Reseña de YFull – ¿Análisis de ascendencia de forma sencilla?

Resumen de revisión completa

YFull es un sitio de carga de datos de secuenciación del ADN mitocondrial y del cromosoma Y que proporciona un análisis profundo de la ascendencia. ¡Obtenga más información en nuestra revisión de YFull!

Genómica de la nebulosa

YFull logo
Resultados
Precio
Exhaustividad

Resumen

YFull analiza los cromosomas Y y el ADNmt a un precio razonable. Sin embargo, la información se limita a esas secciones del genoma.

4.3

7 hechos de nuestra revisión de YFull

  1. Ubicación: Barcelona, España
  2. Servicios: Carga de datos de ADN e interpretación de ADN-Y y ADNmt
  3. Cómo funciona: Cargue los datos de ADN en bruto de otras empresas como archivo BAM o VCF para recibir informes
  4. Informes: Interpretación de Y-DNA y mtDNA
  5. Privacidad: No se comparten los datos con terceros sin consentimiento
  6. Coste: 49 dólares para el análisis de ADN-Y, 25 dólares adicionales para el análisis de ADN-mt
  7. Servicios complementarios: Nebula Genomics (secuenciación 30x del genoma completo, incluyendo ADN-Y y ADN-mt)

Esta revisión está escrita con la intención de ser lo más imparcial posible. Sin embargo, representa la opinión de un revisor individual y, por lo tanto, es subjetiva. Además, en Nebula Genomics buscamos educar al público sobre los beneficios de la secuenciación del genoma completo. Por lo tanto, la información sobre nuestra prueba de ADN de secuenciación del genoma completo se incorpora a la revisión.

9 de septiembre de 2022

Editado por Christina Swords, Ph.D.

Pros y contras

Pros

  • No se facturará hasta que los resultados estén listos
  • No hay cuotas de suscripción
  • Información adicional sobre sus variantes privadas.
  • Puede comparar los resultados de diferentes pruebas NGS o de genoma completo realizadas
  • Los grupos YFull pueden mostrar y comparar todas las RTS
  • Puede encontrar coincidencias de SNP en YFull Groups para cualquier variante con o sin nombre
  • Puedes ponerte en contacto con otros miembros y con el administrador del grupo en tus Grupos YFull
  • Los SNPs o STRs cuestionables de su prueba NGS pueden ser verificados en YSEQ y añadidos a sus resultados
  • La plataforma admite la interpretación de secuencias de ADNmt

Contras

  • El análisis de STR tiene menos prioridad que el de SNP y tarda varias semanas en completarse, lo que retrasa la recepción de los resultados de la interpretación
  • YTree se actualiza mensualmente

Introducción completa

YFull es un sitio de carga de datos de secuenciación de ADN mitocondrial y del cromosoma Y. El servicio también ofrece un análisis avanzado de la ascendencia. Entre otras ofertas, promete «desbloquear tus haplogrupos terminales y los Y-SNP conocidos».

Los polimorfismos de un solo nucleótido, o SNP (pronunciado «snips»), son diferencias en las secuencias de ADN a nivel de pares de bases individuales. En esencia, un SNP es una diferencia en un único bloque de ADN (nucleótido) entre personas.

Por otro lado, las repeticiones cortas en tándem, o STR, son una serie de secuencias de ADN repetidas (A, T, C o G) que difieren entre individuos. La identificación del número de repeticiones en áreas específicas del genoma puede crear una «huella de ADN». Los genealogistas genéticos profesionales y aficionados pueden utilizar esta huella digital para investigar la ascendencia de un individuo.

Juntos, los SNP y los STR son marcadores que pueden heredarse. La combinación de tales marcadores se conoce como haplotipo. Diferentes pruebas de ADN-Y y ADN-mt para diferentes haplotipos pueden asignar a los individuos a un «haplogrupo» específico. Mientras que las pruebas de ADN-Y pueden informarnos más sobre la línea paterna, las pruebas de ADN-mt nos informan sobre los linajes maternos.

Puede utilizar YFull para buscar todo hasta su subclado terminal, la rama más específica de su haplogrupo.

YFull comenzó en 2013 en Moscú, Rusia, con el propósito específico de interpretar las secuencias del cromosoma Y. Es importante señalar que no se trata de una empresa de pruebas de ADN. En cambio, es una empresa de análisis que ofrece la interpretación de la secuenciación de próxima generación para el ADN-Y y el ADN-mt.

Además, la empresa ofrece una cómoda visualización de los resultados de ADN y un detallado árbol público de haplogrupos Yfull para que puedas comparar tu «camino de mutaciones» con otras muestras de la base de datos de YFull.

El equipo original estaba formado por Vadim Urasin, que ha participado activamente en la comunidad genealógica del ADN desde 2008. Otros miembros del equipo original incluyen Vladimir Tagankin, el desarrollador de la base de datos de ADN «semargl.me», y Roman Sychev, moderador de dna-forums.org.

¿Desea obtener datos completos de secuenciación del cromosoma Y y del ADNmt para utilizarlos con YFull?

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Cómo subir sus datos a YFull

Comencemos la revisión de YFull con una descripción general del servicio.

Un gráfico que detalla qué características se reportan en la interpretación de NGS para los archivos VCF y BAM
Un gráfico que detalla qué características se reportan en la interpretación de NGS para los archivos VCF y BAM

Para solicitar un análisis de la prueba YFull, los usuarios deben cargar los datos en bruto de otros proveedores de pruebas genéticas. Su archivo puede ser de varias empresas, incluida Nebula Genomics. Puede cruzar los números de kit relacionados con los ID de YFull para facilitar el acceso. Los datos pueden ser un .BAM/.CRAM o .VCF.

Una advertencia: la extracción de datos de archivos .VCF será incompleta (alrededor del 50-70%). Si un usuario sube un archivo .VCF, las coincidencias de STR no serán reportadas. YFull no acepta datos en formato FASTQ. Por lo tanto, los resultados óptimos requieren la carga de un archivo .BAM.

Por último, los clientes pueden crear un nombre de usuario al realizar un pedido. No es necesario que paguen en el momento del pedido.

Captura de pantalla de la página de pedidos de YFull con una lista de lo que incluye, un formulario y un botón para hacer el pedido ahora
Página de pedidos de YFull

Después de varias semanas, los resultados estarán listos y disponibles tras pagar 49 dólares. Puede adquirir una interpretación de ADNmt con un coste adicional de 25 dólares.

Un gráfico que detalla qué características se reportan en la interpretación de NGS para el ADNmt
Un gráfico que detalla qué características se reportan en la interpretación de NGS para el ADNmt

Revisión de YFull Reporting

Como se ha mencionado anteriormente, existen dos tipos de mutaciones del ADN-Y: Los SNP y los STR. Ambos tipos de mutaciones son útiles para el sondeo por diferentes razones. YFull ofrece un análisis tanto de SNP como de STR.

Captura de pantalla de una sección de la página de YFull con tres cuadros hipervinculados
Página de inicio del cliente de YFull

Según YFull, hay 185.780 SNP positivos conocidos y más de 780 STR conocidos. Además, 1.482.319 variantes nuevas que no se habían descubierto antes.

Lista de SNPs conocidos
Lista de SNPs conocidos

El informe de SNP conocidos muestra la posición del cliente en el árbol genealógico Y y los resultados de SNP para todos los SNP probados en la rama del árbol del cliente. Los detalles incluyen listas de SNPs en pestañas adyacentes, destacando los SNPs «ambiguos» y los SNPs sin llamada (es decir, los SNPs que no se determinaron durante el proceso de genotipado del ADN de una persona).

YLista completa de nuevos SNP
YLista completa de nuevos SNP

También podemos ver una lista de SNPs nuevos o privados. Estos SNP novedosos se estratifican por calidad (por ejemplo, mejor, aceptable, ambiguo, bajo, una lectura).

Todos los SNP privados tienen un prefijo YFS. La marca de verificación roja junto a algunos de estos SNP significa que se pueden verificar a través de YSEQ. La G se refiere a la ubicación de este gen dentro de este SNP.

Tabla con muchas columnas pequeñas tituladas con bases nitrogenadas (A, C, G, T) y filas rellenas y parcialmente rellenadas
Lecturas de secuenciación alineadas

El informe también muestra inserciones y deleciones (indeles), que son posiciones en la secuencia que tienen nucleótidos adicionales.

Lista de indels
Lista de indels

Además, se puede acceder a las coincidencias de SNP. Se trata de SNPs compartidos o supuestamente compartidos con otras muestras de la base de datos de YFull. Se pueden rastrear estos SNP hasta un ancestro común lejano.

La base de datos seguirá comparando una muestra a medida que se actualice. Si alguno de estos SNP privados coincide con muestras YFull recién descubiertas, estos SNP obtendrán nombres en la serie Y.

Tabla con coincidencias de SNP en una tabla con nueve filas visibles, con las columnas de país de origen, YFull ID y SNPs compartidos
Coincidencias de ADN YFull

También se pueden observar los SNP individuales para obtener más información. Esto incluye el número de lecturas que se solapan con ese SNP, las secuencias de referencia, etc.

Sección de una tabla con varias filas con alguna información sobre pares de bases
Búsqueda de YFull en un archivo BAM

Hay una función útil que permite a los clientes consultar los resultados por nombre de SNP.

Captura de pantalla de una fila que describe un SNP
Función de consulta de SNP YFull

Cerramos nuestra revisión de los informes de YFull con una mirada a la función YReport. YTree incluye los haplogrupos de ADN del árbol genealógico y los SNP compartidos (Y-SNP) en cada proyecto de haplogrupo. Se basa en datos de muestras públicas, incluido el Proyecto 1000 Genomas.

YTree se actualiza casi todos los meses gracias a las aportaciones de los expertos en haplogrupos, la Sociedad Internacional de Genealogía Genética (ISOGG) y otros. La lista de SNP desde la raíz hasta el haplogrupo terminal se puede compartir.

Gráfico en formato de cascada con cuadrados verdes con letras que representan las posiciones de los cromosomas
YFull YTree
Tabla con una lista de varias posiciones, sus SNPs y subclados
Estadísticas de YTree

Los clientes también pueden observar los resultados de los STR (780 que se prueban), las coincidencias y las variantes en el formato común 12, 25, 37, 67 y 111.

Tabla con seis filas de SNPs e información en columnas de rectángulos con SNPs y números en ellos
Resultados del marcador YFull STR

Las características adicionales incluyen estimaciones de la edad del haplogrupo basadas en un estudio de 2015 en el que los autores esbozan un método original de selección de mutaciones verdaderas. Si los datos brutos de un cliente incluyen la secuenciación de ADNmt, el informe enumerará los haplogrupos de ADNmt basados en PhyloTree. En marzo de 2019, la plataforma introdujo el análisis de ADNmt por una tarifa adicional.

Otros servicios incluyen:

  • Estadísticas, como tamaño de archivo BAM, lecturas mapeadas, cobertura de longitud, cobertura de profundidad media y más (en el YReport)
  • Archivos CSV (archivos delimitados por comas) para SNP conocidos, SNP nuevos y STR conocidos
  • La capacidad de buscar datos sin procesar por posición (el genoma crea hg19 o hg38)
  • Mis noticias: una lista cronológica de cambios en YTree desde su muestra de YFull (sobre actualizaciones)

Revisión de YFull Privacy

El sitio web política de privacidad declara que «YFull.com respeta su privacidad y no divulgará su información personal sin su consentimiento» a menos que lo exija la ley.

Las condiciones no mencionan ninguna excepción con terceros. Esto no quiere decir que no lo comparta con terceros, pero la política no hace referencia a ello.

En el anexo de información personal de la política de privacidad se habla de la variedad de datos de los usuarios que se recogen. Esto incluye dirección de correo electrónico, información de ascendencia y datos genéticos sin procesar, cookies y dirección IP.

El equipo de YFull tiene acceso completo a estos datos. Los miembros de los grupos a los que el usuario se ha unido pueden tener acceso parcial a ciertas partes.

Los investigadores académicos y de ciencia ciudadana también pueden utilizar estos datos. Esto ocurre cuando el usuario ha dado su permiso personal para participar en un estudio.

YFull almacena sus datos en un servidor situado en un centro de datos seguro en Moscú, Rusia.

Google sirve para almacenar cierta información, como las direcciones de correo electrónico. Puedes eliminar tus datos y tu cuenta navegando por la página de «ajustes».

Reseñas completas

En el sitio web de la empresa hay varias reseñas breves. Aparte de eso, no hay muchos comentarios accesibles de clientes en línea.

Genómica de la nebulosa

Terminamos nuestra reseña de YFull, examinando algunos productos complementarios.

Nuestros datos pueden importarse a YFull, lo que da acceso a una amplia base de datos de ADN mitocondrial y del cromosoma Y. Consulte más del blog para obtener más información sobre la importancia de la secuenciación. Y-DNA y mtDNA y prueba de paternidad .

Otros sitios de carga de ADN que quizás desee consultar son:

  • Tierra de ADN (carga de ADN gratuita para análisis de rasgos y ascendencia)
  • Pintor de ADN (para genealogía: el primero es gratuito y hay suscripciones disponibles para otros)
  • GedMatch Genesis (carga de ADN gratuita y opciones avanzadas de pago)
  • Genio genético (gratis para informes de salud)
  • HomeDNA Ancestry (historia de la migración basada en los grupos de genes)
  • ADN vivo (carga gratuita para ascendencia)
  • Mi herencia (carga gratuita para genealogía)
  • MyTrueAncestry (conozca su conexión con las poblaciones antiguas)
  • WeGene (un enfoque en las poblaciones asiáticas, costo de los informes)

También puede consultar FamilyTreeDNA (resultados de Big Y que incluyen una prueba STR y una prueba SNP).

¿Te gustó nuestra revisión de YFull? Puedes leer más opiniones en nuestro blog, incluyendo un servicio llamado YSEQ. Además, consulte nuestra guía completa sobre el mejor kit de pruebas de ADN y otras pruebas caseras.