Comment utiliser ClinVar – Un tutoriel pour les débutants

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Qu’est-ce que ClinVar?

Pour de nombreuses personnes, le séquençage de leur génome est le début d’un voyage passionnant. Souvent, cependant, les gens ne savent pas par où commencer leur exploration de leurs données ADN. Pour savoir comment la génétique affecte la santé, un outil appelé ClinVar peut être extrêmement utile. Mais, comment fonctionne cet outil exactement? Ce tutoriel vous apprendra!

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Les 99,9 pour cent

Le génome humain est composé d’environ 3 milliards de lettres réparties sur 23 paires de chromosomes. Ensemble, ces lettres (également appelées nucléotides) agissent comme un manuel d’instructions pour déterminer nos traits. De la couleur des cheveux d’un individu à son risque de maladie cardiaque, le génome contient la recette qui rend chaque personne unique.

Choisissez au hasard 2 personnes, et elles ont probablement beaucoup plus de différences que de similitudes. On peut être grand, avoir besoin de lunettes, avoir des antécédents familiaux de cancer du sein et détester le goût de la coriandre. L’autre a les cheveux roux, est intolérant au lactose et a toujours été un élève hétéro.

Bien que ces deux personnes puissent sembler ne rien se ressembler, elles partagent toujours 99,9% des mêmes lettres dans leurs génomes. Toute la variation entre deux individus aléatoires, de leur apparition à leurs risques de maladie, provient de différences dans seulement 0,1% (ou 3 millions) des lettres du génome!

Le 0,1 pour cent

Les lettres du génome qui peuvent être différentes entre les individus sont appelées polymorphismes mononucléotidiques, ou SNP (prononcés «snips»). Par exemple, un SNP est présent si la majorité des individus ont la lettre «C» à un endroit spécifique du génome alors qu’une minorité a un «T» à la place. Ce SNP aurait 2 variantes possibles, ou «allèles»: C et T.

Les scientifiques estiment qu’il existe potentiellement jusqu’à 100 millions de SNP dans le génome. Beaucoup de ces SNP se produisent dans les gènes, les séquences d’ADN qui agissent comme des instructions pour fabriquer des protéines, des machines moléculaires qui effectuent diverses tâches à l’intérieur et à l’extérieur des cellules. Cependant, beaucoup plus de SNP se produisent en dehors de ces régions, dans ce qu’on appelle «ADN indésirable» . Malgré son nom, cet ADN comprend environ 99% des informations de notre génome, et les scientifiques continuent à en découvrir de plus en plus sur son importance pour notre santé.

Quoi qu’il en soit, l’identification des SNP est une étape clé dans la compréhension des données génomiques personnelles. Certains SNP peuvent avoir un effet puissant sur la sensibilité d’un individu à une certaine maladie. Par exemple, considérons la maladie d’Alzheimer. Un SNP particulier dans le APOE gène augmente le risque de développer la maladie d’Alzheimer en plus de 20 fois !

Les progrès des technologies de tests génétiques abaissant le coût du séquençage d’un génome humain, de plus en plus de personnes font le saut pour se connaître grâce à leur ADN. Certaines sociétés de tests génétiques donnent à leurs utilisateurs l’accès à leurs fichiers ADN bruts, pour leur permettre d’explorer leurs données par eux-mêmes. Bien que cela donne du pouvoir aux utilisateurs, cela peut être en même temps assez intimidant. La plupart des gens ne connaissent pas très bien la génétique humaine et les divers outils d’analyse de données. En particulier, étant donné des millions de SNP, de nombreux utilisateurs ne savent naturellement pas comment les comprendre.

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Comment utiliser ClinVar

ClinVar est l’un des outils les plus utiles pour en savoir plus sur ce que vos SNP pourraient signifier pour la santé. Il s’agit d’une archive publique librement accessible qui vise à cataloguer les relations entre les variantes génétiques et leur impact sur l’état de santé.

ClinVar est géré par les National Institutes of Health aux États-Unis. Il fonctionne comme une base de données publique centrale pour les chercheurs et les professionnels de la santé afin de déposer des informations sur les SNP cliniquement pertinents. Par exemple, si une nouvelle étude scientifique est publiée liant un variant génétique à une maladie particulière, ces informations peuvent être soumises à ClinVar.

Bien que ClinVar soit puissant, il peut souvent sembler peu maniable et difficile à naviguer. Apprendre à rechercher efficacement sur le site peut débloquer des tonnes d’informations supplémentaires à partir de vos données génomiques.

À la base, vous pouvez rechercher dans ClinVar en utilisant l’une des 3 informations différentes. Ceux-ci sont:

  • ID SNP
  • Gène
  • Maladie / état

Recherche ClinVar par SNP

La plupart des SNP se voient attribuer un identifiant unique, commençant généralement par les lettres «rs», puis par une chaîne de chiffres (par exemple, rs7412). La saisie de cet identifiant peut vous connecter directement avec des informations sur l’emplacement du SNP, les maladies auxquelles il peut être associé, et bien plus encore.

Les fichiers ADN bruts, quel que soit le format, contiennent généralement une liste de variantes génétiques et leurs identifiants. Chez Nebula Genomics, nous fournissons à nos utilisateurs leurs variantes génétiques au format VCF, qui est le format le plus couramment utilisé. Pour examiner vos variantes génétiques, vous pouvez créer un fichier VCF avec un éditeur de texte comme Sublime ou simplement jeter un coup d’œil aux études de la bibliothèque Nebula. À ce jour, nous avons déjà analysé plus de 8000 variantes génétiques, et de nouvelles études et variantes sont ajoutées chaque semaine!

Pour en savoir plus sur la pertinence clinique d’un SNP particulier, utilisons ClinVar. Commençons par naviguer vers le site , où la page d’accueil devrait ressembler à ceci:

Page d'accueil de ClinVar.
Page d’accueil de ClinVar.

Sur ce site, vous pouvez en savoir plus sur ClinVar et comment faire de nouvelles soumissions. Si vous avez déjà un SNP en tête, vous pouvez simplement le saisir dans la barre de recherche et appuyer sur «Rechercher». Ici, nous souhaitons en savoir plus sur le SNP rs63750048.

Recherche ClinVar.

Si des informations sur un SNP ont été téléchargées sur ClinVar, le site renverra un résultat de recherche pour ce SNP. Nous pouvons voir en un coup d’œil qu’il est localisé dans un gène appelé PSEN2 et qu’il a été lié à la maladie d’Alzheimer de type 4. En cliquant sur le lien (mis en évidence dans la capture d’écran), nous pouvons en apprendre encore plus sur le SNP.

Résultats de recherche.

Sur cette page, plus d’informations sur le SNP sont fournies, y compris toutes les conditions auxquelles il peut être lié et toutes les publications scientifiques qui mentionnent le SNP. Pour chaque condition de la section «Interprétations et preuves soumises», vous pouvez cliquer sur le lien «Détails des preuves» pour savoir comment le SNP est lié à la maladie et comment il a été découvert.

Une entrée dans ClinVar.
Une entrée dans ClinVar.
Preuve dans ClinVar.
Preuve dans ClinVar.

Ici, on peut voir que le SNP a été identifié dans une famille italienne touchée par la maladie d’Alzheimer. La lettre normale à cet emplacement du génome est C, mais les tests génétiques effectués sur cette famille montrent que de nombreux membres ont un T au même endroit, ce qui peut affecter le fonctionnement du gène PSEN2. Le rapport note ensuite des symptômes spécifiques que les membres de la famille ont ressentis.

Preuve détaillée dans ClinVar.
Preuve détaillée dans ClinVar.

Recherche ClinVar par gène

Peut-être n’avons-nous pas un SNP particulier en tête, et aimerions plutôt trouver tous les SNP présents dans un gène qui nous intéresse. Une fois que nous avons trouvé un SNP intéressant, nous pouvons revenir à nos propres données génomiques et vérifier notre statut pour ce SNP.

Commencez par retourner à la page d’accueil de ClinVar et recherchez le gène sur lequel vous souhaitez en savoir plus. Dans ce cas, nous recherchons «BRCA», un gène dont les variations ont été liées à un risque accru de développer un cancer du sein.

Recherche ClinVar par nom de gène.
Recherche ClinVar par nom de gène.

La recherche de ce nom de gène renvoie des centaines de variantes ClinVar. Certains d’entre eux sont dans les gènes BRCA et d’autres sont dans des gènes étroitement liés à BRCA. Pour éviter d’être submergé par les résultats de recherche, nous pouvons les filtrer à l’aide des options situées sur le côté gauche de la page. Ceux-ci inclus:

  • Signification clinique: ce SNP cause-t-il une maladie particulière (pathogène et probablement pathogène) ou non (bénigne et probablement bénigne)? Ou est-il incertain de ses effets? Ou y a-t-il des résultats contradictoires de différentes études?
  • Conséquence moléculaire: quel effet le SNP a-t-il sur la séquence du gène?
  • Type de variation: une lettre est-elle ajoutée à la séquence ou supprimée de celle-ci? Ou une lettre est-elle substituée à une autre (par exemple, C à T)?
  • Statut de l’examen: Quelle est la quantité de preuves cliniques disponibles pour ce SNP?
Filtres ClinVar.
Filtres ClinVar.

Après avoir parcouru les nombreux SNP sur différents filtres, apprenons-en plus sur la variante mise en évidence avec la boîte rouge ci-dessous.

En suivant le lien, nous pouvons obtenir immédiatement plus d’informations sur le SNP. Nous pouvons voir que le SNP est un changement de la lettre G à la lettre C située sur le chromosome 13, et il est potentiellement lié à un risque accru de cancer du sein. De plus, nous pouvons apprendre l’ID du SNP (rs81002796).

Signification clinique dans ClinVar.
Signification clinique dans ClinVar.

Recherche ClinVar par maladie

Enfin, si nous n’avons pas en tête un SNP ou un gène particulier, nous pouvons rechercher dans tous les SNP liés à une maladie particulière. Bien que cela ne soit pas obligatoire, l’ajout du[disease/phenotype] La balise après un terme de recherche peut aider à limiter les résultats uniquement aux plus pertinents pour la condition spécifique. Par exemple, si nous nous intéressons aux SNP liés au diabète, nous pouvons rechercher ClinVar avec le terme «diabète[disease/phenotype] ».

Recherche ClinVar par nom de maladie.
Recherche ClinVar par nom de maladie.

Puisque des milliers de résultats sont renvoyés, filtrons les résultats pour n’afficher que ceux qui sont des «facteurs de risque» établis pour le diabète. Ensuite, apprenons plus sur le premier résultat.

Filtre des facteurs de risque.
Filtre des facteurs de risque.

En suivant le lien, nous pouvons apprendre que ce SNP est le changement d’une lettre C en G située sur le chromosome 1 dans un gène appelé PTPN22. Le SNP a été identifié dans une publication en 2006.

Lien avec la littérature.
Lien avec la littérature.

Si nous voulons en savoir plus sur la façon dont le SNP a été trouvé, nous pouvons suivre le lien de la publication pour en savoir plus sur l’étude.

Étude liée.
Étude liée.

ClinVar est puissant. Fais-en bon usage.

Bien que ClinVar soit une vaste base de données compilant les résultats de milliers d’études de laboratoire et médicales, il est important de noter que l’outil n’est pas un conseiller en génétique. Il n’est pas conçu pour fournir des conseils médicaux et des diagnostics. Si vous pensez que les informations que vous avez trouvées tout au long de vos recherches sur le site pourraient être pertinentes pour votre santé, il est important de consulter un médecin ou un autre professionnel de la santé agréé pour un conseil génétique.

Avez-vous aimé notre tutoriel ClinVar? Vous pouvez également trouver ces didacticiels utiles: