YFullレビュー-Y染色体から何を学ぶことができますか?

yfull-レビュー

YFullレビューの概要

YFullは、Y染色体およびミトコンドリアDNAシーケンスデータのアップロードサイトであり、深い祖先分析を提供します。 YFullレビューで詳細をご覧ください!

星雲ゲノミクス

結果
価格
包括性

概要

YFullは、Y染色体とmtDNAをリーズナブルな価格で分析しますが、情報はゲノムのこれらのセクションに限定されています。

4.3

Christina Swords、Ph.D。が編集

YFullレビューからの7つの事実

  1. Y完全な場所:ロシアのモスクワ
  2. サービス: Y-DNAとmtDNAのDNAデータのアップロードと解釈
  3. 仕組み:他社の生のDNAデータをBAMファイルまたはVCFファイルとしてアップロードしてレポートを受信する
  4. レポート: Y-DNAとmtDNAの解釈
  5. プライバシー:集計された顧客データをサードパーティと積極的に共有する
  6. 費用: Y-DNA分析に49ドル、mtDNA分析に25ドル追加
  7. 補完サービス:星雲ゲノミクス(Y-DNAおよびmtDNAを含む最も手頃な30倍の全ゲノム配列決定)

YFullはじめに

これは、高度な祖先分析を提供するY染色体およびミトコンドリアDNAシーケンシングデータのアップロードサイトであるYFullのレビューです。

一塩基多型、またはSNPは、個々の塩基対のレベルでのDNA配列の違いです。 たとえば、2人の個人のDNA配列が単一の位置または塩基で異なる場合、これはSNPと呼ばれます。

一方、短いタンデムリピート(STR)は、個人間で異なる一連の反復DNA配列(A、T、C、またはG)です。 ゲノムの特定の領域での繰り返しの数を特定すると、「DNAフィンガープリント」を作成できます。 このゲノムフィンガープリントは、個人の遺伝子系図を調査するために、プロとアマチュアの遺伝子系図学者が同様に使用できます。

一緒に、SNPsとSTRは継承できるマーカーです。 このようなマーカーの組み合わせは、ハプロタイプとして知られています。 異なるハプロタイプに対して異なるY-DNAおよびmt-DNAテストがあり、特定の「ハプログループ」に個人を割り当てる場合があります。 Y-DNA検査は父方の起源についてもっと教えてくれますが、mtDNA検査は母方の起源について教えてくれます。

YFullは、2013年にロシアのモスクワで、通訳Y染色体配列。 これを念頭に置いて、このサービスはDNA検査会社ではありません。 むしろ、次世代シーケンシング解釈(Y-DNAおよびmtDNA)を提供する分析会社です。 さらに、同社はDNA結果の便利な視覚化と詳細な公開ハプログループYfullツリーを提供しているため、YFullのデータベース内の他のサンプルの「突然変異のパス」と「突然変異のパス」を比較できます。

元のチームは、2008年からDNA系図コミュニティに積極的に参加しているVadimUrasinで構成されていました。 元のチームの他のメンバーには、DNAデータベース「semargl.me」の開発者であるVladimir Tagankinと、dna-forums.orgのモデレーターであるRomanSychevが含まれます。

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YFullにデータをアップロードする方法

サービスの概要からYFullレビューを始めましょう。

VCFおよびBAMファイルのNGS解釈で報告される機能の詳細を示すグラフ。
VCFおよびBAMファイルのNGS解釈で報告される機能の詳細を示すグラフ。

注文YFullテスト分析では、他の遺伝子テストプロバイダーからの生データをYFull.comにアップロードする必要があります。 生データファイルは、Nebula Genomics、FTDNA Big Y、Full Genomes Inc、YSEQ、Enlighten、Veritas Genetics、BGI、Novogene、23mofang、Dante Labs、WeGene、またはYoogeneから取得できます。 YFull IDに関連するキット番号を相互参照して、簡単にアクセスできます。 データは、BAMファイルまたはVCFファイルとしてアップロードできます。 注意点の1つは、VCFファイルからのデータ抽出が不完全になることです(データの約50〜70%)。 さらに、VCFファイルがアップロードされた場合、STRの一致は報告されません。 最後に、YFullはFASTQ形式のデータを受け入れません。 したがって、最適な結果を得るには、BAMファイルをアップロードする必要があります。 DropboxやGoogleドライブなどのサービスを使用して、生データファイルへのURLリンクを提供する必要があります。

最後に、顧客は注文時にユーザー名を作成できます。 ご注文時にお支払いは不要です。

Yフルオーダーページ。
Yフルオーダーページ。

数週間後、結果の準備が整います。 現時点では、Paypal、Apple Pay、Cloud Payments、またはクレジットカードで49ドルの支払いが要求されています。 追加費用($ 25)でmtDNA解釈を取得することもできます。

mtDNAのNGS解釈で報告される機能の詳細を示すグラフ。
mtDNAのNGS解釈で報告される機能の詳細を示すグラフ。

YFullレポートのレビュー

前述のように、Y-DNA変異にはSNPとSTRの2種類があります。 どちらのタイプの変異も、さまざまな理由で調査するのに役立ちます。 YFullは、SNPとSTRの両方の分析を提供します。

YFullカスタマーホームページ。
YFullカスタマーホームページ。

YFullによると、185,780の既知のSNPと780以上の既知のSTRがあります。 これまでに発見されていない1,482,319の新規変異体が存在します。

既知のSNPのリスト。
既知のSNPのリスト。

既知のSNPレポートには、Yハプロツリーでの顧客の位置と、ツリーの顧客のブランチでテストされたすべてのSNPのSNP結果が表示されます。 SNPの追加リストは、隣接するタブに表示され、「あいまいな」SNPと呼び出しSNP(つまり、人のDNAのジェノタイピングプロセス中に決定されなかったSNP)が強調表示されます。

Y新規SNPの完全なリスト。
Y新規SNPの完全なリスト。

新規またはプライベートSNPのリストも表示できます。 これらの新しいSNPは、品質(たとえば、最良、許容可能、あいまい、低、1回の読み取り)によって階層化されます。 すべてのプライベートSNPにはYFSプレフィックスが付いています。 これらのSNPのいくつかの横にある赤いチェックマークは、YSEQを介して検証できることを意味します。 Gは、このSNPが存在する遺伝子を指します。

アラインされたシーケンシングリード。
アラインされたシーケンシングリード。
インデルのリスト。
インデルのリスト。

レポートには、挿入と削除(インデル)も表示されます。これらは、余分なヌクレオチドを持つシーケンス内の位置です。

Yフルクローズマッチ。
Y完全に近いDNAが一致します。

さらに、YFullのデータベース内の他のサンプルと共有または共有されると想定されるSNPであるSNP一致にアクセスでき、離れた共通の祖先までさかのぼることができます。 データベースが更新されると、顧客のサンプルは引き続き比較されます。 これらのプライベートSNPのいずれかが、新しく発見されたYFullサンプルと一致することが後で見つかった場合、これらのSNPには名前が付けられます。 Yシリーズ

YBAMファイルでの完全検索。
YBAMファイルでの完全検索。

個々のSNPを観察して、そのSNPと重複する読み取りの数、参照シーケンスなど、より多くの情報を取得することもできます。

YFullSNPクエリ機能。
YFullSNPクエリ機能。

顧客がSNP名で結果を照会できるようにする便利な機能があります。

YReport機能を見て、YFullレポートのレビューを終了します。 YTreeすべてのハプログループで共有されるファミリーツリーDNAハプログループとSNP(Y-SNP)が含まれます。 YTreeは、以下を含む公開サンプルデータに基づいています。 1000人ゲノムプロジェクト。 YTreeは、ハプログループの専門家、ISOGGなどからの提出に基づいて、ほぼ毎月更新されます。 ルートからターミナルハプログループまでのSNPのリストは共有可能です。

YFullYTree。
YFullYTree。
YTree統計。
YTree統計。

また、一般的な12、25、37、67、および111形式のSTR結果(テスト済みの780)、一致、およびバリアントを観察することもできます。

YFullの結果の例
YFullSTRマーカーの結果。

追加の機能には、ハプログループの年齢推定が含まれます。これは、著者が真の突然変異を選択する独自の方法を概説した2015年の研究に基づいています。 顧客の生データにmtDNAシーケンスが含まれている場合、mtDNAハプログループはPhyloTree記載されています。 2019年3月、プラットフォームは追加料金でmtDNA分析を導入しました。

その他のサービスは次のとおりです。

  • BAMファイルサイズ、マップされた読み取り、長さカバレッジ、中央値深度カバレッジなどの統計(YReport内)
  • 既知のSNP、新規SNP、および既知のSTRのCSVファイル(コンマ区切りファイル)
  • 位置ごとに生データを閲覧する機能(ゲノムビルドhg19またはhg38)
  • 私のニュース:YFullサンプル以降のYTreeへの変更の時系列リスト(更新時)

あなたはできるツアーに参加しますYFullのウェブサイト上のこれらの機能の。

YFullプライバシーのレビュー

ウェブサイトの個人情報保護方針法律で義務付けられている場合を除き、「YFull.comはお客様のプライバシーを尊重し、お客様の同意なしにお客様の個人情報を開示することはありません」と述べています。 ポリシーはさらに、「集約された遺伝情報および自己報告情報」が第三者に開示される可能性があると述べています。

この情報から、特定の個人に割り当てることができる識別情報が削除されます。 この収集された情報は、査読付きの科学雑誌

ザ・個人情報別館プライバシーポリシーには、収集されるさまざまなユーザーデータが記載されています。 これには、電子メールアドレス、祖先情報と生の遺伝データ、Cookie、およびIPアドレスが含まれます。

YFullチームは、このデータに完全にアクセスできます。 特定のデータへの部分的なアクセスは、ユーザーが参加しているグループのメンバーによって許可される場合があります。

市民科学および学術研究者もこのデータを使用できます。 これは、ユーザーが調査への参加を個人的に許可した場合に発生します。 YFullは、Webサイトがサーバー上に存在する限り、データを保存します。 このサーバーは、ロシアのモスクワにある安全なデータセンターにあります。

メールアドレスなどの一部の情報は、Googleサーバーに保存されます。 「設定」ページに移動すると、いつでもデータとアカウントを削除できます。 アカウントに関連付けられているすべてのサンプルが削除され、アカウントを削除しても復元できません。

YFullレビュー

いくつかの短いレビューはで見つけることができます会社のウェブサイト。 さらに、数人のユーザーが会社のサービスでの経験を詳述したブログ投稿を書いています。

YFullには一般公開もありますFacebookグループ3500人以上のメンバーがいます。

YFullの長所と短所のレビュー

長所

  • 結果の準備が整うまでアップロードの料金は請求されません。また、プラットフォームにはサブスクリプション料金はかかりません。
  • プライベートバリアントに関する追加情報を見つけることができます。 これには、これらのバリアントに付けられたさまざまな名前と、それらのバリアントが出現するY染色体の領域が含まれます。
  • 行ったさまざまなNGSまたは全ゲノムテストの結果を比較できます。
  • YFullグループは、(最初の111だけでなく)すべてのSTRを表示および比較できます。
  • YFullグループでは、ターミナルSNPだけでなく、名前付きまたは名前なしのバリアントのSNP一致を見つけることができます。
  • YFullグループの他のメンバーやグループ管理者に連絡できます。
  • NGSテストからの疑わしいSNPまたはSTRは、YSEQで検証し、テスト結果に追加できます。
  • プラットフォームは、mtDNAシーケンスの解釈をサポートするためにも装備されています。

短所

  • STR分析はSNP分析よりも優先度が低く、完了するまでに数週間かかり、解釈結果の受信が遅れます。
  • YTreeは毎月更新されますが、他のサービスは毎週更新されます。

星雲ゲノミクス

いくつかの補完的な製品を見て、YFullレビューを終了します。

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あなたがチェックしたいと思うかもしれない他のDNAアップロードサイトは次のとおりです:

  • DNAランド(形質および祖先分析のための無料のDNAアップロード)
  • DNAペインター(系図の場合-最初のものは無料で、他の人はサブスクリプションを利用できます)
  • GedMatchジェネシス(無料のDNAアップロードと有料の高度なオプション)
  • 遺伝の魔神(健康報告は無料)
  • 生きているDNA (祖先のための無料アップロード)
  • 私の遺産(系図のための無料アップロード)
  • MyTrueAncestry (古代の人口とのつながりを学ぶ-無料アップロード-397ドル)
  • WeGene (アジアの人口に焦点を当て、レポートのコスト)

FamilyTreeDNA(STRテストとSNPテストを含むBig Yの結果)を調べることもできます。

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