Revue YFull – L’analyse d’ascendance facilitée ?

Résumé de l’examen complet

YFull est un site de téléchargement de données de séquençage du chromosome Y et de l’ADN mitochondrial qui fournit une analyse ascendante approfondie. Apprenez-en plus dans notre examen YFull!

Génomique des nébuleuses

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Sommaire

YFull analyse les chromosomes Y et l’ADNmt à un prix raisonnable. Cependant, les informations sont limitées à ces sections du génome.

4.3

7 faits tirés de notre examen complet

  1. Lieu : Barcelone, Espagne
  2. Prestations de service: Téléchargement de données ADN et interprétation de l’ADN-Y et de l’ADNmt
  3. Comment cela fonctionne-t-il ? Téléchargez les données brutes d’ADN d’autres entreprises sous forme de fichier BAM ou VCF pour recevoir des rapports.
  4. Rapports: Interprétation de l’ADN-Y et de l’ADNmt
  5. Confidentialité : Pas de partage de données avec des tiers sans consentement
  6. Coût : 49 $ pour l’analyse de l’ADN-Y, 25 $ de plus pour l’analyse de l’ADNmt.
  7. Services complémentaires : Nebula Genomics (séquençage du génome entier 30x, y compris l’ADN-Y et l’ADNmt)

Cette critique est écrite avec l’intention d’être aussi impartiale que possible. Cependant, il représente l’opinion d’un évaluateur individuel et est donc subjectif. De plus, chez Nebula Genomics, nous cherchons à éduquer le public sur les avantages du séquençage du génome entier. Des informations sur notre test ADN de séquençage du génome entier sont donc intégrées à l’examen.

9 septembre 2022

Edité par Christina Swords, Ph.D.

Avantages et inconvénients

Avantages

  • Pas de facturation avant que les résultats ne soient prêts
  • Pas de frais d’abonnement
  • Informations supplémentaires sur vos variantes privées.
  • Vous pouvez comparer les résultats de différents tests NGS ou de génome complet.
  • Les groupes YFull peuvent afficher et comparer tous les STR.
  • Vous pouvez trouver des correspondances SNP dans les groupes YFull pour n’importe quelle variante, nommée ou non.
  • Vous pouvez contacter les autres membres et l’administrateur du groupe dans vos groupes YFull.
  • Les SNP ou STR douteux de votre test NGS peuvent être vérifiés à l’YSEQ et ajoutés à vos résultats.
  • La plateforme prend en charge l’interprétation du séquençage de l’ADNmt

Les inconvénients

  • L’analyse STR est moins prioritaire que l’analyse SNP et prend plusieurs semaines, ce qui retarde la réception des résultats d’interprétation.
  • Mises à jour mensuelles de YTree

YIntroduction complète

YFull est un site de téléchargement de données de séquençage du chromosome Y et de l’ADN mitochondrial. Le service fournit également une analyse avancée de l’ascendance. Entre autres offres, il promet de « déverrouiller vos haplogroupes terminaux et vos Y-SNP connus ».

Les polymorphismes nucléotidiques simples, ou SNP (prononcez « snips »), sont des différences dans les séquences d’ADN au niveau des paires de bases individuelles. En substance, un SNP est une différence dans un seul bloc d’ADN (nucléotide) entre les personnes.

D’autre part, les répétitions en tandem courtes, ou STR, sont une série de séquences d’ADN répétées (A, T, C ou G) qui diffèrent entre les individus. L’identification du nombre de répétitions dans des zones spécifiques du génome permet de créer une « empreinte génétique ». Les généalogistes généticiens professionnels et amateurs peuvent utiliser cette empreinte digitale pour rechercher l’ascendance d’un individu.

Ensemble, les SNP et les STR sont des marqueurs qui peuvent être hérités. La combinaison de ces marqueurs est connue sous le nom d’haplotype. Différents tests d’ADN-Y et d’ADNmt pour différents haplotypes peuvent attribuer des individus à un « haplogroupe » spécifique. Alors que les tests d’ADN-Y peuvent nous renseigner sur la lignée paternelle, les tests d’ADNmt nous renseignent sur les lignées maternelles.

Vous pouvez utiliser YFull pour tout rechercher jusqu’à votre sous-clade terminale, la branche la plus spécifique de votre haplogroupe.

YFull a débuté en 2013 à Moscou, en Russie, dans le but précis d’interpréter les séquences du chromosome Y. Il est important de noter qu’il ne s’agit pas d’une société de tests ADN. Il s’agit plutôt d’une société d’analyse offrant une interprétation du séquençage de nouvelle génération pour l’ADN-Y et l’ADNmt.

En outre, la société propose une visualisation pratique des résultats d’ADN et un arbre détaillé et public de l’haplogroupe Yfull pour que vous puissiez comparer votre « chemin de mutations » avec d’autres échantillons de la base de données d’YFull.

L’équipe initiale était composée de Vadim Urasin, qui participe activement à la communauté généalogique de l’ADN depuis 2008. Les autres membres de l’équipe d’origine comprennent Vladimir Tagankin, le développeur de la base de données ADN « semargl.me », et Roman Sychev, un modérateur sur dna-forums.org.

Vous voulez des données complètes de séquençage du chromosome Y et de l’ADNmt à utiliser avec YFull ?

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Comment télécharger vos données sur YFull

Commençons la revue YFull avec un aperçu du service.

Un tableau détaillant les caractéristiques qui sont rapportées dans l'interprétation NGS pour les fichiers VCF et BAM.
Un tableau détaillant les caractéristiques qui sont rapportées dans l’interprétation NGS pour les fichiers VCF et BAM.

Pour commander une analyse du test YFull, les utilisateurs doivent télécharger des données brutes provenant d’autres fournisseurs de tests génétiques. Votre fichier peut provenir de plusieurs sociétés, dont Nebula Genomics. Vous pouvez croiser les numéros de kit liés aux identifiants YFull pour un accès plus facile. Les données peuvent être au format .BAM/.CRAM ou .VCF.

Une mise en garde – l’extraction des données des fichiers .VCF sera incomplète (environ 50-70%). Si un utilisateur télécharge un fichier .VCF, les correspondances STR ne seront pas signalées. YFull n’accepte pas les données au format FASTQ. Pour obtenir des résultats optimaux, il faut donc télécharger un fichier .BAM.

Enfin, les clients peuvent créer un nom d’utilisateur lorsqu’ils passent une commande. Ils ne doivent pas payer au moment de la commande.

Capture d'écran de la page de commande de YFull avec la liste de ce qu'elle comprend, un formulaire et un bouton "Commander maintenant".
Page de commande de YFull

Après plusieurs semaines, les résultats seront prêts et disponibles après avoir payé 49 $. Vous pouvez acheter une interprétation de l’ADNmt pour un coût supplémentaire de 25 $.

Un tableau détaillant les caractéristiques qui sont rapportées dans l'interprétation des NGS pour l'ADNmt.
Un tableau détaillant les caractéristiques qui sont rapportées dans l’interprétation des NGS pour l’ADNmt.

Examen de YFull Reporting

Comme mentionné précédemment, il existe deux types de mutations de l’ADN-Y : les SNP et les STR. Les deux types de mutations sont utiles à sonder pour des raisons différentes. YFull propose une analyse des SNP et des STR.

Capture d'écran d'une section de page YFull comportant trois carrés hyperliés
Page d’accueil des clients de YFull

Selon YFull, il y a 185 780 SNP positifs connus et plus de 780 STR connus. En outre, 1 482 319 nouvelles variantes n’ont pas été découvertes auparavant.

Liste des SNP connus
Liste des SNP connus

Le rapport sur les SNP connus montre la position du client sur l’arbre Y-haplotree et les résultats des SNP pour tous les SNP testés sur la branche de l’arbre du client. Les détails comprennent des listes de SNP dans des onglets adjacents, mettant en évidence les SNP « ambigus » et les SNP sans appel (c’est-à-dire les SNP qui n’ont pas été déterminés au cours du processus de génotypage de l’ADN d’une personne).

YListe complète des nouveaux SNP
YListe complète des nouveaux SNP

Nous pouvons également afficher une liste de SNP nouveaux ou privés. Ces nouveaux SNP sont stratifiés par qualité (par exemple, meilleur, acceptable, ambigu, faible, une lecture).

Tous les SNP privés ont un préfixe YFS. La coche rouge à côté de certains de ces SNP signifie qu’ils peuvent être vérifiés via YSEQ. Le G fait référence à la localisation de ce gène dans ce SNP.

Tableau comportant de nombreuses petites colonnes titrées avec des bases azotées (A, C, G, T) et des lignes remplies et partiellement remplies.
Lectures de séquençage alignées

Le rapport montre également des insertions et des délétions (indels), qui sont des positions dans la séquence qui ont des nucléotides supplémentaires.

Liste des indels
Liste des indels

En outre, on peut accéder aux correspondances SNP. Il s’agit de SNP partagés ou supposés être partagés avec d’autres échantillons de la base de données d’YFull. Vous pouvez retracer ces SNP jusqu’à un lointain ancêtre commun.

La base de données continuera à comparer un échantillon au fur et à mesure de sa mise à jour. Si certains de ces SNP privés correspondent à des échantillons YFull nouvellement découverts, ces SNP seront nommés dans la série Y.

Tableau des correspondances SNP dans un tableau à neuf lignes visibles, comportant les colonnes du pays d'origine, de l'ID YFull et des SNP partagés.
YComparaisons ADN proches

On peut également observer les SNP individuels pour obtenir plus d’informations. Cela inclut le nombre de lectures qui chevauchent ce SNP, les séquences de référence, et ainsi de suite.

Section d'un tableau à plusieurs lignes avec quelques informations sur les paires de bases
Recherche YFull dans un fichier BAM

Il existe une fonctionnalité utile pour permettre aux clients d’interroger les résultats par nom SNP.

Capture d'écran d'une ligne décrivant un SNP
YFull SNP query feature

Nous terminons notre examen des rapports YFull en nous penchant sur la fonction YReport. YTree inclut les haplogroupes d’ADN d’arbre généalogique et les SNP partagés (Y-SNP) dans chaque projet d’haplogroupe. Il est basé sur des données d’échantillons publics, dont le projet 1000 génomes.

YTree est mis à jour presque tous les mois sur la base des propositions des experts en haplogroupes, de la Société internationale de généalogie génétique (ISOGG) et d’autres organismes. La liste des SNP de la racine à l’haplogroupe terminal est partageable.

Graphique sous forme de cascade avec des carrés verts et des lettres représentant les positions des chromosomes.
YFull YTree
Tableau listant plusieurs positions, leurs SNP et sous-clades
Statistiques de l’YTree

Les clients peuvent également observer les résultats STR (780 qui sont testés), les correspondances et les variantes dans le format commun 12, 25, 37, 67 et 111.

Tableau avec six lignes de SNP et informations dans des colonnes de rectangles avec des SNP et des numéros dans ces rectangles
Résultats des marqueurs STR YFull

Parmi les autres caractéristiques, citons les estimations de l’âge des haplogroupes basées sur une étude de 2015 où les auteurs exposent une méthode originale de sélection des vraies mutations. Si les données brutes d’un client comprennent le séquençage de l’ADNmt, le rapport énumérera les haplogroupes d’ADNmt basés sur PhyloTree. En mars 2019, la plateforme a introduit l’analyse de l’ADNmt moyennant un supplément.

Les autres services comprennent:

  • Statistiques, telles que la taille du fichier BAM, les lectures mappées, la couverture de longueur, la couverture de profondeur médiane, etc. (dans le rapport Y)
  • Fichiers CSV (fichiers délimités par des virgules) pour les SNP connus, les nouveaux SNP et les STR connus
  • La possibilité de parcourir les données brutes par position (le génome construit hg19 ou hg38)
  • Mes actualités: une liste chronologique des modifications apportées à YTree depuis votre échantillon YFull (sur mises à jour)

Examen de YFull Privacy

Le site Web politique de confidentialité déclare que «YFull.com respecte votre vie privée et ne divulguera pas vos informations personnelles sans votre consentement» sauf si la loi l’exige.

Les conditions générales ne mentionnent pas d’exceptions avec des tiers. Cela ne veut pas dire qu’elle ne partage pas avec des tiers, mais la politique n’y fait pas référence.

L’annexe sur les informations personnelles de la politique de confidentialité traite de la variété des données recueillies auprès des utilisateurs. Cela comprend l’adresse e-mail, les informations d’ascendance et les données génétiques brutes, les cookies et l’adresse IP.

L’équipe YFull a un accès complet à ces données. Les membres des groupes que l’utilisateur a rejoints peuvent avoir un accès partiel à certaines parties.

La science citoyenne et les chercheurs universitaires peuvent également utiliser ces données. Cela se produit lorsque l’utilisateur a donné son autorisation personnelle pour participer à une étude.

YFull stocke vos données sur un serveur situé dans un centre de données sécurisé à Moscou, en Russie.

Google sert à stocker certaines informations, telles que les adresses électroniques. Vous pouvez supprimer vos données et votre compte en naviguant sur la page « paramètres ».

Avis sur YFull

Plusieurs courtes critiques sont disponibles sur le site web de l’entreprise. En dehors de cela, il n’y a pas beaucoup d’avis de clients accessibles en ligne.

Génomique des nébuleuses

Nous terminons notre revue de YFull en examinant quelques produits complémentaires.

Nos données peuvent être importées dans YFull, qui donne accès à une vaste base de données sur le chromosome Y et l’ADN mitochondrial. Consultez davantage le blog pour en savoir plus sur l’importance du séquençage ADN-Y et ADNmt et test de paternité .

Les autres sites de téléchargement d’ADN que vous voudrez peut-être consulter sont:

  • Terre d’ADN (téléchargement gratuit d’ADN pour l’analyse des traits et de l’ascendance)
  • Peintre ADN (pour la généalogie – le premier est gratuit et des abonnements sont disponibles pour les autres)
  • GedMatch Genesis (téléchargement gratuit d’ADN et options avancées payantes)
  • Génie génétique (gratuit pour les rapports de santé)
  • HomeDNA Ancestry (histoire de la migration basée sur les pools génétiques)
  • ADN vivant (téléchargement gratuit pour l’ascendance)
  • Mon héritage (téléchargement gratuit pour la généalogie)
  • MyTrueAncestry (découvrez votre lien avec des populations anciennes)
  • WeGene (focus sur les populations asiatiques, coût des rapports)

Vous pouvez également consulter FamilyTreeDNA (résultats Big Y qui incluent un test STR et un test SNP).

Avez-vous aimé notre avis YFull? Vous pouvez lire d’autres critiques sur notre blog, notamment sur un service appelé YSEQ. Consultez également notre guide complet du meilleur kit de test ADN et d’autres tests à domicile.