YFull review – Что вы можете узнать из своей Y-хромосомы?

полный обзор

YПолное резюме обзора

YFull – это сайт для загрузки данных секвенирования Y-хромосомы и митохондриальной ДНК, который обеспечивает глубокий анализ происхождения. Узнайте больше в нашем обзоре YFull!

Nebula Genomics

Полученные результаты
Цена
Полнота

Резюме

YFull анализирует Y-хромосому и мтДНК по разумной цене, хотя информация ограничена этими участками генома.

4.3

Под редакцией Кристины Сордс, доктора философии.

7 фактов из нашего обзора YFull

  1. YПолное местонахождение: Москва, Россия
  2. Сервисы: Загрузка данных ДНК и интерпретация Y-ДНК и мтДНК
  3. Как это работает: загружайте необработанные данные ДНК от других компаний в виде файла BAM или файла VCF для получения отчетов
  4. Отчеты: Интерпретация Y-ДНК и мтДНК
  5. Конфиденциальность: активный обмен совокупными данными о клиентах с третьими сторонами
  6. Стоимость: 49 долларов за анализ Y-ДНК, дополнительно 25 долларов за анализ мтДНК
  7. Дополнительные услуги: Nebula Genomics (самое доступное 30-кратное секвенирование всего генома, включая Y-ДНК и мтДНК)

YПолное введение

Это обзор YFull, сайта для загрузки данных секвенирования Y-хромосомы и митохондриальной ДНК, который обеспечивает расширенный анализ происхождения.

Полиморфизмы одиночных нуклеотидов или SNP – это различия в последовательностях ДНК на уровне отдельных пар оснований. Например, если последовательности ДНК двух людей отличаются в одном положении или в одном основании, это называется SNP.

С другой стороны, короткие тандемные повторы, или STR, представляют собой серию повторяющихся последовательностей ДНК (A, T, C или G), которые различаются между людьми. Определение количества повторов в определенных областях генома может создать «отпечаток ДНК». Этот геномный отпечаток может использоваться как профессиональными, так и любителями генетических генеалогий для исследования генетической генеалогии человека.

Вместе SNP и STR являются маркерами, которые можно унаследовать. Комбинация таких маркеров известна как гаплотип. Существуют разные тесты Y-ДНК и mt-ДНК для разных гаплотипов, которые могут относить людей к определенной «гаплогруппе». В то время как тесты Y-ДНК могут рассказать нам больше об отцовском происхождении, тесты мтДНК говорят нам о материнском происхождении.

YFull был создан в 2013 году в Москве, Россия с конкретной целью устный перевод Последовательности Y-хромосомы. Имея это в виду, служба не является компанией по тестированию ДНК. Скорее, это аналитическая компания, которая предлагает интерпретацию секвенирования следующего поколения (для Y-ДНК и мтДНК). Более того, компания предлагает удобную визуализацию результатов ДНК и подробное общедоступное дерево гаплогрупп Yfull, чтобы вы могли сравнить свой «путь мутаций» с «путем мутаций» других образцов в базе данных YFull.

Первоначальная команда состояла из Вадима Урасина, который с 2008 года является активным участником ДНК-генеалогического сообщества. Среди других членов первоначальной команды – Владимир Таганкин, разработчик базы данных ДНК “semargl.me”, и Роман Сычев, модератор dna-forums.org.

Хотите получить наиболее полные данные секвенирования Y-хромосомы и мтДНК для использования с YFull? Nebula Genomics предлагает самое доступное 30-кратное секвенирование всего генома! Нажмите сюда, чтобы узнать больше!

Как загрузить свои данные в YFull

Начнем обзор YFull с обзора сервиса.

Диаграмма с подробным описанием функций, представленных в интерпретации NGS для файлов VCF и BAM.
Диаграмма с подробным описанием функций, представленных в интерпретации NGS для файлов VCF и BAM.

Чтобы заказ Для анализа YFull необработанные данные от других поставщиков генетических тестов должны быть загружены на YFull.com. Ваш файл необработанных данных может быть из Nebula Genomics, FTDNA Big Y, Full Genomes Inc, YSEQ, Enlighten, Veritas Genetics, BGI, Novogen, 23mofang, Dante Labs, WeGene или Yoogene. Вы можете сделать перекрестные ссылки на номера комплектов, связанных с YFull ID, для облегчения доступа. Данные могут быть загружены как файл BAM или файл VCF. Одно предостережение – извлечение данных из файлов VCF будет неполным (около 50-70% данных). Кроме того, совпадения STR не будут сообщаться при загрузке файла VCF. Наконец, YFull не принимает данные в формате FASTQ. Следовательно, для получения оптимальных результатов необходимо загрузить файл BAM. URL-адрес должен быть предоставлен вашему файлу необработанных данных с помощью таких сервисов, как Dropbox или Google Drive.

Наконец, клиенты могут создать имя пользователя при размещении заказа. При оформлении заказа оплата не требуется.

Y Страница полного заказа.
Y Страница полного заказа.

Через несколько недель будут готовы результаты. В настоящее время запрашивается платеж в размере 49 долларов США через Paypal, Apple Pay, Cloud Payments или кредитную карту. Также можно получить интерпретацию мтДНК за дополнительную плату (25 долларов США).

Диаграмма с подробным описанием функций, представленных в интерпретации NGS для мтДНК.
Диаграмма с подробным описанием функций, представленных в интерпретации NGS для мтДНК.

Обзор YFull Reporting

Как упоминалось ранее, существует два типа мутаций Y-ДНК: SNP и STR. Оба типа мутаций полезно исследовать по разным причинам. YFull предлагает анализ как SNP, так и STR.

YПолная домашняя страница для клиентов.
YПолная домашняя страница для клиентов.

По данным YFull, известно 185 780 SNP и 780+ известных STR. Существует 1 482 319 новых вариантов, которые не были обнаружены ранее.

Список известных SNP.
Список известных SNP.

Известный отчет SNP показывает позицию клиента на Y-гаплотере и результаты SNP для всех SNP, протестированных в ветви дерева клиента. Дополнительные списки SNP представлены на смежных вкладках, выделяя «неоднозначные» SNP и не вызывающие SNP (т.е. SNP, которые не были определены в процессе генотипирования ДНК человека).

YПолный список новых SNP.
YПолный список новых SNP.

Также можно просмотреть список новых или частных SNP. Эти новые SNP стратифицированы по качеству (например, лучший, приемлемый, неоднозначный, низкий, одно прочтение). Все частные SNP имеют префикс YFS. Красная галочка рядом с некоторыми из этих SNP означает, что их можно проверить через YSEQ. G относится к гену, в котором расположен этот SNP.

Выровненные чтения секвенирования.
Выровненные чтения секвенирования.
Список инделей.
Список инделей.

В отчете также показаны вставки и делеции (инделки), которые представляют собой позиции в последовательности, которые имеют дополнительные нуклеотиды.

YПолное совпадение.
Y Полное совпадение ДНК.

Более того, можно получить доступ к совпадениям SNP, которые являются SNP, которые используются совместно или предполагается, что они используются совместно с другими образцами в базе данных YFull, и их можно проследить до далекого общего предка. Образец клиента будет продолжать сравниваться по мере обновления базы данных. Если позже будет обнаружено, что какой-либо из этих частных SNP соответствует вновь обнаруженным образцам YFull, этим SNP будут присвоены имена в Y-серия .

YПолный поиск в файле BAM.
YПолный поиск в файле BAM.

Также можно наблюдать отдельные SNP, чтобы получить дополнительную информацию, включая количество операций чтения, которые перекрывают этот SNP, ссылочные последовательности и т. Д.

Y Полная функция запроса SNP.
Y Полная функция запроса SNP.

Существует полезная функция, позволяющая клиентам запрашивать результаты по имени SNP.

Мы завершаем наш обзор отчетов YFull рассмотрением функции YReport. YTree включает гаплогруппы ДНК генеалогического древа и общие SNP (Y-SNP) в каждой гаплогруппе. YTree основан на общедоступных выборочных данных, включая Проект 1000 геномов . YTree обновляется почти каждый месяц на основе материалов, полученных от экспертов гаплогрупп, ISOGG и других. Список SNP от корня до конечной гаплогруппы доступен для совместного использования.

YFull YTree.
YFull YTree.
Статистика YTree.
Статистика YTree.

Также можно наблюдать результаты STR (проверено 780), совпадения и варианты в общем формате 12, 25, 37, 67 и 111.

Пример результатов YFull
Y Полные результаты маркера STR.

Дополнительные функции включают оценки возраста гаплогрупп, основанные на исследовании 2015 года, в котором авторы описывают оригинальный метод выбора истинных мутаций. Если исходные данные клиента включают секвенирование мтДНК, гаплогруппы мтДНК на основе Филодерево перечислены. В марте 2019 года на платформе за дополнительную плату был введен анализ мтДНК.

Другие услуги включают:

  • Статистика, такая как размер файла BAM, сопоставленные чтения, охват длины, охват средней глубины и многое другое (в YReport)
  • Файлы CSV (файлы с разделителями-запятыми) для известных SNP, новых SNP и известных STR
  • Возможность просмотра необработанных данных по позиции (геном строит hg19 или hg38)
  • Мои новости: хронологический список изменений в YTree с момента создания образца YFull (после обновлений)

Вы можете взять тур этих функций на веб-сайте YFull.

Обзор YFull Privacy

На сайте политика конфиденциальности заявляет, что «YFull.com уважает вашу конфиденциальность и не будет раскрывать вашу личную информацию без вашего согласия», если это не требуется по закону. В политике также говорится, что «агрегированная генетическая информация и информация, сообщаемая самими собеседниками», может быть раскрыта третьим лицам.

Эта информация лишена какой-либо идентифицирующей информации, которая может быть присвоена конкретному человеку. Эта собранная информация также может быть опубликована в рецензируемые научные журналы .

В приложение с личной информацией в политике конфиденциальности указывается, какие пользовательские данные собираются. Это включает адрес электронной почты, информацию о происхождении и необработанные генетические данные, файлы cookie и IP-адрес.

Команда YFull имеет полный доступ к этим данным. Частичный доступ к определенным данным может быть разрешен членам групп, к которым присоединился пользователь.

Гражданская наука и академические исследователи также могут использовать эти данные. Это происходит в тех случаях, когда пользователь дал личное разрешение на участие в исследовании. YFull хранит ваши данные до тех пор, пока веб-сайт существует на сервере. Этот сервер расположен в защищенном дата-центре в Москве, Россия.

Некоторая информация, например адреса электронной почты, хранится на серверах Google. Вы можете удалить свои данные и учетную запись в любое время, перейдя на страницу «Настройки». Все образцы, связанные с вашей учетной записью, будут удалены и не могут быть восстановлены, если вы удалите свою учетную запись.

YПолные обзоры

Несколько коротких обзоров можно найти на вебсайт компании . Кроме того, несколько пользователей написали в блогах сообщения, в которых подробно описывают свой опыт работы с услугами компании:

YFull также имеет публичный Группа в фейсбуке с более чем 3500 членами.

Обзор YFull Плюсы и Минусы

Плюсы

  • С вас не будет взиматься плата за загрузку, пока ваши результаты не будут готовы, и платформа не имеет абонентской платы.
  • Вы можете найти дополнительную информацию о ваших частных вариантах. Это включает в себя различные названия, данные этим вариантам и областям Y-хромосомы, где эти варианты появляются.
  • Вы можете сравнить результаты различных NGS или полногеномных тестов, которые вы прошли.
  • YFull Groups может отображать и сравнивать все STR (а не только первые 111).
  • Вы можете найти совпадения SNP в YFull Groups не только для вашего терминального SNP, но и для любого именованного или безымянного варианта.
  • Вы можете связаться с другими участниками и администратором группы в ваших YFull Groups.
  • Сомнительные SNP или STR из вашего теста NGS могут быть проверены в YSEQ и добавлены к вашим результатам теста.
  • Платформа также оборудована для поддержки интерпретации секвенирования мтДНК.

Минусы

  • Анализу STR уделяется меньше внимания, чем анализу SNP, и его выполнение занимает несколько недель, что задерживает получение результатов интерпретации.
  • YTree обновляется ежемесячно, тогда как другие сервисы обновляются еженедельно.

Nebula Genomics

Мы завершаем наш полный обзор Y, просмотрев некоторые комментарии к продуктам.

Хотите получить наиболее полные данные секвенирования Y-хромосомы и мтДНК для использования с YFull? Nebula Genomics предлагает самые доступные 30 секвенирований всего генома! Кроме того, наши данные можно импортировать в FamilyTreeDNA, которая также предлагает доступ к большой базе данных Y-хромосомы и митохондриальной ДНК. Прочтите блог, чтобы узнать больше о важности секвенирования. Y-ДНК и мтДНК и тестирование на отцовство .

Вы можете посетить и другие сайты загрузки ДНК:

  • Земля ДНК (бесплатная загрузка ДНК для анализа признаков и происхождения)
  • Художник ДНК (для генеалогии – первый бесплатный, для остальных доступны подписки)
  • GedMatch Genesis (бесплатная загрузка ДНК и платные расширенные возможности)
  • Генетический джин (бесплатно для отчетов о состоянии здоровья)
  • Живая ДНК (бесплатная загрузка для предков)
  • MyHeritage (бесплатная загрузка для генеалогии)
  • MyTrueAncestry (узнайте свою связь с древним населением – бесплатная загрузка – 397 долларов)
  • WeGene (акцент на азиатское население, стоимость отчетов)

Вы также можете посмотреть FamilyTreeDNA (результаты Big Y, которые включают тест STR и тест SNP).

Вам понравился наш обзор YFull? Ты можешь читать больше отзывов в нашем блоге, включая бесплатную услугу под названием YSEQ и ознакомьтесь с нашими полное руководство по лучшему набору для тестирования ДНК и другим домашним тестам .