YFullレビュー – 祖先の分析が簡単に?

YFullレビューの概要

YFullは、Y染色体およびミトコンドリアDNAシーケンスデータのアップロードサイトであり、深い祖先分析を提供します。 YFullレビューで詳細をご覧ください!

星雲ゲノミクス

YFullロゴ
結果
価格
包括性

概要

YFullは、Y染色体とmtDNAをリーズナブルな価格で分析します。 しかし、情報はゲノムのその部分に限られます。

4.3

YFullレビューからの7つの事実

  1. 所在地スペイン・バルセロナ
  2. サービス: Y-DNAとmtDNAのDNAデータのアップロードと解釈
  3. 仕組みは?他社のDNA生データをBAMまたはVCFファイルとしてアップロードし、レポートを受け取ることができる
  4. レポート: Y-DNAとmtDNAの解釈
  5. プライバシー 同意なしに第三者とデータを共有しない
  6. 費用:Y-DNA解析は49ドル、mtDNA解析は25ドルの追加料金。
  7. 補完的なサービス Nebula Genomics(Y-DNA、mtDNAを含む30倍速全ゲノムシークエンス)

このレビューは、可能な限り偏りのないものにすることを目的として書かれています。 ただし、これは個々のレビュー担当者の意見を表すため、主観的なものです。 さらに、Nebula Genomicsでは、全ゲノムシーケンスの利点について一般の人々を教育することを目指しています。 したがって、全ゲノムシーケンスDNAテストに関する情報がレビューに組み込まれます。

2022年9月9日

Christina Swords、Ph.D。が編集

長所と短所

長所

  • 結果が出るまで課金なし
  • 加入料無料
  • プライベートバリアントに関する追加情報です。
  • 異なるNGSやフルゲノム検査の結果を比較することができます。
  • YFull Groupは、すべてのSTRを表示し、比較することができます。
  • YFull Groupsでは、名前付きまたは名前なしのバリアントに対してSNPマッチを見つけることができます。
  • YFull Groupsで他のメンバーやグループ管理者に連絡することができます。
  • NGS検査で疑わしいSNPsやSTRをYSEQで検証し、結果に加えることができます。
  • mtDNAシーケンスの解釈をサポートするプラットフォームです。

短所

  • STR解析はSNP解析に比べて優先順位が低く、数週間かかるため、解釈結果の受領が遅れてしまう
  • YTreeは毎月更新

YFullはじめに

YFullは、Y染色体およびミトコンドリアDNAのシークエンスデータのアップロードサイトです。 また、このサービスでは、高度な祖先分析も可能です。 中でも、「末端のハプログループと既知のY-SNPを解き明かす」ことを約束しています。

一塩基多型(SNP)とは、DNAの塩基配列が1つ1つ異なることで、「スニップス」と発音される。 SNPとは、要するにDNAの1ブロック(ヌクレオチド)が人により異なることである。

一方、ショートタンデムリピート(STR)は、個人間で異なるDNA配列(A、T、C、G)が繰り返されたものである。 ゲノムの特定領域の繰り返し数を特定することで、「DNA指紋」を作成することができます。 プロ・アマ問わず、遺伝子の系譜学者がこの指紋を使って、個人の先祖を調査することがあります。

一緒に、SNPsとSTRは継承できるマーカーです。 このようなマーカーの組み合わせは、ハプロタイプとして知られています。 Y-DNAとmtDNAの検査で異なるハプロタイプの場合、個人を特定の「ハプログループ」に割り当てることができる。 Y-DNA検査は父方の系統について詳しく知ることができますが、mtDNA検査は母方の系統について知ることができます。

YFullを使用すると、ハプログループの最も具体的な枝であるターミナルサブクレードまですべてを調べることができます。

YFullは、Y染色体の塩基配列を解釈することを特定の目的として、2013年にロシア・モスクワでスタートしました。 注意すべきは、この会社がDNA検査会社ではないことです。 Y-DNAとmtDNAの次世代シーケンスの解釈を提供する分析会社です。

さらに、DNA結果の便利な可視化や、詳細なハプログループYfullツリーを公開し、YFullのデータベースにある他のサンプルと自分の「突然変異の道」を比較することができます。

オリジナルのチームは、2008年からDNAの系譜学コミュニティに積極的に参加しているVadim Urasinで構成されています。 元のチームの他のメンバーには、DNAデータベース「semargl.me」の開発者であるVladimir Tagankinと、dna-forums.orgのモデレーターであるRomanSychevが含まれます。

Y染色体およびmtDNAの完全なシーケンスデータをYFullで使用したい場合。

Nebula Genomicsは30倍のホールゲノムシーケンスを提供します! 詳細については、ここをクリックしてください。

YFullにデータをアップロードする方法

サービスの概要からYFullレビューを始めましょう。

VCFおよびBAMファイルのNGS解釈において、どのフィーチャーが報告されるかを詳細に説明したチャート
VCFおよびBAMファイルのNGS解釈において、どのフィーチャーが報告されるかを詳細に説明したチャート

YFullテスト分析を注文するには、ユーザーは他の遺伝子検査プロバイダーからの生データをアップロードする必要があります。お客様のファイルは、Nebula Genomicsを含む複数の会社のものであることができます。YFull ID に関連するキット番号を相互参照することで、簡単にアクセスすることができます。データは .BAM/.CRAM または .VCF であることができます。

注意点として、.VCFファイルからのデータ抽出は不完全(50-70%程度)であることが挙げられます。ユーザーが.VCFファイルをアップロードした場合、STRマッチは報告されません。YFullは、FASTQ形式のデータを受け付けません。したがって、最適な結果を得るには、.BAM ファイルをアップロードする必要があります。

最後に、お客様はご注文の際にユーザー名を作成することができます。 注文時に支払う必要はない。

YFullの注文ページ(内容物一覧、フォーム、注文ボタン)の画面
YFull注文ページ

数週間後、49ドルを支払うと結果が出来上がり、利用できるようになります。 mtDNAの解釈は、追加料金$25で購入することができます。

mtDNAのNGS解釈において、どのような特徴が報告されるかを詳細に示した図表。
mtDNAのNGS解釈において、どのような特徴が報告されるかを詳細に示した図表。

YFullレポートのレビュー

前述したように、Y-DNAの変異には2種類あります。SNPsとSTRsである。 どちらのタイプの変異も、異なる理由でプロービングに有用である。 YFullは、SNPとSTRの両方の分析を提供します。

YFullのページセクションで、3つのハイパーリンクを持つ正方形が表示される画面。
YFull顧客ホームページ

YFullによると、185,780の陽性SNPsと780以上のSTRが知られているとのことです。 さらに、これまで発見されていない新規のバリアントが1,482,319個も発見されています。

既知のSNPsのリスト
既知のSNPsのリスト

既知のSNPレポートには、Y-ハプロトゥリー上のお客様の位置と、お客様のツリーブランチでテストされたすべてのSNPのSNP結果が表示されます。 詳細には、隣接するタブにあるSNPのリスト、「あいまいな」SNPやノーコールSNP(その人のDNAのジェノタイピングの過程で決定されなかったSNP)の強調表示などがあります。

Y新規SNPsの全リスト
Y新規SNPsの全リスト

また、新規または非公開のSNPsを一覧で表示することもできます。 これらの新しいSNPは、品質(たとえば、最良、許容可能、あいまい、低、1回の読み取り)によって階層化されます。

すべてのプライベートSNPにはYFSプレフィックスが付いています。 これらのSNPのいくつかの横にある赤いチェックマークは、YSEQを介して検証できることを意味します。 Gは、このSNP内のこの遺伝子の位置を指す。

窒素塩基(A, C, G, T)と題された小さな列が多数あり、行が埋まっていたり、一部が埋まっていたりする表
アラインメントされたシークエンスリード

レポートには、挿入と削除(インデル)も表示されます。これらは、余分なヌクレオチドを持つシーケンス内の位置です。

インデルの一覧
インデルの一覧

さらに、SNPマッチングにアクセスすることも可能です。 YFullのデータベースに登録されている他のサンプルと共有されている、または共有されていると推測されるSNPsです。 これらのSNPは、遠い共通の祖先までさかのぼることができます。

データベースが更新されると、サンプルの比較が継続されます。 これらのプライベートSNPのうち、新たに発見されたYFullサンプルと一致するものがあれば、これらのSNPはYシリーズに名前を連ねることになる。

原産国、YFull ID、共有SNPsのカラムを特徴とする、9つの可視行からなるSNPマッチングを含むテーブル
YFullのクローズDNAマッチ

また、個々のSNPを観察することで、より詳細な情報を得ることができる。 これには、そのSNPと重複しているリードの数、参照配列などが含まれる。

塩基対に関するいくつかの情報を持ついくつかの行からなるテーブルのセクション
BAMファイル内のYFull検索

顧客がSNP名で結果を照会できるようにする便利な機能があります。

SNPを記述した行のスクリーンショット
YFull SNPクエリ機能

YFullレポートのレビューを締めくくるのは、YReportの機能です。 YTreeは、家系図DNAハプログループと共有SNP(Y-SNP)をすべてのハプログループ・プロジェクトに含んでいます。 1000人ゲノムプロジェクトなどの公開サンプルデータに基づいています。

YTreeは、ハプログループの専門家や国際遺伝的系図学会(ISOGG)などからの投稿をもとに、ほぼ毎月更新されています。 ルートからターミナルハプログループまでのSNPのリストは共有可能です。

緑色の四角に染色体の位置を表す文字が描かれた滝のようなグラフ
YFull YTree
いくつかのポジションとそのSNPs、サブクレードの一覧表。
YTreeの統計

また、12、25、37、67、111の共通フォーマットでSTR結果(検査対象780件)、マッチ、バリアントを観察することも可能です。

SNPと番号が書かれた長方形の列の情報を6行で表した表
YFull STRマーカーの結果

さらに、2015年の研究に基づくハプログループの年齢推定も含まれており、著者らは真の変異を選択する独自の方法について概説しています。 お客様の生データにmtDNAシーケンスが含まれている場合、レポートにはPhyloTreeに基づくmtDNAハプログループがリストアップされます。 2019年3月、同プラットフォームは別料金でmtDNA解析を導入した。

その他のサービスは次のとおりです。

  • BAMファイルサイズ、マップされた読み取り、長さカバレッジ、中央値深度カバレッジなどの統計(YReport内)
  • 既知のSNP、新規SNP、および既知のSTRのCSVファイル(コンマ区切りファイル)
  • 位置ごとに生データを閲覧する機能(ゲノムビルドhg19またはhg38)
  • 私のニュース:YFullサンプル以降のYTreeへの変更の時系列リスト(更新時)

YFullプライバシーのレビュー

ウェブサイトの個人情報保護方針法律で義務付けられている場合を除き、「YFull.comはお客様のプライバシーを尊重し、お客様の同意なしにお客様の個人情報を開示することはありません」と述べています。

規約には、第三者との例外規定は記載されていない。 これは、第三者と共有しないわけではありませんが、ポリシーでは言及していません。

プライバシーポリシーの個人情報編では、収集されるさまざまなユーザーデータについて説明しています。 これには、電子メールアドレス、祖先情報と生の遺伝データ、Cookie、およびIPアドレスが含まれます。

YFullチームは、このデータに完全にアクセスすることができます。 ユーザーが参加しているグループのメンバーは、特定の部分に部分的にアクセスすることができます。

市民科学および学術研究者もこのデータを使用できます。 これは、ユーザーが個人的に研究に参加することを許可した場合に発生します。

YFullは、ロシア・モスクワの安全なデータセンターにあるサーバーにお客様のデータを保存しています。

Googleは、メールアドレスなど一部の情報を保存するサービスを提供しています。 設定」ページに移動して、データやアカウントを削除することができます。

YFullレビュー

いくつかの短いレビューが同社のウェブサイトに掲載されています。 それ以外は、ネット上でアクセスできるカスタマーレビューがあまりない。

星雲ゲノミクス

YFullのレビューの最後に、いくつかの補完的な製品について見てみましょう。

当社のデータはYFullにインポートすることができ、広範なY染色体およびミトコンドリアDNAのデータベースにアクセスすることができます。 シーケンスの重要性について詳しくは、ブログをご覧ください。 Y-DNAとmtDNAそして親子鑑定

あなたがチェックしたいと思うかもしれない他のDNAアップロードサイトは次のとおりです:

  • DNAランド(形質および祖先分析のための無料のDNAアップロード)
  • DNAペインター(系図の場合-最初のものは無料で、他の人はサブスクリプションを利用できます)
  • GedMatchジェネシス(無料のDNAアップロードと有料の高度なオプション)
  • 遺伝の魔神(健康報告は無料)
  • HomeDNA Ancestry(遺伝子プールに基づく移動履歴)
  • 生きているDNA (祖先のための無料アップロード)
  • 私の遺産(系図のための無料アップロード)
  • MyTrueAncestry(古代の人々とのつながりを知ることができます。)
  • WeGene (アジアの人口に焦点を当て、レポートのコスト)

FamilyTreeDNA(STRテストとSNPテストを含むBig Yの結果)を調べることもできます。

YFullレビューが気に入りましたか? YSEQというサービスも含め、ブログでレビューを紹介しています。 また、最適なDNA検査キットやその他のホームテストに関する完全ガイドもご覧ください。