YFull مراجعة – جعل تحليل النسب سهلاً؟

Y ملخص المراجعة الكامل

YFull هو موقع تحميل لبيانات تسلسل الحمض النووي لكروموسوم Y والميتوكوندريا التي توفر تحليلًا عميقًا للأصول. تعرف على المزيد في مراجعتنا YFull!

علم جينوم السديم

شعار YFull
نتائج
السعر
الشمولية

ملخص

YFull يحلل كروموسومات Y و mtDNA بسعر معقول. ومع ذلك ، تقتصر المعلومات على تلك الأقسام من الجينوم.

4.3

7 حقائق من مراجعة YFull

  1. الموقع: برشلونة ، أسبانيا
  2. خدمات: تحميل بيانات الحمض النووي وتفسير Y-DNA و mtDNA
  3. كيف يعمل: قم بتحميل بيانات الحمض النووي الخام من الشركات الأخرى كملف BAM أو VCF لتلقي التقارير
  4. التقارير: تفسير Y-DNA و mtDNA
  5. الخصوصية: عدم مشاركة البيانات مع أطراف ثالثة دون موافقة
  6. التكلفة: 49 دولارًا لتحليل Y-DNA ، و 25 دولارًا إضافيًا لتحليل mtDNA
  7. الخدمات التكميلية: علم الجينوم السديم (30x تسلسل الجينوم الكامل ، بما في ذلك Y-DNA و mtDNA)

تمت كتابة هذه المراجعة بقصد أن تكون غير متحيزة قدر الإمكان. ومع ذلك ، فهو يمثل رأي المراجع الفردي وبالتالي فهو شخصي. علاوة على ذلك ، نسعى في Nebula Genomics إلى تثقيف الجمهور حول فوائد تسلسل الجينوم الكامل. لذلك تم تضمين معلومات حول اختبار الحمض النووي لتسلسل الجينوم الكامل في المراجعة.

9 سبتمبر 2022

حرره كريستينا سوردز ، دكتوراه.

إيجابيات وسلبيات

الايجابيات

  • لا يوجد فواتير حتى النتائج جاهزة
  • لا توجد رسوم اشتراك
  • معلومات إضافية حول المتغيرات الخاصة بك.
  • يمكنك مقارنة النتائج عبر NGS المختلفة أو اختبارات الجينوم الكاملة التي تم إجراؤها
  • يمكن لمجموعات YFull عرض ومقارنة جميع تقارير المعاملات المشبوهة
  • يمكنك العثور على مطابقات SNP في مجموعات YFull لأي متغير مسمى أو غير مسمى
  • يمكنك الاتصال بأعضاء آخرين ومسؤول المجموعة في مجموعات YFull الخاصة بك
  • يمكن التحقق من SNPs أو STR المشكوك فيها من اختبار NGS الخاص بك في YSEQ وإضافتها إلى نتائجك
  • يدعم النظام الأساسي تفسير تسلسل mtDNA

سلبيات

  • يُعطى تحليل STR أولوية أقل من تحليل SNP ويستغرق إكماله عدة أسابيع ، مما يؤخر استلام نتائج التفسير
  • YTree تحديثات شهرية

مقدمة كاملة

YFull هو موقع تحميل لبيانات تسلسل الحمض النووي لكروموسوم Y والميتوكوندريا. توفر الخدمة أيضًا تحليلًا متقدمًا للنسب. من بين العروض الأخرى ، يعدك “بإلغاء تأمين مجموعات هابلوغو الطرفية و Y-SNPs المعروفة”.

تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة ، أو SNPs (تُنطق “قصاصات”) ، هي اختلافات في تسلسل الحمض النووي على مستوى أزواج القواعد الفردية. من حيث الجوهر ، فإن SNP هو اختلاف في كتلة DNA واحدة (نوكليوتيد) بين الناس.

من ناحية أخرى ، فإن التكرارات الترادفية القصيرة ، أو STR ، هي سلسلة من تسلسلات الحمض النووي المتكررة (A ، T ، C ، أو G) التي تختلف بين الأفراد. يمكن أن يؤدي تحديد عدد التكرارات في مناطق معينة من الجينوم إلى إنشاء “بصمة DNA” . قد يستخدم علماء الأنساب الجيني المحترفون والهواة بصمة الإصبع هذه للتحقيق في أصل الفرد.

معًا ، تعد SNPs و STRs علامات يمكن توريثها. يُعرف الجمع بين هذه العلامات بالنمط الفرداني. قد تؤدي اختبارات Y-DNA و mtDNA المختلفة للأنماط الفردانية المختلفة إلى تعيين الأفراد في “مجموعة هابلوغروب” محددة. بينما يمكن أن تخبرنا اختبارات Y-DNA بالمزيد عن خط الأب ، تخبرنا اختبارات mtDNA عن سلالات الأمهات.

يمكنك استخدام YFull للبحث عن كل شيء وصولاً إلى الفئة الفرعية الطرفية ، الفرع الأكثر تحديدًا من مجموعة هابلوغروب الخاصة بك.

بدأ YFull في عام 2013 في موسكو ، روسيا بهدف محدد هو تفسير تسلسل Y-chromosome. من المهم ملاحظة أن هذه ليست شركة لاختبار الحمض النووي. بدلاً من ذلك ، فهي شركة تحليل تقدم تفسير تسلسل الجيل التالي لـ Y-DNA و mtDNA.

بالإضافة إلى ذلك ، تقدم الشركة تصورًا مناسبًا لنتائج الحمض النووي وشجرة هابلوغروب Yfull العامة المفصلة لك لمقارنة “مسار الطفرات” مع العينات الأخرى في قاعدة بيانات YFull.

تألف الفريق الأصلي من فاديم أوراسين ، الذي كان مشاركًا نشطًا في مجتمع أنساب الحمض النووي منذ عام 2008. ومن بين الأعضاء الآخرين في الفريق الأصلي ، فلاديمير تاجانكين ، مطور قاعدة بيانات الحمض النووي “semargl.me” ، ورومان سيشيف ، المشرف على موقع dna-forums.org.

هل تريد بيانات تسلسل كروموسوم Y و mtDNA كاملة لاستخدامها مع YFull؟

تقدم Nebula Genomics 30x تسلسل كامل للجينوم! انقر هنا لمعرفة المزيد!

كيفية تحميل بياناتك على YFull

لنبدأ مراجعة YFull بنظرة عامة على الخدمة.

مخطط يوضح بالتفصيل الميزات التي تم الإبلاغ عنها في تفسير NGS لملفات VCF و BAM
مخطط يوضح بالتفصيل الميزات التي تم الإبلاغ عنها في تفسير NGS لملفات VCF و BAM

لطلب تحليل اختبار YFull ، يجب على المستخدمين تحميل البيانات الأولية من موفري الاختبارات الجينية الآخرين. يمكن أن يكون ملفك من عدة شركات ، بما في ذلك شركة Nebula Genomics. يمكنك إجراء المراجع التبادلية لأرقام المجموعة المتعلقة بمعرفات YFull لتسهيل الوصول إليها. يمكن أن تكون البيانات بتنسيق .BAM / .CRAM أو .VCF.

تحذير واحد – سيكون استخراج البيانات من ملفات VCF غير مكتمل (حوالي 50-70٪). إذا قام مستخدم بتحميل ملف .VCF ، فلن يتم الإبلاغ عن مطابقات STR. لا يقبل YFull البيانات بتنسيق FASTQ. لذلك ، تتطلب النتائج المثلى تحميل ملف .BAM.

أخيرًا ، يمكن للعملاء إنشاء اسم مستخدم عند تقديم طلب. لا يحتاجون إلى الدفع في وقت الطلب.

لقطة شاشة لصفحة طلب YFull مع قائمة بما يتضمنه ، ونموذج ، وزر طلب الآن
Y صفحة الطلب الكاملة

بعد عدة أسابيع ، ستكون النتائج جاهزة ومتاحة بعد دفع 49 دولارًا. يمكنك شراء تفسير mtDNA بتكلفة إضافية قدرها 25 دولارًا.

مخطط يوضح بالتفصيل الميزات التي تم الإبلاغ عنها في تفسير NGS لـ mtDNA
مخطط يوضح بالتفصيل الميزات التي تم الإبلاغ عنها في تفسير NGS لـ mtDNA

مراجعة YFull Reporting

كما ذكرنا سابقًا ، هناك نوعان من طفرات Y-DNA: SNPs و STRs. كلا النوعين من الطفرات مفيدان في التحقيق لأسباب مختلفة. تقدم YFull تحليلاً لكل من SNPs و STRs.

لقطة شاشة لقسم صفحة YFull يضم ثلاثة مربعات ذات ارتباط تشعبي
YFull العملاء الصفحة الرئيسية

وفقًا لـ YFull ، هناك 185.780 SNPs إيجابي معروف و 780+ STRs المعروفة. بالإضافة إلى ذلك ، 1،482،319 متغيرًا جديدًا لم يتم اكتشافه من قبل.

قائمة SNPs المعروفة
قائمة SNPs المعروفة

يُظهر تقرير SNP المعروف موقف العميل على Y-haplotree ونتائج SNP لجميع SNPs التي تم اختبارها على فرع شجرة العميل. تتضمن التفاصيل قوائم SNPs في علامات التبويب المجاورة ، وتسليط الضوء على SNPs “الغامضة” وعدم وجود مكالمات SNPs (أي SNPs التي لم يتم تحديدها أثناء عملية التنميط الجيني DNA للشخص).

قائمة كاملة من النيوكلوتايد الجديد
قائمة كاملة من النيوكلوتايد الجديد

يمكننا أيضًا عرض قائمة بالنماذج الجديدة أو الخاصة. يتم تصنيف هذه النيوكلوتايد الجديدة حسب الجودة (على سبيل المثال أفضل ، مقبول ، غامض ، منخفض ، قراءة واحدة).

تحتوي جميع SNPs الخاصة على بادئة YFS. تعني علامة الاختيار الحمراء بجوار بعض SNPs أنه يمكن التحقق منها من خلال YSEQ. يشير G إلى موقع هذا الجين داخل SNP هذا.

جدول به العديد من الأعمدة الصغيرة بعنوان القواعد النيتروجينية (A ، C ، G ، T) وصفوف مملوءة ومعبأة جزئيًا
يقرأ التسلسل المحاذاة

يعرض التقرير أيضًا عمليات الإدراج والحذف (indels) ، وهي مواضع في التسلسل تحتوي على نيوكليوتيدات إضافية.

قائمة indels
قائمة indels

علاوة على ذلك ، يمكن للمرء الوصول إلى مباريات SNP. هذه أشكال SNPs مشتركة أو يُفترض مشاركتها مع عينات أخرى في قاعدة بيانات YFull. يمكنك تتبع هذه النيوكلوتايد إلى سلف مشترك بعيد.

ستستمر قاعدة البيانات في مقارنة عينة أثناء تحديثها. إذا تطابق أي من أشكال SNPs الخاصة هذه مع عينات YFull المكتشفة حديثًا ، فستحصل هذه SNPs على أسماء في سلسلة Y-series.

جدول بمطابقات SNP في جدول به تسعة صفوف مرئية ، تعرض بلد المنشأ ومعرف YFull وأعمدة SNPs المشتركة
YFull مباريات قريبة من الحمض النووي

يمكن للمرء أيضًا مراقبة تعدد الأشكال الفردية للحصول على مزيد من المعلومات. يتضمن هذا عدد القراءات التي تتداخل مع SNP والتسلسلات المرجعية وما إلى ذلك.

قسم من الجدول يحتوي على عدة صفوف مع بعض المعلومات عن أزواج القاعدة
البحث الكامل في ملف BAM

هناك ميزة مفيدة للسماح للعملاء بالاستعلام عن النتائج باسم SNP.

لقطة شاشة لصف يصف SNP
YFull ميزة الاستعلام SNP

نغلق مراجعتنا لتقارير YFull بإلقاء نظرة على ميزة YReport. تتضمن YTree مجموعات هابلوغرافية لشجرة العائلة و SNPs مشتركة (Y-SNPs) في كل مشروع هابلوغروب. ويستند إلى بيانات العينة العامة ، بما في ذلك مشروع 1000 جينوم .

تحصل YTree على تحديثات كل شهر تقريبًا بناءً على التقارير المقدمة من خبراء مجموعة هابلوغروب ، والجمعية الدولية لعلم الأنساب الجيني (ISOGG) ، وغيرهم. قائمة SNPs من الجذر إلى مجموعة هابلوغروب الطرفية قابلة للمشاركة.

رسم بياني بتنسيق يشبه الشلال يضم مربعات خضراء بها حروف تمثل مواضع الكروموسوم
Y كامل YTree
يسرد الجدول عدة وظائف ، SNPs و subclades الخاصة بهم
YTree إحصاءات

يمكن للعملاء أيضًا مراقبة نتائج STR (780 التي تم اختبارها) والمطابقات والمتغيرات بتنسيق 12 و 25 و 37 و 67 و 111.

جدول مع ستة صفوف من تعدد الأشكال والمعلومات في أعمدة المستطيلات مع تعدد الأشكال والأرقام فيها
نتائج علامة YFull STR

تشمل الميزات الإضافية تقديرات عمر هابلوغروب بناءً على دراسة عام 2015 حيث يحدد المؤلفون طريقة أصلية لاختيار الطفرات الحقيقية. إذا كانت البيانات الأولية للعميل تتضمن تسلسل mtDNA ، فسوف يسرد التقرير مجموعات هابلوغرام mtDNA بناءً على PhyloTree . في مارس 2019 ، قدمت المنصة تحليل mtDNA مقابل رسوم إضافية.

تشمل الخدمات الأخرى:

  • الإحصائيات ، مثل حجم ملف BAM ، والقراءات المعينة ، وطول التغطية ، ومتوسط تغطية العمق ، والمزيد (في تقرير YReport)
  • ملفات CSV (ملفات محددة بفواصل) لـ SNPs المعروفة و SNPs الجديدة و STRs المعروفة
  • القدرة على تصفح البيانات الأولية حسب الموضع (الجينوم يبني hg19 أو hg38)
  • أخباري: قائمة مرتبة ترتيبًا زمنيًا للتغييرات التي تم إجراؤها على YTree منذ نموذج YFull الخاص بك (عند التحديثات)

مراجعة خصوصية YFull

الموقع سياسة خاصة تنص على أن “YFull.com تحترم خصوصيتك ولن تكشف عن معلوماتك الشخصية دون موافقتك” ما لم يقتضي القانون ذلك.

لا تذكر الشروط والأحكام أي استثناءات مع أطراف ثالثة. هذا لا يعني أنه لا يشارك مع أطراف ثالثة ، لكن السياسة لا تشير إليه.

يناقش ملحق المعلومات الشخصية لسياسة الخصوصية مجموعة متنوعة من بيانات المستخدم التي تم جمعها. يتضمن ذلك عنوان البريد الإلكتروني ومعلومات السلالة وبيانات الوراثة الأولية وملفات تعريف الارتباط وعنوان IP.

يتمتع فريق YFull بإمكانية الوصول الكامل إلى هذه البيانات. قد يكون لأعضاء المجموعات التي انضم إليها المستخدم وصول جزئي إلى أجزاء معينة.

قد يستخدم الباحثون العلميون والأكاديميون هذه البيانات أيضًا. يحدث هذا عندما يعطي المستخدم إذنًا شخصيًا للمشاركة في دراسة.

يخزن YFull بياناتك على خادم موجود في مركز بيانات آمن في موسكو ، روسيا.

تقوم Google بتخزين بعض المعلومات ، مثل عناوين البريد الإلكتروني. يمكنك حذف بياناتك وحسابك بالانتقال إلى صفحة “الإعدادات”.

YFull المراجعات

عدة مراجعات قصيرة على موقع الشركة. بخلاف ذلك ، لا يوجد العديد من تقييمات العملاء التي يمكن الوصول إليها عبر الإنترنت.

علم جينوم السديم

ننتهي من مراجعة YFull ، من خلال النظر إلى بعض المنتجات التكميلية.

يمكن استيراد بياناتنا إلى YFull ، مما يتيح الوصول إلى قاعدة بيانات شاملة لكروموسوم Y وقاعدة بيانات الحمض النووي للميتوكوندريا. تحقق من المزيد من المدونة لمعرفة المزيد حول أهمية التسلسل Y-DNA و mtDNA و اختبار الأبوة .

مواقع تحميل الحمض النووي الأخرى التي قد ترغب في التحقق منها هي:

يمكنك أيضًا البحث في FamilyTreeDNA (نتائج Y الكبيرة التي تتضمن اختبار STR واختبار SNP).

هل أعجبتك مراجعة YFull؟ يمكنك قراءة المزيد من المراجعات على مدونتنا ، بما في ذلك خدمة تسمى YSEQ . تحقق أيضًا من دليلنا الكامل لأفضل مجموعة اختبار الحمض النووي والاختبارات المنزلية الأخرى .