Обзор YFull — Анализ родословной стал проще?

YПолное резюме обзора

YFull — это сайт для загрузки данных секвенирования Y-хромосомы и митохондриальной ДНК, который обеспечивает глубокий анализ происхождения. Узнайте больше в нашем обзоре YFull!

Nebula Genomics

YПолный логотип
Полученные результаты
Цена
Полнота

Резюме

YFull анализирует Y-хромосомы и мтДНК по разумной цене. Однако информация ограничена этими участками генома.

4.3

7 фактов из нашего обзора YFull

  1. Местонахождение: Барселона, Испания
  2. Сервисы: Загрузка данных ДНК и интерпретация Y-ДНК и мтДНК
  3. Как это работает: Загружайте необработанные данные ДНК из других компаний в виде файла BAM или VCF для получения отчетов.
  4. Отчеты: Интерпретация Y-ДНК и мтДНК
  5. Конфиденциальность: Отсутствие передачи данных третьим лицам без согласия
  6. Стоимость: $49 за анализ Y-ДНК, дополнительно $25 за анализ мтДНК
  7. Дополнительные услуги: Nebula Genomics (30-кратное секвенирование всего генома, включая Y-ДНК и мтДНК)

Этот обзор написан с намерением быть максимально объективным. Однако он представляет собой мнение отдельного рецензента и поэтому является субъективным. Кроме того, в Nebula Genomics мы стремимся информировать общественность о преимуществах полногеномного секвенирования. Поэтому в обзор включена информация о нашем ДНК-тесте полногеномного секвенирования.

9 сентября 2022 года

Под редакцией Кристины Сордс, доктора философии.

Плюсы и минусы

Плюсы

  • Не выставляйте счета до получения результатов
  • Отсутствие абонентской платы
  • Дополнительная информация о ваших частных вариантах.
  • Вы можете сравнить результаты различных NGS или полногеномных тестов.
  • YFull Groups может отображать и сравнивать все СПО
  • В YFull Groups можно найти совпадения SNP для любого названного или неназванного варианта
  • Вы можете связаться с другими участниками и администратором группы в своих YFull Groups
  • Сомнительные SNP или STR из вашего NGS-теста могут быть проверены в YSEQ и добавлены к вашим результатам
  • Платформа поддерживает интерпретацию секвенирования мтДНК

Минусы

  • STR-анализу уделяется меньше внимания, чем SNP-анализу, и его выполнение занимает несколько недель, что задерживает получение результатов интерпретации
  • YTree обновляется ежемесячно

YПолное введение

YFull — это сайт для загрузки данных секвенирования Y-хромосомы и митохондриальной ДНК. Услуга также предоставляет расширенный анализ родословной. Среди прочих предложений, он обещает «разблокировать ваши терминальные гаплогруппы и известные Y-SNP».

Однонуклеотидные полиморфизмы, или SNP (произносится как «снипы»), — это различия в последовательностях ДНК на уровне отдельных пар оснований. По сути, SNP — это разница в одном блоке ДНК (нуклеотиде) у разных людей.

С другой стороны, короткие тандемные повторы, или STR, представляют собой серию повторяющихся последовательностей ДНК (A, T, C или G), которые различаются у разных людей. Определение количества повторов в определенных областях генома может создать «отпечаток ДНК». Профессиональные и любительские генетические генеалоги могут использовать этот отпечаток для изучения родословной человека.

Вместе SNP и STR являются маркерами, которые можно унаследовать. Комбинация таких маркеров известна как гаплотип. Различные тесты Y-ДНК и мтДНК на разные гаплотипы могут отнести человека к определенной «гаплогруппе». В то время как тесты Y-ДНК могут рассказать больше об отцовской линии, тесты мтДНК говорят о материнской линии.

Вы можете использовать YFull для поиска всего вплоть до вашего терминального субклада, наиболее специфической ветви вашей гаплогруппы.

Компания YFull начала свою деятельность в 2013 году в Москве, Россия, с конкретной целью интерпретации последовательностей Y-хромосомы. Важно отметить, что это не компания, занимающаяся тестированием ДНК. Вместо этого она является аналитической компанией, предлагающей интерпретацию секвенирования следующего поколения для Y-ДНК и мтДНК.

Кроме того, компания предлагает удобную визуализацию результатов ДНК и подробное, публичное дерево гаплогрупп Yfull, чтобы вы могли сравнить свой «путь мутаций» с другими образцами в базе данных YFull.

Первоначальная команда состояла из Вадима Урасина, который является активным участником ДНК-генеалогического сообщества с 2008 года. Среди других членов первоначальной команды — Владимир Таганкин, разработчик базы данных ДНК «semargl.me», и Роман Сычев, модератор dna-forums.org.

Хотите получить полные данные секвенирования Y-хромосомы и мтДНК для использования в YFull?

Nebula Genomics предлагает 30-кратное секвенирование целого генома! Нажмите сюда, чтобы узнать больше!

Как загрузить свои данные в YFull

Начнем обзор YFull с обзора сервиса.

Диаграмма с подробным описанием того, какие признаки сообщаются в интерпретации NGS для файлов VCF и BAM
Диаграмма с подробным описанием того, какие признаки сообщаются в интерпретации NGS для файлов VCF и BAM

Чтобы заказать анализ теста YFull, пользователи должны загрузить необработанные данные от других поставщиков генетического тестирования. Ваш файл может быть от нескольких компаний, включая Nebula Genomics. Для облегчения доступа можно сделать перекрестные ссылки на номера наборов, связанные с идентификаторами YFull. Данные могут быть в формате .BAM/.CRAM или .VCF.

Одна оговорка — извлечение данных из файлов .VCF будет неполным (около 50-70%). Если пользователь загружает .VCF-файл, совпадения STR не будут отражены в отчете. YFull не принимает данные в формате FASTQ. Поэтому для получения оптимальных результатов необходимо загрузить файл .BAM.

Наконец, клиенты могут создать имя пользователя при оформлении заказа. Им не нужно платить во время заказа.

Скриншот страницы заказа YFull со списком того, что в него входит, формой и кнопкой "Заказать сейчас
Страница заказа YFull

Через несколько недель результаты будут готовы и доступны после оплаты $49. Вы можете приобрести интерпретацию мтДНК за дополнительную плату в размере 25 долларов США.

Таблица с подробным описанием того, какие признаки указываются в интерпретации NGS для мтДНК
Таблица с подробным описанием того, какие признаки указываются в интерпретации NGS для мтДНК

Обзор YFull Reporting

Как упоминалось ранее, существует два типа мутаций Y-ДНК: SNPs и STRs. Оба типа мутаций полезны для зондирования по разным причинам. YFull предлагает анализ как SNP, так и STR.

Скриншот раздела страницы YFull, содержащего три квадрата с гиперссылками
Домашняя страница клиента YFull

По данным YFull, известно 185 780 положительных SNP и 780+ известных STR. Кроме того, 1 482 319 новых вариантов, которые не были обнаружены ранее.

Список известных SNP
Список известных SNP

Отчет об известных SNP показывает положение клиента на Y-гаплодереве и результаты SNP для всех SNP, протестированных на ветви дерева клиента. Подробная информация включает списки SNP в соседних вкладках, выделение «неоднозначных» SNP и SNP, которые не были определены (т.е. SNP, которые не были определены в процессе генотипирования ДНК человека).

YПолный список новых SNP
YПолный список новых SNP

Мы также можем просмотреть список новых или частных SNP. Эти новые SNP стратифицированы по качеству (например, лучший, приемлемый, неоднозначный, низкий, одно прочтение).

Все частные SNP имеют префикс YFS. Красная галочка рядом с некоторыми из этих SNP означает, что их можно проверить через YSEQ. G означает расположение этого гена в пределах данного SNP.

Таблица с множеством маленьких колонок, озаглавленных азотистыми основаниями (A, C, G, T), и заполненными и частично заполненными строками
Выровненные чтения секвенирования

В отчете также показаны вставки и делеции (инделки), которые представляют собой позиции в последовательности, которые имеют дополнительные нуклеотиды.

Список инделов
Список инделов

Кроме того, можно получить доступ к совпадениям SNP. Это SNP, общие или предполагаемые с другими образцами в базе данных YFull. Вы можете проследить эти SNP до далекого общего предка.

База данных будет продолжать сравнивать образец по мере его обновления. Если какие-либо из этих частных SNP совпадут с вновь обнаруженными образцами YFull, эти SNP получат названия в Y-серии.

Таблица с совпадениями SNP в таблице с девятью видимыми строками, включающими столбцы страна происхождения, YFull ID и общие SNPs
YПолное совпадение ДНК

Можно также наблюдать за отдельными SNP, чтобы получить больше информации. Сюда входит количество считываний, перекрывающих данный SNP, эталонные последовательности и так далее.

Раздел таблицы с несколькими строками, содержащий некоторую информацию о парах оснований
Поиск YFull в BAM-файле

Существует полезная функция, позволяющая клиентам запрашивать результаты по имени SNP.

Скриншот строки, описывающей SNP
YFull функция запроса SNP

Мы завершаем наш обзор отчетов YFull рассмотрением функции YReport. YTree включает гаплогруппы ДНК семейного дерева и общие SNP (Y-SNPs) в каждый проект гаплогрупп. Он основан на данных публичных выборок, включая проект «1000 геномов«.

YTree обновляется почти каждый месяц на основе материалов, полученных от экспертов по гаплогруппам, Международного общества генетической генеалогии (ISOGG) и других организаций. Список SNP от корня до конечной гаплогруппы доступен для совместного использования.

График в формате, напоминающем водопад, с зелеными квадратами с буквами, обозначающими положение хромосом
YFull YTree
Таблица с перечислением нескольких позиций, их SNP и субкладов
Статистика YTree

Клиенты также могут наблюдать результаты STR (780 тестируемых), совпадения и варианты в распространенном формате 12, 25, 37, 67 и 111.

Таблица с шестью строками SNPs и информацией в колонках прямоугольников с SNPs и номерами в них
Результаты анализа STR-маркеров YFull

Дополнительные возможности включают оценки возраста гаплогрупп, основанные на исследовании 2015 года, в котором авторы описывают оригинальный метод отбора истинных мутаций. Если исходные данные клиента включают секвенирование мтДНК, в отчете будут перечислены гаплогруппы мтДНК, основанные на PhyloTree. В марте 2019 года платформа ввела анализ мтДНК за дополнительную плату.

Другие услуги включают:

  • Статистика, такая как размер файла BAM, сопоставленные чтения, охват длины, охват средней глубины и многое другое (в YReport)
  • Файлы CSV (файлы с разделителями-запятыми) для известных SNP, новых SNP и известных STR
  • Возможность просмотра необработанных данных по позиции (геном строит hg19 или hg38)
  • Мои новости: хронологический список изменений в YTree с момента создания образца YFull (после обновлений)

Обзор YFull Privacy

На сайте политика конфиденциальности заявляет, что «YFull.com уважает вашу конфиденциальность и не будет раскрывать вашу личную информацию без вашего согласия», если это не требуется по закону.

В условиях не упоминаются какие-либо исключения в отношении третьих лиц. Это не означает, что она не делится информацией с третьими лицами, но в политике об этом не говорится.

В приложении «Личная информация» к политике конфиденциальности рассматривается разнообразие собираемых пользовательских данных. Это включает адрес электронной почты, информацию о происхождении и необработанные генетические данные, файлы cookie и IP-адрес.

Команда YFull имеет полный доступ к этим данным. Члены групп, к которым присоединился пользователь, могут иметь частичный доступ к определенным частям.

Гражданская наука и академические исследователи также могут использовать эти данные. Это происходит, когда пользователь дал личное разрешение на участие в исследовании.

YFull хранит ваши данные на сервере, расположенном в защищенном центре обработки данных в Москве, Россия.

Google сохраняет некоторую информацию, например, адреса электронной почты. Вы можете удалить свои данные и учетную запись, перейдя на страницу «настройки».

YПолные обзоры

На сайте компании можно найти несколько кратких отзывов. Кроме того, в Интернете не так много доступных отзывов покупателей.

Nebula Genomics

Мы завершаем наш обзор YFull рассмотрением некоторых дополнительных продуктов.

Наши данные могут быть импортированы в YFull, что дает доступ к обширной базе данных Y-хромосомы и митохондриальной ДНК. Прочтите блог, чтобы узнать больше о важности секвенирования. Y-ДНК и мтДНК и тестирование на отцовство .

Вы можете посетить и другие сайты загрузки ДНК:

  • Земля ДНК (бесплатная загрузка ДНК для анализа признаков и происхождения)
  • Художник ДНК (для генеалогии — первый бесплатный, для остальных доступны подписки)
  • GedMatch Genesis (бесплатная загрузка ДНК и платные расширенные возможности)
  • Генетический джин (бесплатно для отчетов о состоянии здоровья)
  • HomeDNA Ancestry (история миграции на основе генофондов)
  • Живая ДНК (бесплатная загрузка для предков)
  • MyHeritage (бесплатная загрузка для генеалогии)
  • MyTrueAncestry (узнайте свою связь с древними популяциями)
  • WeGene (акцент на азиатское население, стоимость отчетов)

Вы также можете посмотреть FamilyTreeDNA (результаты Big Y, которые включают тест STR и тест SNP).

Вам понравился наш обзор YFull? Вы можете прочитать больше обзоров в нашем блоге, в том числе о сервисе под названием YSEQ. Также ознакомьтесь с нашим полным руководством по выбору лучшего набора для анализа ДНК и других домашних тестов.