مراجعة YFull – ما الذي يمكنك تعلمه من كروموسوم Y الخاص بك؟

مراجعة yfull

Y ملخص المراجعة الكامل

YFull هو موقع تحميل لبيانات تسلسل الحمض النووي لكروموسوم Y والميتوكوندريا التي توفر تحليلًا عميقًا للأصول. تعرف على المزيد في مراجعتنا YFull!

علم جينوم السديم

نتائج
السعر
الشمولية

ملخص

يحلل YFull كروموسوم Y و mtDNA بسعر معقول على الرغم من أن المعلومات تقتصر على تلك الأقسام من الجينوم.

4.3

حرره كريستينا سوردز ، دكتوراه.

7 حقائق من مراجعة YFull

  1. Y الموقع الكامل: موسكو، روسيا
  2. خدمات: تحميل بيانات الحمض النووي وتفسير Y-DNA و mtDNA
  3. كيف يعمل: قم بتحميل بيانات الحمض النووي الخام من الشركات الأخرى كملف BAM أو ملف VCF لتلقي التقارير
  4. التقارير: تفسير Y-DNA و mtDNA
  5. خصوصية: المشاركة النشطة لبيانات العملاء الإجمالية مع جهات خارجية
  6. كلفة: 49 دولارًا لتحليل Y-DNA ، و 25 دولارًا إضافيًا لتحليل mtDNA
  7. الخدمات التكميلية: علم جينوم السديم (تسلسل الجينوم الكامل 30x الأكثر تكلفة ، بما في ذلك Y-DNA و mtDNA)

مقدمة كاملة

هذه مراجعة لـ YFull ، وهو موقع لتحميل كروموسوم Y وبيانات تسلسل الحمض النووي للميتوكوندريا التي توفر تحليلًا متقدمًا للسلالة.

تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة ، أو SNPs ، هي اختلافات في تسلسل الحمض النووي على مستوى أزواج القواعد الفردية. على سبيل المثال ، عندما تختلف تسلسلات الحمض النووي من شخصين في موضع أو قاعدة واحدة ، فإن هذا يسمى SNP.

من ناحية أخرى ، التكرارات الترادفية القصيرة ، أو STR ، هي سلسلة من تسلسلات الحمض النووي المتكررة (A ، T ، C ، أو Gs) التي تختلف بين الأفراد. يمكن أن يؤدي تحديد عدد التكرارات في مناطق معينة من الجينوم إلى إنشاء “بصمة DNA”. يمكن استخدام هذه البصمة الجينية من قبل علماء الأنساب الجيني المحترفين والهواة على حد سواء للتحقيق في علم الأنساب الجيني للفرد.

معًا ، تعد SNPs و STRs علامات يمكن توريثها. يُعرف الجمع بين هذه العلامات بالنمط الفرداني. هناك اختبارات مختلفة لـ Y-DNA و mt-DNA لأنماط فردانية مختلفة ، والتي قد تخصص أفرادًا لـ “مجموعة هابلوغروب” محددة. بينما يمكن أن تخبرنا اختبارات Y-DNA بالمزيد عن أصول الأب ، تخبرنا اختبارات mtDNA عن أصول الأم.

تم إنشاء YFull في عام 2013 في موسكو ، روسيا لغرض محدد هو الترجمة تسلسل كروموسوم Y. مع وضع هذا في الاعتبار ، فإن الخدمة ليست شركة لاختبار الحمض النووي. بدلاً من ذلك ، إنها شركة تحليل تقدم تفسير تسلسل الجيل التالي (لـ Y-DNA و mtDNA). علاوة على ذلك ، تقدم الشركة تصورًا مناسبًا لنتائج الحمض النووي وشجرة هابلوغروب Yfull العامة المفصلة بحيث يمكنك مقارنة “مسار الطفرات” مع “مسار الطفرات” لعينات أخرى في قاعدة بيانات YFull.

تألف الفريق الأصلي من فاديم أوراسين ، الذي كان مشاركًا نشطًا في مجتمع أنساب الحمض النووي منذ عام 2008. ومن بين الأعضاء الآخرين في الفريق الأصلي ، فلاديمير تاجانكين ، مطور قاعدة بيانات الحمض النووي “semargl.me” ، ورومان سيشيف ، المشرف على موقع dna-forums.org.

هل تريد أكثر بيانات تسلسل كروموسوم Y و mtDNA اكتمالًا لاستخدامها مع YFull؟ تقدم Nebula Genomics أكثر تسلسل الجينوم الكامل 30 مرة بأسعار معقولة! انقر هنا لمعرفة المزيد!

كيفية تحميل بياناتك على YFull

لنبدأ مراجعة YFull بنظرة عامة على الخدمة.

مخطط يوضح بالتفصيل الميزات التي تم الإبلاغ عنها في تفسير NGS لملفات VCF و BAM.
مخطط يوضح بالتفصيل الميزات التي تم الإبلاغ عنها في تفسير NGS لملفات VCF و BAM.

إلى ترتيب تحليل اختبار YFull ، يجب تحميل البيانات الأولية من موفري الاختبارات الجينية الأخرى إلى YFull.com. يمكن أن يكون ملف البيانات الخام من Nebula Genomics أو FTDNA Big Y أو Full Genomes Inc أو YSEQ أو Enlighten أو Veritas Genetics أو BGI أو Novogene أو 23mofang أو Dante Labs أو WeGene أو Yoogene. يمكنك إجراء المراجع التبادلية لأرقام المجموعة المتعلقة بمعرفات YFull لتسهيل الوصول إليها. يمكن تحميل البيانات كملف BAM أو ملف VCF. أحد التحذيرات هو أن استخراج البيانات من ملفات VCF سيكون غير مكتمل (حوالي 50-70٪ من البيانات). بالإضافة إلى ذلك ، لن يتم الإبلاغ عن مطابقات STR في حالة تحميل ملف VCF. أخيرًا ، لا يقبل YFull البيانات بتنسيق FASTQ. لذلك ، تتطلب النتائج المثلى تحميل ملف BAM. يجب توفير رابط URL لملف البيانات الأولية باستخدام خدمات ، مثل Dropbox أو Google drive.

أخيرًا ، يمكن للعملاء إنشاء اسم مستخدم عند تقديم طلب. في وقت الطلب ، لا يلزم الدفع.

Y صفحة الطلب الكاملة.
Y صفحة الطلب الكاملة.

بعد عدة أسابيع ستكون النتائج جاهزة. في هذا الوقت ، يُطلب دفع 49 دولارًا من خلال Paypal أو Apple Pay أو Cloud Payments أو بطاقة الائتمان. يمكن للمرء أيضًا الحصول على تفسير mtDNA بتكلفة إضافية (25 دولارًا).

مخطط يوضح بالتفصيل الميزات التي تم الإبلاغ عنها في تفسير NGS لـ mtDNA.
مخطط يوضح بالتفصيل الميزات التي تم الإبلاغ عنها في تفسير NGS لـ mtDNA.

مراجعة YFull Reporting

كما ذكرنا سابقًا ، هناك نوعان من طفرات Y-DNA: SNPs و STRs. كلا النوعين من الطفرات مفيدان في التحقيق لأسباب مختلفة. تقدم YFull تحليلاً لكل من SNPs و STRs.

YFull العملاء الصفحة الرئيسية.
YFull العملاء الصفحة الرئيسية.

وفقًا لـ YFull ، هناك 185،780 SNPs معروف و 780+ STRs المعروفة. يوجد 1،482،319 متغيرات جديدة لم تكتشف من قبل.

قائمة SNPs المعروفة.
قائمة SNPs المعروفة.

يُظهر تقرير SNP المعروف موقف العميل على Y-haplotree ونتائج SNP لجميع SNPs التي تم اختبارها على فرع العميل من الشجرة. يتم توفير قوائم إضافية من SNPs في علامات التبويب المجاورة ، مما يسلط الضوء على SNPs “الغامضة” وعدم وجود مكالمات SNPs (أي SNPs التي لم يتم تحديدها أثناء عملية التنميط الجيني DNA للشخص).

قائمة كاملة من النيوكلوتايد الجديد.
قائمة كاملة من النيوكلوتايد الجديد.

يمكن أيضًا عرض قائمة من النيوكلوتايد الجديد أو الخاص. يتم تصنيف هذه النيوكلوتايد الجديدة حسب الجودة (على سبيل المثال أفضل ، مقبول ، غامض ، منخفض ، قراءة واحدة). تحتوي جميع SNPs الخاصة على بادئة YFS. تعني علامة الاختيار الحمراء بجوار بعض SNPs أنه يمكن التحقق منها من خلال YSEQ. يشير G إلى الجين الذي يقع بداخله SNP.

يقرأ التسلسل المحاذاة.
يقرأ التسلسل المحاذاة.
قائمة indels.
قائمة indels.

يعرض التقرير أيضًا عمليات الإدراج والحذف (indels) ، وهي مواضع في التسلسل تحتوي على نيوكليوتيدات إضافية.

YFull مباريات متقاربة.
YFull مباريات قريبة من الحمض النووي.

علاوة على ذلك ، يمكن للمرء الوصول إلى مطابقات SNP ، وهي SNPs التي يتم مشاركتها أو من المفترض مشاركتها مع عينات أخرى في قاعدة بيانات YFull ، ويمكن إرجاعها إلى سلف مشترك بعيد. ستستمر مقارنة عينة العميل مع تحديث قاعدة البيانات. إذا تم العثور لاحقًا على أي من أشكال SNP الخاصة هذه لتتطابق مع عينات YFull المكتشفة حديثًا ، فسيتم إعطاء أسماء SNPs هذه في سلسلة ص .

البحث الكامل في ملف BAM.
البحث الكامل في ملف BAM.

يمكن للمرء أيضًا مراقبة تعدد الأشكال الفردية للحصول على مزيد من المعلومات ، بما في ذلك عدد القراءات التي تتداخل مع SNP ، والتسلسلات المرجعية ، وما إلى ذلك.

YFull ميزة الاستعلام SNP.
YFull ميزة الاستعلام SNP.

هناك ميزة مفيدة للسماح للعملاء بالاستعلام عن النتائج باسم SNP.

ننهي مراجعتنا لتقارير YFull بإلقاء نظرة على ميزة YReport. YTree يتضمن مجموعات هابلوغرام DNA لشجرة العائلة و SNPs المشتركة (Y-SNPs) في كل مجموعة هابلوغرافية. تستند YTree إلى بيانات العينة العامة ، بما في ذلك ملف مشروع 1000 جينوم . يتم تحديث YTree كل شهر تقريبًا بناءً على الطلبات المقدمة من خبراء هابلوغروب و ISOGG وآخرين. قائمة SNPs من الجذر إلى مجموعة هابلوغروب الطرفية قابلة للمشاركة.

Y كامل YTree.
Y كامل YTree.
YTree إحصاءات.
YTree إحصاءات.

يمكن للمرء أيضًا ملاحظة نتائج STR (780 التي تم اختبارها) والمطابقات والمتغيرات بتنسيق 12 و 25 و 37 و 67 و 111 المشترك.

مثال على نتائج YFull
نتائج علامة YFull STR.

تشمل الميزات الإضافية تقديرات عمر هابلوغروب التي تستند إلى دراسة عام 2015 حيث يحدد المؤلفون طريقة أصلية لاختيار الطفرات الحقيقية. إذا كانت البيانات الأولية للعميل تتضمن تسلسل mtDNA ، فإن مجموعات هابلوغرام mtDNA تعتمد على PhyloTree مدرجة. في مارس 2019 ، قدمت المنصة تحليل mtDNA مقابل رسوم إضافية.

تشمل الخدمات الأخرى:

  • الإحصائيات ، مثل حجم ملف BAM ، والقراءات المعينة ، وطول التغطية ، ومتوسط تغطية العمق ، والمزيد (في تقرير YReport)
  • ملفات CSV (ملفات محددة بفواصل) لـ SNPs المعروفة و SNPs الجديدة و STRs المعروفة
  • القدرة على تصفح البيانات الأولية حسب الموضع (الجينوم يبني hg19 أو hg38)
  • أخباري: قائمة مرتبة ترتيبًا زمنيًا للتغييرات التي تم إجراؤها على YTree منذ نموذج YFull الخاص بك (عند التحديثات)

أنت تستطيع خذ جولة من هذه الميزات على موقع YFull.

مراجعة خصوصية YFull

الموقع سياسة خاصة تنص على أن “YFull.com تحترم خصوصيتك ولن تكشف عن معلوماتك الشخصية دون موافقتك” ما لم يقتضي القانون ذلك. تنص السياسة كذلك على أنه يجوز الكشف عن “المعلومات الوراثية والمعلومات المبلغ عنها ذاتيًا” لأطراف ثالثة.

هذه المعلومات مجردة من أي معلومات تعريف يمكن تخصيصها لفرد معين. يمكن أيضًا نشر هذه المعلومات التي تم جمعها في المجلات العلمية المحكمة .

ال مرفق المعلومات الشخصية تنص سياسة الخصوصية على مجموعة متنوعة من بيانات المستخدم التي يتم جمعها. يتضمن ذلك عنوان البريد الإلكتروني ومعلومات السلالة وبيانات الوراثة الأولية وملفات تعريف الارتباط وعنوان IP.

يتمتع فريق YFull بحق الوصول الكامل إلى هذه البيانات. قد يسمح أعضاء المجموعات التي انضم إليها المستخدم بالوصول الجزئي إلى بيانات معينة.

قد يستخدم الباحثون العلميون والأكاديميون هذه البيانات أيضًا. يحدث هذا في الحالات التي يمنح فيها المستخدم إذنًا شخصيًا للمشاركة في دراسة. تقوم YFull بتخزين بياناتك طالما كان موقع الويب موجودًا على خادم. يقع هذا الخادم في مركز بيانات آمن في موسكو ، روسيا.

يتم تخزين بعض المعلومات ، مثل عناوين البريد الإلكتروني ، على خوادم Google. يمكنك حذف بياناتك وحسابك في أي وقت بالانتقال إلى صفحة “الإعدادات”. سيتم حذف جميع العينات المرتبطة بحسابك ولا يمكن استردادها إذا قمت بحذف حسابك.

YFull المراجعات

يمكن العثور على العديد من المراجعات القصيرة على موقع الشركة . بالإضافة إلى ذلك ، كتب عدد قليل من المستخدمين منشورات مدونة توضح بالتفصيل تجاربهم مع خدمات الشركة:

لدى YFull أيضًا جمهور مجموعة الفيسبوك مع أكثر من 3500 عضو.

مراجعة YFull إيجابيات وسلبيات

الايجابيات

  • لن يتم تحصيل رسوم منك مقابل التحميل حتى تصبح النتائج جاهزة ، ولا توجد رسوم اشتراك للمنصة.
  • يمكنك العثور على معلومات إضافية حول المتغيرات الخاصة بك. يتضمن هذا الأسماء المختلفة المعطاة لتلك المتغيرات ومناطق الكروموسوم Y حيث تظهر تلك المتغيرات.
  • يمكنك مقارنة النتائج عبر NGS أو اختبارات الجينوم الكامل التي أجريتها.
  • يمكن لمجموعات YFull عرض ومقارنة جميع تقارير المعاملات المشبوهة (وليس فقط 111 الأولى).
  • يمكنك العثور على مطابقات SNP في مجموعات YFull ليس فقط من أجل SNP الطرفي ولكن لأي متغير مسمى أو غير مسمى.
  • يمكنك الاتصال بأعضاء آخرين ومسؤول المجموعة في مجموعات YFull الخاصة بك.
  • يمكن التحقق من SNPs أو STR المشكوك فيها من اختبار NGS الخاص بك في YSEQ وإضافتها إلى نتائج الاختبار الخاصة بك.
  • تم تجهيز النظام الأساسي أيضًا لدعم تفسير تسلسل mtDNA.

سلبيات

  • يُعطى تحليل STR أولوية أقل من تحليل SNP ويستغرق إكماله عدة أسابيع ، مما يؤخر استلام نتائج التفسير.
  • يتم تحديث YTree شهريًا بينما يتم تحديث الخدمات الأخرى أسبوعيًا.

علم جينوم السديم

ننتهي من مراجعة YFull ، من خلال النظر إلى بعض المنتجات التكميلية.

هل تريد أكثر بيانات تسلسل كروموسوم Y و mtDNA اكتمالًا لاستخدامها مع YFull؟ علم جينوم السديم تقدم أكثر 30 تسلسل جينوم كامل بأسعار معقولة! علاوة على ذلك ، يمكن استيراد بياناتنا إلى FamilyTreeDNA التي توفر أيضًا الوصول إلى قاعدة بيانات كبيرة لكروموسوم Y وبيانات الحمض النووي للميتوكوندريا. تحقق من المزيد من المدونة لمعرفة المزيد حول أهمية التسلسل Y-DNA و mtDNA و اختبار الأبوة .

مواقع تحميل الحمض النووي الأخرى التي قد ترغب في التحقق منها هي:

يمكنك أيضًا البحث في FamilyTreeDNA (نتائج Y الكبيرة التي تتضمن اختبار STR واختبار SNP).

هل أعجبتك مراجعة YFull؟ يمكنك القراءة المزيد من الاستعراضات على مدونتنا ، بما في ذلك خدمة مجانية تسمى YSEQ ، وتحقق من الدليل الكامل لأفضل مجموعة اختبار الحمض النووي والاختبارات المنزلية الأخرى .