Y ملخص المراجعة الكامل
ملخص
YFull يحلل كروموسومات Y و mtDNA بسعر معقول. ومع ذلك ، تقتصر المعلومات على تلك الأقسام من الجينوم.
7 حقائق من مراجعة YFull
- الموقع: برشلونة ، أسبانيا
- خدمات: تحميل بيانات الحمض النووي وتفسير Y-DNA و mtDNA
- كيف يعمل: قم بتحميل بيانات الحمض النووي الخام من الشركات الأخرى كملف BAM أو VCF لتلقي التقارير
- التقارير: تفسير Y-DNA و mtDNA
- الخصوصية: عدم مشاركة البيانات مع أطراف ثالثة دون موافقة
- التكلفة: 49 دولارًا لتحليل Y-DNA ، و 25 دولارًا إضافيًا لتحليل mtDNA
- الخدمات التكميلية: علم الجينوم السديم (30x تسلسل الجينوم الكامل ، بما في ذلك Y-DNA و mtDNA)
تمت كتابة هذه المراجعة بقصد أن تكون غير متحيزة قدر الإمكان. ومع ذلك ، فهو يمثل رأي المراجع الفردي وبالتالي فهو شخصي. علاوة على ذلك ، نسعى في Nebula Genomics إلى تثقيف الجمهور حول فوائد تسلسل الجينوم الكامل. لذلك تم تضمين معلومات حول اختبار الحمض النووي لتسلسل الجينوم الكامل في المراجعة.
9 سبتمبر 2022
جدول المحتويات
حرره كريستينا سوردز ، دكتوراه.
إيجابيات وسلبيات
الايجابيات
- لا يوجد فواتير حتى النتائج جاهزة
- لا توجد رسوم اشتراك
- معلومات إضافية حول المتغيرات الخاصة بك.
- يمكنك مقارنة النتائج عبر NGS المختلفة أو اختبارات الجينوم الكاملة التي تم إجراؤها
- يمكن لمجموعات YFull عرض ومقارنة جميع تقارير المعاملات المشبوهة
- يمكنك العثور على مطابقات SNP في مجموعات YFull لأي متغير مسمى أو غير مسمى
- يمكنك الاتصال بأعضاء آخرين ومسؤول المجموعة في مجموعات YFull الخاصة بك
- يمكن التحقق من SNPs أو STR المشكوك فيها من اختبار NGS الخاص بك في YSEQ وإضافتها إلى نتائجك
- يدعم النظام الأساسي تفسير تسلسل mtDNA
سلبيات
- يُعطى تحليل STR أولوية أقل من تحليل SNP ويستغرق إكماله عدة أسابيع ، مما يؤخر استلام نتائج التفسير
- YTree تحديثات شهرية
مقدمة كاملة
YFull هو موقع تحميل لبيانات تسلسل الحمض النووي لكروموسوم Y والميتوكوندريا. توفر الخدمة أيضًا تحليلًا متقدمًا للنسب. من بين العروض الأخرى ، يعدك “بإلغاء تأمين مجموعات هابلوغو الطرفية و Y-SNPs المعروفة”.
تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة ، أو SNPs (تُنطق “قصاصات”) ، هي اختلافات في تسلسل الحمض النووي على مستوى أزواج القواعد الفردية. من حيث الجوهر ، فإن SNP هو اختلاف في كتلة DNA واحدة (نوكليوتيد) بين الناس.
من ناحية أخرى ، فإن التكرارات الترادفية القصيرة ، أو STR ، هي سلسلة من تسلسلات الحمض النووي المتكررة (A ، T ، C ، أو G) التي تختلف بين الأفراد. يمكن أن يؤدي تحديد عدد التكرارات في مناطق معينة من الجينوم إلى إنشاء “بصمة DNA” . قد يستخدم علماء الأنساب الجيني المحترفون والهواة بصمة الإصبع هذه للتحقيق في أصل الفرد.
معًا ، تعد SNPs و STRs علامات يمكن توريثها. يُعرف الجمع بين هذه العلامات بالنمط الفرداني. قد تؤدي اختبارات Y-DNA و mtDNA المختلفة للأنماط الفردانية المختلفة إلى تعيين الأفراد في “مجموعة هابلوغروب” محددة. بينما يمكن أن تخبرنا اختبارات Y-DNA بالمزيد عن خط الأب ، تخبرنا اختبارات mtDNA عن سلالات الأمهات.
يمكنك استخدام YFull للبحث عن كل شيء وصولاً إلى الفئة الفرعية الطرفية ، الفرع الأكثر تحديدًا من مجموعة هابلوغروب الخاصة بك.
بدأ YFull في عام 2013 في موسكو ، روسيا بهدف محدد هو تفسير تسلسل Y-chromosome. من المهم ملاحظة أن هذه ليست شركة لاختبار الحمض النووي. بدلاً من ذلك ، فهي شركة تحليل تقدم تفسير تسلسل الجيل التالي لـ Y-DNA و mtDNA.
بالإضافة إلى ذلك ، تقدم الشركة تصورًا مناسبًا لنتائج الحمض النووي وشجرة هابلوغروب Yfull العامة المفصلة لك لمقارنة “مسار الطفرات” مع العينات الأخرى في قاعدة بيانات YFull.
تألف الفريق الأصلي من فاديم أوراسين ، الذي كان مشاركًا نشطًا في مجتمع أنساب الحمض النووي منذ عام 2008. ومن بين الأعضاء الآخرين في الفريق الأصلي ، فلاديمير تاجانكين ، مطور قاعدة بيانات الحمض النووي “semargl.me” ، ورومان سيشيف ، المشرف على موقع dna-forums.org.
| هل تريد بيانات تسلسل كروموسوم Y و mtDNA كاملة لاستخدامها مع YFull؟ تقدم Nebula Genomics 30x تسلسل كامل للجينوم! انقر هنا لمعرفة المزيد! |
كيفية تحميل بياناتك على YFull
لنبدأ مراجعة YFull بنظرة عامة على الخدمة.
لطلب تحليل اختبار YFull ، يجب على المستخدمين تحميل البيانات الأولية من موفري الاختبارات الجينية الآخرين. يمكن أن يكون ملفك من عدة شركات ، بما في ذلك شركة Nebula Genomics. يمكنك إجراء المراجع التبادلية لأرقام المجموعة المتعلقة بمعرفات YFull لتسهيل الوصول إليها. يمكن أن تكون البيانات بتنسيق .BAM / .CRAM أو .VCF.
تحذير واحد – سيكون استخراج البيانات من ملفات VCF غير مكتمل (حوالي 50-70٪). إذا قام مستخدم بتحميل ملف .VCF ، فلن يتم الإبلاغ عن مطابقات STR. لا يقبل YFull البيانات بتنسيق FASTQ. لذلك ، تتطلب النتائج المثلى تحميل ملف .BAM.
أخيرًا ، يمكن للعملاء إنشاء اسم مستخدم عند تقديم طلب. لا يحتاجون إلى الدفع في وقت الطلب.
بعد عدة أسابيع ، ستكون النتائج جاهزة ومتاحة بعد دفع 49 دولارًا. يمكنك شراء تفسير mtDNA بتكلفة إضافية قدرها 25 دولارًا.
مراجعة YFull Reporting
كما ذكرنا سابقًا ، هناك نوعان من طفرات Y-DNA: SNPs و STRs. كلا النوعين من الطفرات مفيدان في التحقيق لأسباب مختلفة. تقدم YFull تحليلاً لكل من SNPs و STRs.
وفقًا لـ YFull ، هناك 185.780 SNPs إيجابي معروف و 780+ STRs المعروفة. بالإضافة إلى ذلك ، 1،482،319 متغيرًا جديدًا لم يتم اكتشافه من قبل.
يُظهر تقرير SNP المعروف موقف العميل على Y-haplotree ونتائج SNP لجميع SNPs التي تم اختبارها على فرع شجرة العميل. تتضمن التفاصيل قوائم SNPs في علامات التبويب المجاورة ، وتسليط الضوء على SNPs “الغامضة” وعدم وجود مكالمات SNPs (أي SNPs التي لم يتم تحديدها أثناء عملية التنميط الجيني DNA للشخص).
يمكننا أيضًا عرض قائمة بالنماذج الجديدة أو الخاصة. يتم تصنيف هذه النيوكلوتايد الجديدة حسب الجودة (على سبيل المثال أفضل ، مقبول ، غامض ، منخفض ، قراءة واحدة).
تحتوي جميع SNPs الخاصة على بادئة YFS. تعني علامة الاختيار الحمراء بجوار بعض SNPs أنه يمكن التحقق منها من خلال YSEQ. يشير G إلى موقع هذا الجين داخل SNP هذا.
يعرض التقرير أيضًا عمليات الإدراج والحذف (indels) ، وهي مواضع في التسلسل تحتوي على نيوكليوتيدات إضافية.
علاوة على ذلك ، يمكن للمرء الوصول إلى مباريات SNP. هذه أشكال SNPs مشتركة أو يُفترض مشاركتها مع عينات أخرى في قاعدة بيانات YFull. يمكنك تتبع هذه النيوكلوتايد إلى سلف مشترك بعيد.
ستستمر قاعدة البيانات في مقارنة عينة أثناء تحديثها. إذا تطابق أي من أشكال SNPs الخاصة هذه مع عينات YFull المكتشفة حديثًا ، فستحصل هذه SNPs على أسماء في سلسلة Y-series.
يمكن للمرء أيضًا مراقبة تعدد الأشكال الفردية للحصول على مزيد من المعلومات. يتضمن هذا عدد القراءات التي تتداخل مع SNP والتسلسلات المرجعية وما إلى ذلك.
هناك ميزة مفيدة للسماح للعملاء بالاستعلام عن النتائج باسم SNP.
نغلق مراجعتنا لتقارير YFull بإلقاء نظرة على ميزة YReport. تتضمن YTree مجموعات هابلوغرافية لشجرة العائلة و SNPs مشتركة (Y-SNPs) في كل مشروع هابلوغروب. ويستند إلى بيانات العينة العامة ، بما في ذلك مشروع 1000 جينوم .
تحصل YTree على تحديثات كل شهر تقريبًا بناءً على التقارير المقدمة من خبراء مجموعة هابلوغروب ، والجمعية الدولية لعلم الأنساب الجيني (ISOGG) ، وغيرهم. قائمة SNPs من الجذر إلى مجموعة هابلوغروب الطرفية قابلة للمشاركة.
يمكن للعملاء أيضًا مراقبة نتائج STR (780 التي تم اختبارها) والمطابقات والمتغيرات بتنسيق 12 و 25 و 37 و 67 و 111.
تشمل الميزات الإضافية تقديرات عمر هابلوغروب بناءً على دراسة عام 2015 حيث يحدد المؤلفون طريقة أصلية لاختيار الطفرات الحقيقية. إذا كانت البيانات الأولية للعميل تتضمن تسلسل mtDNA ، فسوف يسرد التقرير مجموعات هابلوغرام mtDNA بناءً على PhyloTree . في مارس 2019 ، قدمت المنصة تحليل mtDNA مقابل رسوم إضافية.
تشمل الخدمات الأخرى:
- الإحصائيات ، مثل حجم ملف BAM ، والقراءات المعينة ، وطول التغطية ، ومتوسط تغطية العمق ، والمزيد (في تقرير YReport)
- ملفات CSV (ملفات محددة بفواصل) لـ SNPs المعروفة و SNPs الجديدة و STRs المعروفة
- القدرة على تصفح البيانات الأولية حسب الموضع (الجينوم يبني hg19 أو hg38)
- أخباري: قائمة مرتبة ترتيبًا زمنيًا للتغييرات التي تم إجراؤها على YTree منذ نموذج YFull الخاص بك (عند التحديثات)
مراجعة خصوصية YFull
الموقع سياسة خاصة تنص على أن “YFull.com تحترم خصوصيتك ولن تكشف عن معلوماتك الشخصية دون موافقتك” ما لم يقتضي القانون ذلك.
لا تذكر الشروط والأحكام أي استثناءات مع أطراف ثالثة. هذا لا يعني أنه لا يشارك مع أطراف ثالثة ، لكن السياسة لا تشير إليه.
يناقش ملحق المعلومات الشخصية لسياسة الخصوصية مجموعة متنوعة من بيانات المستخدم التي تم جمعها. يتضمن ذلك عنوان البريد الإلكتروني ومعلومات السلالة وبيانات الوراثة الأولية وملفات تعريف الارتباط وعنوان IP.
يتمتع فريق YFull بإمكانية الوصول الكامل إلى هذه البيانات. قد يكون لأعضاء المجموعات التي انضم إليها المستخدم وصول جزئي إلى أجزاء معينة.
قد يستخدم الباحثون العلميون والأكاديميون هذه البيانات أيضًا. يحدث هذا عندما يعطي المستخدم إذنًا شخصيًا للمشاركة في دراسة.
يخزن YFull بياناتك على خادم موجود في مركز بيانات آمن في موسكو ، روسيا.
تقوم Google بتخزين بعض المعلومات ، مثل عناوين البريد الإلكتروني. يمكنك حذف بياناتك وحسابك بالانتقال إلى صفحة “الإعدادات”.
YFull المراجعات
عدة مراجعات قصيرة على موقع الشركة. بخلاف ذلك ، لا يوجد العديد من تقييمات العملاء التي يمكن الوصول إليها عبر الإنترنت.
علم جينوم السديم
ننتهي من مراجعة YFull ، من خلال النظر إلى بعض المنتجات التكميلية.
يمكن استيراد بياناتنا إلى YFull ، مما يتيح الوصول إلى قاعدة بيانات شاملة لكروموسوم Y وقاعدة بيانات الحمض النووي للميتوكوندريا. تحقق من المزيد من المدونة لمعرفة المزيد حول أهمية التسلسل Y-DNA و mtDNA و اختبار الأبوة .
مواقع تحميل الحمض النووي الأخرى التي قد ترغب في التحقق منها هي:
- أرض DNA (تحميل مجاني للحمض النووي لتحليل السمات والأصل)
- رسام الحمض النووي (لعلم الأنساب – الأول مجاني والاشتراكات متاحة للآخرين)
- سفر التكوين جيد ماتش (تحميل DNA مجاني وخيارات متقدمة مدفوعة)
- الجيني الجيني (مجاني للتقارير الصحية)
- HomeDNA Ancestry (تاريخ الهجرة على أساس تجمعات الجينات)
- الحمض النووي الحي (تحميل مجاني للأصل)
- تراثي (تحميل مجاني لعلم الأنساب)
- MyTrueAncestry (تعرف على علاقتك بالسكان القدامى)
- WeGene (تركيز على السكان الآسيويين ، تكلفة التقارير)
يمكنك أيضًا البحث في FamilyTreeDNA (نتائج Y الكبيرة التي تتضمن اختبار STR واختبار SNP).
هل أعجبتك مراجعة YFull؟ يمكنك قراءة المزيد من المراجعات على مدونتنا ، بما في ذلك خدمة تسمى YSEQ . تحقق أيضًا من دليلنا الكامل لأفضل مجموعة اختبار الحمض النووي والاختبارات المنزلية الأخرى .
