域。

あなたの両親が関係しているかどうかを見分ける方法

GEDmatchを使用して、DNAのセグメントを自分のDNAのセグメントと照合することにより、DNAデータベース内の親戚を見つける方法と同様に、自分自身に一致する自分のDNAのセグメントを探すことで、親が関連しているかどうかを確認できます。 各染色体のコピーが2つあり、1つは各親からのものです。 そしてそれらを互いに比較することができます。 大きなチャンクが一致する場合は、両親が最近の共通の祖先を共有している可能性があります。

ありがたいことに、私の結果はかなり退屈でした。

赤は一致がなかったことを示し、緑は一致があったことを示し、青は長い一致があったことを示します。 いくつかの短い試合は偶然に起こると予想されます。 いくつかの長い一致は、あなたの両親が関係していることを示します。

あなたが古代の人間と関係があるかどうかを確認する方法

誰もがいくつかの古代の人間の子孫ですが、すべての古代の人間がシーケンスされているわけではありません。 時折、科学者たちは、遺伝子情報を抽出するのに十分な形の人間のDNAがまだ残っている古代の遺跡を見つけます。

このアプリケーションは、まだ実行を待っている可能性が高い1対多のDNA比較ツールと同じように機能します。 それはあなたのDNAを古代のサンプルと比較し、長いストレッチが一致するかどうかをチェックします。

このツールを使用すると、一致するストレッチの長さを変更できます。 0.5 cMはかなり短く、一致するものがたくさんあります。 多くの一致は、必ずしも密接な関係があることを示しているわけではありません。 これらはオレンジ色で示されています。 オレンジ色の各バーは、古代の人間の染色体のどの部分が私のものと一致するかを示しています。

ただし、一致する必要のあるストレッチをより大きな数（ここでは5cM）に増やすと、一致するストレッチが大幅に少なくなります。 これは、私がこれらの古代の人間とあまり密接に関係していないことを意味します。 6cMを超える一致はありませんでした。

複数の人の一致するセグメントを見る方法

3-D Chromosome Browserを使用すると、染色体を他の染色体と比較するだけでなく（1対多）、一度に最大9つの比較を行うことができます（多対多）。

ここでは、親と子の2人の個人と、遠縁の1人の家族を調べています。 色付きのバーは、2人の個人間で一致するX染色体の部分です。 オレンジは、X染色体のほとんどが母と子の間で一致することを示しています。

一致として強調表示されていない中央部分はセントロメアです。 すべての染色体の真ん中にセントロメアがあります。 セントロメアDNAは非常に反復的で、遺伝子を含んでいません。 したがって、通常、SNP分析には含まれません。

母親と子供も一致するセントロメアを持っている可能性がありますが、その領域ではSNPが分析されていないため、それらが同じであるかどうかは確認できません。

黄色のバーは、より遠縁の家族に一致するX染色体の部分を示しています。 個人がより遠い関係にあるため、このチャンクは小さくなります。 チャンクは母と子の両方にも一致し、親戚が母親を通して子供に関係していることを示しています。 遠い親戚が父親を通して子供と関係があった場合、一致はありません。

キット番号をお持ちの方ならどなたでも3D染色体ブラウザをご利用いただけます。 ただし、無関係の個人は一致するDNAを持たず、非常に興味深いプロットを提供しません。

関連する個人のキット番号をどのように見つけますか？ あなたは1対多のツールを使用します！

1対多ツールの使用方法

DNA情報をアップロードしてから1〜2日後、上部に自分（または他の人）のキット番号を入力して検索を押すことができます。 これにより、DNAのセグメントを共有する個人（家族とも呼ばれます）が引き上げられます。

最初の列はキット番号です。これは、DNAアップロードを一意に識別し、ユーザーが自分のキット番号ではなくそのキット番号を使用して分析を繰り返すことができるようにします。 つまり、ここで見つけたキット番号を取得して、上記のツールに接続できます。両親が関係していた場合は、混合物/遺産を調べたり、コピーして貼り付けたキット番号を持っている他の人と染色体を比較したりできます。

2番目の列は、ユーザーがそのキットに使用するために選択したエイリアスであり、3番目の列はユーザーの電子メールです。 ユーザーは、DNAの出身者ではない可能性があります。 あなたはその電子メールがあなたの親戚のものであると仮定するべきではなく、あなたの親戚のDNA情報をアップロードする権限を持つ誰かのものであると仮定するだけです。

ユーザーの情報が「GED」になった後。 GEDmatchのGEDはGE神経学的Dアタ。 これはGEDCOMから来ています（ GE神経学的DアタCOM munication）ファイル形式。

系図研究ソフトウェアに詳細な家系図がある場合は、GEDCOM形式でエクスポートして、GEDmatchにアップロードできます。 これにより、GEDmatchの1対多ツールの関連性機能を使用して家系図をリンクできます。 キットにGEDCOMエントリが関連付けられている場合、この列にリンクとして表示されます。

日数とは、キットがアップロードされた期間を指します。 タイプは説明します。 性別は、キットをアップロードするときにユーザーが指定した男性または女性のバイナリです。 ユーザーが示した可能性のある他のエントリは、ハプログループであるMtとYです。

山はミトコンドリアの略です。 ミトコンドリアは母から子へと受け継がれ、ほとんどのゲノムのように、世代ごとに再結合したり断片化したりすることはありません。 それは人々が彼らの母親を通して直接彼らの血統をたどることを可能にします。

Yは山に似ていますが、男性専用です。 Y染色体の端だけがX染色体と再結合することができます。つまり、Y染色体のほとんどはそのまま父から息子に受け継がれます。 これにより、男性は父親を通して自分の血統をたどることができます。

GEDmatchはあなたのハプログループを教えてくれませんが、あなたの親戚が彼らのハプログループ情報を持っているかどうかを理解できるかもしれません。 あなたが共通の母方の祖先を共有する場合、あなたは同じMtハプログループを持っています。 あなたが男性であり、別の男性と共通の父方の祖先を共有している場合、あなたは同じYハプログループを持っています。

次は試合の「合計cM」です。 CentiMorgansは、特定のスポットが再結合する頻度を考慮したDNAの長さの測定値です。 2列後の「最大」は、2人の個人間で一致する最長のセグメントを示します。

「世代」列は、2人の個人が離れている世代数の推定値を示します。 1は親子関係、1.2は兄弟、1.4は兄弟、叔父、または祖父母を表します。 2は、最後の共通祖先が2世代前であったため、いとこになります。2.6は、削除された最初のいとこになります。3は、3世代前に最後の共通祖先を持つ2番目のいとこになります。 予測は4に分類されます。

例の個人には、親または子の2人の第一度近親者がいます。1人は叔母などの1.5度親族で、もう1人はいとこである可能性があります。 私自身の結果はすべて4度の親戚を超えていました。

ソースは、ゲノムデータが生成された会社、またはデータが古いGEDmatchサイトから移行（転送）された会社を示しています。 さまざまなDNA検査キットから引き出す機能は、GEDmatchの本来の利点の1つです。 ユーザーが家族を検索したい場合は、Ancestryキットと23andMeキットの両方を購入する必要はありません。 ユーザーは、DNA検査サービスに関係なく、アップロードされたすべてのDNAデータを検索できます。

「重なり」の列は、実際に比較されたSNPの数を示しています。 これは、移行されたキットでは実行されません。 新しいジェネシスシステムでは、2人の個人が関連していると言うために、キットがまったく同じSNPをテストする必要はありません。 ただし、直接一致するSNPが多いほど、一致の確実性が高くなります。

GEDmatchで反復する方法

GEDmatchの多くの楽しみは、人々の間のつながりを見ることができることです。 十分な数の親戚がデータをアップロードしている場合は、それらを見つけて、どれが互いに関連しているかを確認し、家系図を作成できます。 自分に関係のある人のキット番号を見つけたら、自分で行ったであろうその個人の分析を実行できます。 これにより、遺産のさまざまな部分がどこから来たのかを正確に特定できます。

近親者がいなくても、見知らぬ人のキット番号を見つけたり、家族のつながりを見つけたり、家族の歴史や遺産について学ぶことができます。 これはおせっかいな方法で楽しむことができますが、覚えておいてください、他の誰もがあなたのデータで同じことをすることができます。

GEDmatchからデータを削除する方法

GEDmatchからデータを削除するには、ホームページのキット情報の横にある鉛筆をクリックします。

「キットプロファイル管理」ページが表示されます。 このページでは、キットに提供されている情報を更新できます。

2番目のタブには「キットの取り外し」と表示されます。 それをクリックすると、以下のページに移動します。 パスワードを入力し、[削除]をクリックします。

GEDmatch FAQ

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